| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2699646 | 93 (0.460) | 18 (0.120) | 11/122 | NT | 18.3% | intergenic (+53/+37) | copZ/ldhD_2 | Copper chaperone CopZ/D‑lactate dehydrogenase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2699665 | 90 (0.580) | intergenic (+72/+18) | copZ/ldhD_2 | Copper chaperone CopZ/D‑lactate dehydrogenase | |||||
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
AAGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATC > USA300TCH1516_ALE/2699556‑2699736 | acaacgcAATTGAAGATCCAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGCGA > 2:372054‑M1/4‑91 (MQ=255)aaGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGA < 2:759201‑M1/91‑1 (MQ=255)aaGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGA > 1:2378748‑M1/1‑91 (MQ=255)aaGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGA < 2:3633098‑M1/91‑1 (MQ=255) gACGAAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAAt < 2:3287554/91‑1 (MQ=255) aCGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATc > 2:3497640/1‑91 (MQ=255) aCGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATc < 2:1766106/91‑1 (MQ=255) gaaTTGAAGATCAAGGATACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATAAAAAAATCGAACGGATGAGAATCCca < 2:3375339/90‑1 (MQ=255) aTTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCcaac > 2:2496490/1‑91 (MQ=255) ttGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCcaaca > 2:1285728/1‑91 (MQ=255) gAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAAt < 1:1464065/91‑1 (MQ=255) gATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCa > 1:500436/1‑91 (MQ=255) gATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCa < 1:430552/91‑1 (MQ=255) tCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCaaa < 1:147478/91‑1 (MQ=255) cAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAAt > 1:1903654/1‑91 (MQ=255) cAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATT‑AAAAATCGAACTGATGAGAtaatttggattgttggga < 1:1317737‑M1/91‑19 (MQ=255) aGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTa > 2:2948139/1‑91 (MQ=255) tgcaacattagatgtattgcagactggagatactaggttacgagtAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTAtc > 1:980673‑M1/46‑91 (MQ=255) ttACGATTTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTAtct > 2:1173266‑M2/1‑88 (MQ=255) ttACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTAtct > 2:2313403‑M2/1‑88 (MQ=255) ttACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTAtct < 1:2442569‑M2/91‑4 (MQ=255) ttACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTAtct > 1:1721492‑M2/1‑88 (MQ=255) tACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTAtctc < 2:3603748‑M2/91‑5 (MQ=255) cGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTAtctcat > 1:467690‑M2/1‑85 (MQ=255) acattagatgtattgcagactggagatactaggttacgagtAAATTAAAAA‑TCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCtcatc > 1:2267845‑M1/42‑91 (MQ=255) gATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACTCCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAGTCCCAACAATCCAAATTAtgtcatc < 1:3670673‑M2/91‑8 (MQ=255) gATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTAtctcatc < 1:1350956‑M2/91‑8 (MQ=255) gATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTAtctcatc < 2:368626‑M2/91‑8 (MQ=255) gATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAAGCGAACTGATGAGACTCCCAACAATCCAAATTAtgtcatc < 1:3670624‑M2/91‑8 (MQ=255) aTGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTAtctcatca > 1:1704188‑M2/1‑83 (MQ=255) gTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTAtctcatcagt < 2:2304927‑M2/91‑11 (MQ=255) gTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTAtctcatcagt > 2:574492‑M2/1‑81 (MQ=255) tCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAtaatttggattgttgggattctcatcagtt < 1:2536339‑M1/91‑31 (MQ=255) cGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATT‑AAAAATCGAACTGATGAGAtaatttggattgttgggattctcatcagttcg < 2:3791513‑M1/91‑33 (MQ=255) gTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTAtctcatcagttcg < 1:994230‑M2/91‑14 (MQ=255) tAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTTAAAAATCGACCTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTAtctcatcagttcgatt > 2:3569134‑M2/1‑75 (MQ=255) tAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTAtctcatcagttcgatt < 1:2005009‑M2/91‑17 (MQ=255) tgcagactggagatactaggttacgagtAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGAttttt > 2:2268729‑M1/29‑91 (MQ=255) ggCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGCATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGATCGATTTTTAAt > 2:3292244/1‑91 (MQ=255) gCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGCGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAAtt > 1:3141909/1‑91 (MQ=255) aaTATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTa < 1:2403019/91‑1 (MQ=255) tatTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACt < 2:289174/91‑1 (MQ=255) aCGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAAc < 1:3333369/91‑1 (MQ=255) atcaACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGt > 1:2412648/1‑91 (MQ=255) atcaACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGt > 1:1071194/1‑91 (MQ=255) tcaACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTa > 1:1004549/1‑91 (MQ=255) tcaACACCAAATGAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTa < 2:1066422/91‑1 (MQ=255) caACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTAt < 1:164952/91‑1 (MQ=255) acacCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTAtct > 2:1550098/1‑91 (MQ=255) acacCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTAtct < 2:1378210/91‑1 (MQ=255) cacCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTAtctc > 2:2521614/1‑91 (MQ=255) acCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTcc < 2:894772/91‑1 (MQ=255) acCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTcc > 1:566834/1‑91 (MQ=255) AAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGt > 2:514603‑M1/1‑91 (MQ=255) AATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTc < 2:1213981‑M1/91‑1 (MQ=255) ATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCt < 1:2959598‑M1/91‑1 (MQ=255) ATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCt < 1:881728‑M1/91‑1 (MQ=255) TAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGc < 1:90019‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCa < 2:183023‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCCCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCa < 1:1260707‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaaaTCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTAtctcatcagttcgattttttaatttggtgttgatgacgttgaatattgcctaa < 1:1881045‑M2/91‑54 (MQ=255) AAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCaa < 2:1408686‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCaa < 1:3528403‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCaa > 1:343153‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAAt < 1:151994‑M1/91‑1 (MQ=255) aaTCGAACTGATGAGAtaatttggattgttgggattctcatcagttcgattttttaatttggtgttgatgacgttgaatattgcctaatta > 2:3896154‑M1/1‑16 (MQ=255) tCGAACTGATGAGAtaatttggattgttgggattctcatcagttcgattttttaatttggtgttgatgacgttgaatattgcctaattaaa > 1:1311515‑M1/1‑14 (MQ=255) tCGAACTGATGAGAtaatttggattgttgggattctcatcagttcgattttttaatttggtgttgatgacgttgaatattgcctaattaaa < 1:1493412‑M1/91‑78 (MQ=255) cGAACTGATGAGAtaatttggattgttgggattctcatcagttcgattttttaatttggtgttgatgacgttgaatattgcctaattaaac > 2:1119924‑M1/1‑13 (MQ=255) gAACTGATGAGAtaatttggattgttgggattctcatcagttcgattttttaatttggtgttgatgacgttgaatattgcctaattaaacg > 1:226362‑M1/1‑12 (MQ=255) gAACTGATGAGAtaatttggattgttgggattctcatcagttcgattttttaatttggtgttgatgacgttgaatattgcctaattaaacg > 1:3560909‑M1/1‑12 (MQ=255) gAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCt < 1:639810/91‑1 (MQ=255) aaCTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTAtctcatcagttcgattttttaatttggtgttgatgacgttgaatattgcctaattaaacga < 1:2536774‑M2/91‑62 (MQ=255) aaCTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTa > 2:210523/1‑91 (MQ=255) aCTGATGTGAtaatttggattgttgggattctcatcagttcgattttttaatttggtgttgatgacgttgaatattgcctaattaaacgac < 2:2304616‑M1/91‑82 (MQ=255) aCTGATGAGAtaatttggattgttgggattctcatcagttcgattttttaatttggtgttgatgacgttgagtattgcctaattaaacgac < 2:3455481‑M1/91‑82 (MQ=255) cTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAAt > 1:1183595/1‑91 (MQ=255) tgatgaGAATCCCAACAATCCAAATTAtctcatcagttcgatttttaatttggtgttgatgacgttgaatattgcctaattaaacgacatc < 1:2160886‑M2/91‑65 (MQ=255) tgatgaGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATg < 2:1937026/91‑1 (MQ=255) atgaGAtaatttggattgttgggattctcatcagttcgattttttaatttggtgttgatgacgttgaatattgcctaattaaacgacatcg > 1:534616‑M1/1‑6 (MQ=255) atgaGAATCCCAACAATCCAAATTAtctcatcagttcgattttttaatttggtgttgatgacgttgaatattgcctaattaaacgacatcg < 1:1022849‑M2/91‑67 (MQ=255) tgaGAtaatttggattgttgggattctcatcagttcgattttttaatttggtgttgatgacgttgaatattgcctaattaaacgacatcgt < 2:1533653‑M1/91‑87 (MQ=255) tgaGAtaatttggattgttgggattctcatcagttcgattttttaatttggtgttgatgacgttgaatattgcctaattaaacgacatcgt < 2:1933044‑M1/91‑87 (MQ=255) tgaGAtaatttggattgttgggattctcatcagttcgatttattaatttggtgttgatgacgttgaatattgcctaattaaacgacatcgt < 2:3479300‑M1/91‑87 (MQ=255) tgaGAATCCCAACAATCCAAATTAtctcatcagttcgatttttaatttggtgttgatgacgttgaatattgcctaattaaacgacatcgta < 1:1283885‑M2/91‑68 (MQ=255) tgaGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTg < 1:2100827/91‑1 (MQ=255) tgaGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTg < 1:1123737/91‑1 (MQ=255) tgaGAATCACAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTg < 2:1749385/91‑1 (MQ=255) gagataatttggattgttgggattctcatcagttcgattttttaatttggtgttgatgacgttgaatattgcctaattaaacgacatcgta < 2:3128596‑M1/91‑88 (MQ=255) agataatttggattgttgggattctcatcagttcgattttttaatttggtgttgatgacgttgaatattgcctaattaaacgacatcgtaa > 2:421421‑M1/1‑3 (MQ=255) agaATCCCAACAATCCAAATTAtctcatcagttcgatttttttattttttgttgatgaagttgaatattgcctaattaaacgacatcgtaa < 2:102278‑M2/91‑70 (MQ=255) agaATCCCAACAATCCAAATTAtctcatcagttcgattttttaatttggtgttgatgacgttgaatattgcctaattaaacgacatcgtaa < 2:3816309‑M2/91‑70 (MQ=255) agaATCCCAACAATCCAAATTAtctcatcagttcgattttttaatttggtgttgatgacgttgaatattgcctaattaaacgacatcgtaa < 2:517109‑M2/91‑70 (MQ=255) agaATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCa > 2:2653695/1‑91 (MQ=255) gataatttggattgttgggattctcatcagttcgattttttaatttggtgttgatgacgttgaatattgcctaattaaacgacatcgtacc > 2:3599000‑M1/1‑2 (MQ=255) gataatttggattgttgggattctcatcagttcgattttttaatttggtgttgatgacgttgaatattgcctaattaaacgacatcgtaac > 1:2201454‑M1/1‑2 (MQ=255) gaATCCCAACAATCCAAATTAtctcatcagttcgattttttaatttggtgttgatgacgttgaatattgcctaattaaacgacatcgtaac < 1:3380543‑M2/91‑71 (MQ=255) gaATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGcct > 2:3489191/1‑89 (MQ=255) aaTCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATc < 1:1506634/91‑1 (MQ=255) aaTCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATc < 1:198987/91‑1 (MQ=255) | AAGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATC > USA300TCH1516_ALE/2699556‑2699736 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |