New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2751374 | 149 (0.730) | 14 (0.080) | 7/146 | NT | 9.4% | intergenic (‑222/+39) | betA/gbsA | Oxygen‑dependent choline dehydrogenase/Betaine aldehyde dehydrogenase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2751393 | 134 (0.720) | intergenic (‑241/+20) | betA/gbsA | Oxygen‑dependent choline dehydrogenase/Betaine aldehyde dehydrogenase |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
ACTAACAGTAATGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTAAAATGTGT > USA300TCH1516_ALE/2751284‑2751464 | aCTAACAGTAATGAAATAATCTATGATTCTTTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATTCTTTACAAAGTGAGTG < 2:3523637‑M1/91‑1 (MQ=255) cTAACAGTAATGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAgtgt < 2:3370648/91‑1 (MQ=255) aaCAGTAATGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCt < 2:2974857/91‑1 (MQ=255) aCAGTAATGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCtt < 1:2643017/91‑1 (MQ=255) aCAGTAATGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCtt < 1:1556090/91‑1 (MQ=255) aGTAATGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTtgt < 2:1138665/91‑1 (MQ=255) gTAATGACATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTtgtg < 2:3513749/91‑1 (MQ=255) gTAATGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTtgtg < 1:1022658/91‑1 (MQ=255) gTAATGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTtgtg < 2:1503268/91‑1 (MQ=255) gTAATGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTtgtg < 2:2207836/91‑1 (MQ=255) gTAATGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTtgtg > 2:486026/1‑91 (MQ=255) tAATGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTgtgt < 1:1306292/91‑1 (MQ=255) aaTGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGtt < 2:3695212/91‑1 (MQ=255) aaTGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGtt > 1:141113/1‑91 (MQ=255) aTGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTc < 1:3747431/91‑1 (MQ=255) aaaTAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTa > 2:1977079/1‑91 (MQ=255) ataatCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACa > 2:2440057/1‑91 (MQ=255) ataatCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAACCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACa > 2:3252272/1‑91 (MQ=255) taatCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGccattgtaagaacaca < 2:1978664‑M1/91‑17 (MQ=255) aatCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGccattgtaagaacacaa < 1:1947577‑M1/91‑18 (MQ=255) aatCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGccattgtaagaacacaa < 2:2354603‑M1/91‑18 (MQ=255) aatCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGccattgtaagaacacaa < 1:1862751‑M1/91‑18 (MQ=255) atCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATg < 2:3220909/91‑1 (MQ=255) atCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATg > 1:1946356/1‑91 (MQ=255) tCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGccattgtaagaacacaaga < 1:1203938‑M1/91‑20 (MQ=255) tCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATgg > 1:1001886/1‑91 (MQ=255) tCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACAATTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGccattgtaagaacacaaga < 2:766412‑M1/91‑20 (MQ=255) cTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGc < 2:2010389‑M2/91‑2 (MQ=255) cTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACAGTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGc < 1:3420151‑M2/91‑2 (MQ=255) aTGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGccattgtaagaacacaagacac < 1:3940867‑M1/91‑23 (MQ=255) aTGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGcac > 1:1986275‑M2/1‑88 (MQ=255) aTGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGcac < 2:2840474‑M2/91‑4 (MQ=255) aTTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGccattgtaagaacacaagacactca < 1:997217‑M1/91‑26 (MQ=255) ttCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGcactcac > 2:3751616‑M2/1‑84 (MQ=255) ttCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGcactcac > 1:809750‑M2/1‑84 (MQ=255) ttCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGcactcac > 1:2258767‑M2/1‑84 (MQ=255) ttCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGcactcac > 1:2005824‑M2/1‑84 (MQ=255) tCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCAcc > 2:2571889/1‑91 (MQ=255) tCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCAcc < 1:1709761/91‑1 (MQ=255) ttttGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTa > 1:1340036/1‑91 (MQ=255) ttGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATc < 2:2303511/91‑1 (MQ=255) ttGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATc < 1:2193821/91‑1 (MQ=255) aGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAAttttt < 1:3570714/91‑1 (MQ=255) gTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTa < 1:2252437/91‑1 (MQ=255) gTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTa < 1:427594/91‑1 (MQ=255) tCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTAt < 2:1089042/91‑1 (MQ=255) 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tcaaCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAAt < 1:1605590/91‑1 (MQ=255) caaCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAAtt > 1:212836/1‑91 (MQ=255) caaCATTGCGCGACTTATGCAAAACAAAGTGAGTGTTTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTGTATTTGCTAAACCaaat < 2:3907601/91‑3 (MQ=255) aaCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTc < 1:3179336/91‑1 (MQ=255) aaCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTc > 1:3516537/1‑91 (MQ=255) aaCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTc < 1:449730/91‑1 (MQ=255) aCATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCa > 2:2101521/1‑91 (MQ=255) cATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCAc < 1:2904190/91‑1 (MQ=255) 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agtgTCTTGTGTTCTTACAATGGcactcactttgttttgtataagtggcgaaatgttgattgataatttggactaaacgcaaaatgaatca < 1:1721431‑M2/91‑69 (MQ=255) agtgTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTAAAAtg < 1:2939826/91‑1 (MQ=255) agtgTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTAAAAtg < 1:3477972/91‑1 (MQ=255) agtgTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTAAAAtg > 1:620223/1‑91 (MQ=255) gtCTTGTGTTCTTACAATGGcactcactttgttttgtataagtggcgaaatgttgattgataatttggactaaacgcaaaatgaatcatag < 2:2738721‑M2/91‑72 (MQ=255) gccattgtaagaacacaagacactcactttgttttgtataagtggcgaaatgttgattgataatttggactaaacgcaaaatgaatcatag > 1:2066194‑M1/1‑1 (MQ=255) | ACTAACAGTAATGAAATAATCTATGATTCATTTTGCGTTTAGTCCAAATTATCAATCAACATTTCGCCACTTATACAAAACAAAGTGAGTGTCTTGTGTTCTTACAATGGCACTCACCTTATCTAATTTTTATTTGCTAAACCAATTCACTAATTGTGGATTTGTATTTGTTAAAATGTGT > USA300TCH1516_ALE/2751284‑2751464 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |