New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2772627 | 176 (0.860) | 19 (0.100) | 13/152 | NT | 11.7% | intergenic (+1/+59) | phoB/USA300TCH1516_02632 | Alkaline phosphatase 3/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2772679 | 120 (0.620) | intergenic (+53/+7) | phoB/USA300TCH1516_02632 | Alkaline phosphatase 3/hypothetical protein |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
ACCTACGCTTACGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACAC > USA300TCH1516_ALE/2772537‑2772717 | gCTTACGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaa < 1:600713/91‑1 (MQ=255) gCTTACGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaa > 2:625406/1‑91 (MQ=255) cTTACGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaaa < 2:2184025/91‑1 (MQ=255) cTTACGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaaa > 1:1746504/1‑91 (MQ=255) cTTACGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaaa > 1:2726742/1‑91 (MQ=255) ttACGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaaaa > 1:2768646/1‑91 (MQ=255) ttACGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaaaa < 1:3479787/91‑1 (MQ=255) aCGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaaaaaa > 1:881296/1‑91 (MQ=255) aCGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaaaaaa > 2:313410/1‑91 (MQ=255) aCGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaaaaaa < 1:2051078/91‑1 (MQ=255) aCGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaaaaaa < 1:2534751/91‑1 (MQ=255) aCGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaaaaaa < 1:2798348/91‑1 (MQ=255) cGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaaaaaaa > 2:3458267/1‑91 (MQ=255) ggACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAAt > 2:1987210/1‑91 (MQ=255) 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aGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACt > 1:1297370/1‑91 (MQ=255) gAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACta < 2:1548342/91‑1 (MQ=255) aaTCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACtat < 1:2013816/91‑1 (MQ=255) aaTCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACtat > 1:1904726/1‑91 (MQ=255) aTCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACtata > 2:2717517/1‑91 (MQ=255) aTCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACtata > 1:2440720/1‑91 (MQ=255) cATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAAc < 1:952882/91‑1 (MQ=255) aTTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAccataaaaaattcccgaacgccttgttat < 2:1488396‑M1/91‑30 (MQ=255) aTTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACa < 1:683960/91‑1 (MQ=255) aTTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACa > 2:829259/1‑91 (MQ=255) aTTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACa < 2:3384923/91‑1 (MQ=255) aTTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACa > 1:1189538/1‑91 (MQ=255) ttAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAgcataaaaaaattcccgaacaccttgttata < 2:3765640‑M1/91‑32 (MQ=255) tAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAgg > 2:1975976/1‑91 (MQ=255) tAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAgg > 2:430906/1‑91 (MQ=255) tAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAgg > 2:431067/1‑91 (MQ=255) 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aaccataaaaaattcccgaacaccttgttatagtgctcgggaatttttttatgctttacttgaatatatcaaatattatttttgcgctttc < 2:137674‑M1/91‑90 (MQ=255) aaGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAaca > 2:1877723/1‑91 (MQ=255) accataaaaaattcccgaacaccttgttatagtgctcgggaatttttttatgctttacttgaatatatcaaatattatttttgcgctttct > 2:3622368‑M1/1‑1 (MQ=255) accataaaaaattcccgaacaccttgttatagtgctcgggaatttttttatgctttacttgaatatatcaaatattatttttgcgctttct > 2:564424‑M1/1‑1 (MQ=255) aGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAacac > 1:803231/1‑91 (MQ=255) aGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGCGCTCGGGAATTTCTTATGGTTTAATTCAGTACTCACTGTTAGGTGCTTGGTTAacac > 2:1229553/1‑91 (MQ=255) | ACCTACGCTTACGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACAC > USA300TCH1516_ALE/2772537‑2772717 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |