| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2693379 | 154 (0.760) | 20 (0.120) | 13/136 | NT | 13.1% | intergenic (+50/+306) | mtrR/rocA | HTH‑type transcriptional regulator MtrR/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2693404 | 134 (0.780) | intergenic (+75/+281) | mtrR/rocA | HTH‑type transcriptional regulator MtrR/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase | |||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
TATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTAT > USA300TCH1516_ALE/2693314‑2693494 | aTTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTa < 2:1580619‑M2/91‑2 (MQ=255) ttAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTac > 1:3355073‑M2/1‑89 (MQ=255) ttAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTac < 1:1406567‑M2/91‑3 (MQ=255) gtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcaagataaaaaaaAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGtactac > 2:1798813‑M1/53‑91 (MQ=255) gtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgagaagcacgataaaaataAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGtactac > 1:1554097‑M1/53‑91 (MQ=255) aaGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTacta < 2:2811780‑M2/91‑5 (MQ=255) aaGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTacta > 1:312685‑M2/1‑87 (MQ=255) aaGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTacta > 2:18093‑M2/1‑87 (MQ=255) aGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactat > 2:2161947‑M2/1‑86 (MQ=255) gATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatc < 2:2034042‑M2/91‑7 (MQ=255) gATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatc > 1:1484973‑M2/1‑85 (MQ=255) gATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatc > 1:1486044‑M2/1‑85 (MQ=255) tgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCg > 2:2526148‑M1/48‑91 (MQ=255) aTTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcg < 1:949658‑M2/91‑8 (MQ=255) 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tagtagATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGtttttt > 1:1449785/1‑91 (MQ=255) gtagATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTtttttat < 1:231803/91‑1 (MQ=255) tagATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTtttttatt < 1:698191/91‑1 (MQ=255) gATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTtttttatttt > 2:836816/1‑91 (MQ=255) gagaAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTttttatttttat < 1:130702/91‑1 (MQ=255) agaAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATc < 1:2113929/91‑1 (MQ=255) agaAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATc < 2:2259246/91‑1 (MQ=255) gaAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCg > 1:329704/1‑91 (MQ=255) aaaCTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGt < 1:759360/91‑1 (MQ=255) cTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCt > 1:2986163/1‑91 (MQ=255) aTGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATCGTGCACACGTTACTGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTAt > 1:3162401/1‑91 (MQ=255) aTGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTAt > 1:2595531/1‑91 (MQ=255) aTGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTAt > 1:3878347/1‑91 (MQ=255) tGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATc > 1:2780733/1‑91 (MQ=255) aGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGc > 2:3152398/1‑91 (MQ=255) aGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCCTATCGc > 2:914890/1‑91 (MQ=255) gCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCt > 2:482241/1‑91 (MQ=255) cGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTa < 1:2259443/91‑1 (MQ=255) gTTACCATCATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTAt < 1:1963457/91‑1 (MQ=255) gTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTAt < 1:3501859/91‑1 (MQ=255) ttACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTAtt > 2:1935021/1‑91 (MQ=255) ttACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTAtt < 2:2012791/91‑1 (MQ=255) ttACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTAtt < 1:684771/91‑1 (MQ=255) ttACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTAtt < 1:685336/91‑1 (MQ=255) ttACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTAtt < 1:1097789/91‑1 (MQ=255) aCCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTaa > 1:112133/1‑91 (MQ=255) ccAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTaaa > 1:984265/1‑91 (MQ=255) ccAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTaaa < 1:1361606/91‑1 (MQ=255) aaCATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAaac > 2:666160/1‑91 (MQ=255) ttCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACt < 1:2000900/91‑1 (MQ=255) ttCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACt < 1:3924902/91‑1 (MQ=255) ataataAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGAt > 2:186644/1‑91 (MQ=255) taataaAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATa > 2:906501/1‑91 (MQ=255) taataaAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATa > 2:3948725/1‑91 (MQ=255) aataaAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATac > 2:2090880/1‑91 (MQ=255) aataaAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATac > 1:3746107/1‑91 (MQ=255) ataaAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcgttttttataatgaatgttggtaacgctcatgagtttctcatctac < 2:1119024‑M2/91‑53 (MQ=255) taaAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATacac < 2:3600955/91‑1 (MQ=255) aaaaaCGATAGTGTACACGTAAATGAATTCGTGAACCACTATAGTTTTTTTACTTAATCCGCCTTCTCGCTATTATAACACCTGGTacaaa > 2:3288665/1‑89 (MQ=255) AAACACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTAATacaca < 2:3504176‑M1/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |