New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2696548 = | 156 (0.770) | 16 (0.090) | 11/140 | NT | 11.2% | intergenic (+100/‑140) | USA300HOU_RS13875/copA | hypothetical protein/Copper‑exporting P‑type ATPase A |
? | USA300TCH1516_ALE | 2696587 = | 117 (0.660) | intergenic (+139/‑101) | USA300HOU_RS13875/copA | hypothetical protein/Copper‑exporting P‑type ATPase A |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
GAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCT > USA300TCH1516_ALE/2696458‑2696638 | gAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTa < 2:640781/91‑1 (MQ=255) gAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTa < 2:1127684/91‑1 (MQ=255) cctgtgattcattgttacacgtctaatgtaccccctataggtatataagtcaatcgttgcgttttacttttaccaattttaaaaagaaaaa < 1:1206458‑M1/1‑1 (MQ=255) tgtgattcattgttacacgtctaatgtaccccctataggtatataagtcaatcgttgcgttttacttttaccaattttaaaaagaaaaaga > 2:563262‑M1/89‑91 (MQ=255) aTTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTaga < 1:1450721/91‑1 (MQ=255) aTTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTaga < 2:2714066/91‑1 (MQ=255) aTTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTaga < 1:2212850/91‑1 (MQ=255) ttGCGAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTagag > 1:3278802/1‑91 (MQ=255) ttGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTagag > 2:2900572/1‑91 (MQ=255) ttGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTagag < 1:579897/91‑1 (MQ=255) ttGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAAGATCAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTagag < 2:1484795/91‑1 (MQ=255) tgattcattgttacacgtctaatgtaccccctataggtatataagtcaatcgttgcgttttacttttaccaattttaaaaagaaaaagaga < 1:1049452‑M1/5‑1 (MQ=255) gattcattgttacacgtctaatgtaccccctataggtatataagtcaatcgttgcgttttacttttaccaattttaaaaagaaaaagagag > 1:3407412‑M1/86‑91 (MQ=255) gCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTagagag < 1:2456723/91‑1 (MQ=255) 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gAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTtgtg < 1:1146144/91‑1 (MQ=255) aaGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGc > 2:2056543/1‑91 (MQ=255) aaGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGc > 2:2203940/1‑91 (MQ=255) aGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCa > 2:2968852/1‑91 (MQ=255) tCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAAt < 2:1087034/91‑1 (MQ=255) cATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATg < 1:2125113/91‑1 (MQ=255) cATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATg < 2:1850324/91‑1 (MQ=255) cATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGACAGATTGTTGTGCAATg > 2:3744524/1‑91 (MQ=255) 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tcattcatACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAAtctct > 1:3832275/1‑91 (MQ=255) tcattcatACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAAtctct > 1:2358728/1‑91 (MQ=255) taggtatataagtcaatcgttgcgttttacttttaccaattttaaaaagaaaaAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAAtctctc > 1:1006034‑M1/54‑91 (MQ=255) cattcatACATCGTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAAtctctc < 2:3288267/91‑1 (MQ=255) attcatACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATctctct < 2:3105349/91‑1 (MQ=255) attcatACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATctctct < 2:2480370/91‑1 (MQ=255) ttcatACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCtctt < 2:2168226/91‑1 (MQ=255) catACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCtctttt > 1:819628/1‑91 (MQ=255) 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tataGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGAt < 2:1790270/91‑1 (MQ=255) tataGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGAt < 1:2876737/91‑1 (MQ=255) tataGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGAt < 2:743462/91‑1 (MQ=255) ataGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTTTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGAtt < 2:611833/91‑1 (MQ=255) tGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACtt > 2:485266/1‑91 (MQ=255) gCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTta < 2:88072/91‑1 (MQ=255) cTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAACTTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTtat > 1:3374762/1‑91 (MQ=255) tAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTtata > 1:2699759/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |