| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2772627 | 176 (0.860) | 19 (0.100) | 13/152 | NT | 11.7% | intergenic (+1/+59) | phoB/USA300TCH1516_02632 | Alkaline phosphatase 3/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2772679 | 120 (0.620) | intergenic (+53/+7) | phoB/USA300TCH1516_02632 | Alkaline phosphatase 3/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
CAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTTAAAAT > USA300TCH1516_ALE/2772589‑2772769 | acgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATgg > 1:2408174‑M1/45‑91 (MQ=255) gAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGtt < 1:1531968‑M2/91‑3 (MQ=255) aaaGCGCAGAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGttt > 1:1636474‑M2/1‑88 (MQ=255) aaaGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGttt > 1:859217‑M2/1‑88 (MQ=255) gcAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAAttt < 2:538818/91‑1 (MQ=255) aaaaTAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGt > 1:1379220/1‑91 (MQ=255) aaaTAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTa > 2:2076018/1‑91 (MQ=255) aaaTAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTa < 1:744816/91‑1 (MQ=255) aaaTAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTa < 1:3833698/91‑1 (MQ=255) aataTTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGtttacttgaatatatc < 1:2261395‑M2/91‑17 (MQ=255) aataTTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCa > 1:1035906/1‑91 (MQ=255) aataTTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCa > 2:2203456/1‑91 (MQ=255) tatTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAAt < 2:1377774/91‑1 (MQ=255) atTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTCTAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATg > 2:3050959/1‑91 (MQ=255) atTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATg > 1:1574207/1‑91 (MQ=255) atTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATg > 2:1022324/1‑91 (MQ=255) atTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATg > 1:3181981/1‑91 (MQ=255) tttGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGt > 1:2204914/1‑91 (MQ=255) ttGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGtt > 1:927343/1‑91 (MQ=255) tGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTa < 2:3538427/91‑1 (MQ=255) tGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTa < 1:3069245/91‑1 (MQ=255) atatTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTg > 2:2765021/1‑91 (MQ=255) tatTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGc < 2:1427247/91‑1 (MQ=255) gatTCAAGTAAAGCAGAAAAAAATTCCCGTGCGCTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGc < 2:3496299/90‑1 (MQ=255) atTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCt < 2:1642293/91‑1 (MQ=255) cAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTgg > 1:288289/1‑91 (MQ=255) aaGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGt < 1:197230/91‑1 (MQ=255) aGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGtttacttgaatatatcaaatattatttttgcgc < 1:3653120‑M2/91‑34 (MQ=255) aGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGtt < 2:2675378/91‑1 (MQ=255) aGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGtt > 2:2373433/1‑91 (MQ=255) tAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTaa > 1:2343685/1‑91 (MQ=255) aaaGCATAAGAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGGATGTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAac < 2:424613/91‑1 (MQ=255) aaaGCATAAAGAAATGCCCGAGCACTATAGCGAGGTGGTCGGGAATTTTTT‑AGGGTTTAATCTAGTTCTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAac < 2:3447353/91‑1 (MQ=255) aaGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAaca > 2:1878432/1‑91 (MQ=255) aGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAacac > 1:803231/1‑91 (MQ=255) gCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACg > 1:521720/1‑91 (MQ=255) aaaaaaaTTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCt > 1:3000537/1‑91 (MQ=255) AAAAATTCCCGAGCAGTATAACAAGGTGTGCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACGCGTTCTTg > 2:2830369‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaattcccgaacaccttgttatagtgctcgggaatttttttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTg > 1:1704765‑M2/43‑91 (MQ=255) aaaaTTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGtttacttgaatatatcaaatattatttttgcgctttctgtattttc < 1:1450807‑M2/91‑47 (MQ=255) aaattcccgaacaccttgttatagtgctcgggaatttttttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTgg > 2:1674920‑M2/42‑91 (MQ=255) AATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTa > 2:1812030‑M1/1‑91 (MQ=255) AATTCCCGAGCACTATAACAAGGGGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTa < 2:1083346‑M1/91‑1 (MQ=255) ATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTAt < 1:3303635‑M1/91‑1 (MQ=255) TCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTAttt < 1:1221215‑M1/91‑1 (MQ=255) TCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTAttt > 1:2624177‑M1/1‑91 (MQ=255) TCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTAttt < 1:2099855‑M1/91‑1 (MQ=255) tcccgaacaccttgttatagtgctcgggaattttttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTAttt > 1:1032031‑M2/37‑91 (MQ=255) cccgaacaccttgttatagtgctcgggaattttttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTAtttt > 2:3164705‑M2/36‑91 (MQ=255) cccgaacaccttgttatagtgctcgggaattttttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTAtttt > 1:173519‑M2/36‑91 (MQ=255) CCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTAttttt < 2:1579368‑M1/91‑1 (MQ=255) CCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTAttttt > 1:253758‑M1/1‑91 (MQ=255) cGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTTATGCtttacttgaatatatcaaatattatttttgcgctttctgtattttcgatatta < 1:620891‑M2/91‑54 (MQ=255) CGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTAtttttt < 1:443124‑M1/91‑1 (MQ=255) CGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTAtttttt < 1:1923736‑M1/91‑1 (MQ=255) CGAGCACGATCACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTAtttttt > 2:2915614‑M1/1‑91 (MQ=255) GAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTa > 2:920073‑M1/1‑91 (MQ=255) GAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTa > 1:1660455‑M1/1‑91 (MQ=255) GAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTa < 1:2831346‑M1/91‑1 (MQ=255) aacaccttgttatagtgctcgggaattttttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTaa > 1:2482572‑M2/32‑91 (MQ=255) caccttgttatagtgctcgggaatttttttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTCCTTGGTTAACACGTTCTCGGTATTTTTTaaa > 2:565859‑M2/31‑91 (MQ=255) aCTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTTATGCtttacttgaatatatcaaatattatttttgcgctttctgtattttcgatattaccact < 2:1134304‑M2/91‑59 (MQ=255) 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ataACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGa > 1:1259358/1‑91 (MQ=255) ataACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGa < 2:3858555/91‑1 (MQ=255) taACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGtttacttgaatatatcaaatattatttttgcgctttctgtattttcgatattaccactaaatg < 1:110331‑M2/91‑64 (MQ=255) aaCAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAg < 1:108090/91‑1 (MQ=255) aCAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑TTGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGt > 2:1784286/1‑91 (MQ=255) aCAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGt < 1:3635217/91‑1 (MQ=255) cAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGta > 2:3681748/1‑91 (MQ=255) aaGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGtat > 1:1895475/1‑91 (MQ=255) 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tttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGt > 1:1995134‑M2/4‑91 (MQ=255) tttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGt < 2:3962554‑M2/88‑1 (MQ=255) tATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTTa > 2:661273‑M2/2‑91 (MQ=255) aTGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTTaa > 1:278979/1‑91 (MQ=255) tGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTTaaa > 2:122421/1‑91 (MQ=255) gTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTTAAAAt > 1:3256842/1‑91 (MQ=255) | CAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTTAAAAT > USA300TCH1516_ALE/2772589‑2772769 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |