| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2785840 | 246 (1.210) | 5 (0.030) | 4/150 | NT | 2.1% | intergenic (‑53/+371) | aur/isaB | Zinc metalloproteinase aureolysin/Immunodominant staphylococcal antigen B |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2785854 | 240 (1.260) | intergenic (‑67/+357) | aur/isaB | Zinc metalloproteinase aureolysin/Immunodominant staphylococcal antigen B | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
GCCATACTTGTAAATGCATATCTTGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGATTCTTTTCTTTTTTAAAAAT > USA300TCH1516_ALE/2785750‑2785930 | gcCATACTTGTAAATGCATATCTTGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTA > 2:3279419‑M1/1‑91 (MQ=255) ccATACTTGTAAATGCATATCTTGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATAttaatttaa > 1:3208556/1‑91 (MQ=255) ccATACTTGTAAATGCATATCTTGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATAttaatttaa > 2:2223252/1‑91 (MQ=255) ccATACTTGTAAATGCATATCTTGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATAttaatttaa > 1:877204/1‑91 (MQ=255) cTTGTAAATGCATATCTTGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAAttttt > 1:518820/1‑91 (MQ=255) cTTGTAAATGCATATCTTGAAAATTTCCGCACATTTCATGCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAAttttt < 2:2918388/91‑1 (MQ=255) gTAAATGCATATCTTGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAg < 1:1934672/91‑1 (MQ=255) tAAATGCATATCTTGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGa > 1:3435709/1‑91 (MQ=255) aaaTGCATATCTTGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGaa > 1:2044308/1‑91 (MQ=255) aaaTGCATATCTTGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCAAAAAAAAAAAAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGa < 2:287833/91‑1 (MQ=255) aaTGCATATCTTGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCATaat > 2:3489420/1‑90 (MQ=255) tGCATATCTTGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAg > 2:2370212/1‑91 (MQ=255) cATATCTTGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGta < 1:601480‑M2/91‑3 (MQ=255) cATATCTTGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGta > 2:1218626‑M2/1‑89 (MQ=255) cATATCTTGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGta < 1:922982‑M2/91‑3 (MQ=255) atCTTGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGtaaat > 2:1552374‑M2/1‑86 (MQ=255) tCTTGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAACGTAAATg > 1:1976810/1‑91 (MQ=255) tCTTGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATg > 1:2358153/1‑91 (MQ=255) ttGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGat < 1:3879196/91‑1 (MQ=255) aaaaTTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGattat > 2:319133/1‑91 (MQ=255) aTTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGAttatttc > 1:177794/1‑91 (MQ=255) aTTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGAttatttc < 2:1688504/91‑1 (MQ=255) tttCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGAttatttct > 1:3754125/1‑91 (MQ=255) ttCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGAttatttcta > 1:1556927/1‑91 (MQ=255) ttCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGAttatttcta > 2:2057747/1‑91 (MQ=255) ttCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGAttatttcta > 2:1617257/1‑91 (MQ=255) tCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATGAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGAttatttctat < 1:361488/91‑1 (MQ=255) tCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGAttatttctattta < 2:3379363/91‑1 (MQ=255) tCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGAttatttctattta > 1:257313/1‑91 (MQ=255) caTTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGAttatttctatttattt < 2:3031538/91‑1 (MQ=255) tCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGAttatttctatttatttctat < 2:2646850/91‑1 (MQ=255) cATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCtata < 2:855534/91‑1 (MQ=255) aTTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATAc > 1:692286/1‑91 (MQ=255) aTTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATAc > 2:2136298/1‑91 (MQ=255) aTTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATAc > 2:2593749/1‑91 (MQ=255) aTTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATAc > 1:1002430/1‑91 (MQ=255) ttCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCAATTTACTTCTATACt > 2:312182/1‑91 (MQ=255) tcctccTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACtt < 2:2757735/91‑1 (MQ=255) tcctccTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACtt > 2:3438359/1‑91 (MQ=255) cctcctGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACttt < 2:1771798/91‑1 (MQ=255) tcctGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACttttt > 2:932798/1‑91 (MQ=255) cctGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTg > 1:2662497/1‑91 (MQ=255) tGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGtt > 1:815035/1‑91 (MQ=255) gAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATAGTTTTTGTTc > 1:3785702/1‑91 (MQ=255) gAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTttcttc > 1:3115533/1‑91 (MQ=255) aTCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGtt < 2:1341071/91‑1 (MQ=255) tCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTg < 1:2061243/91‑1 (MQ=255) tCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTg > 2:1841856/1‑91 (MQ=255) cTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGa > 2:621425/1‑91 (MQ=255) cTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGa > 1:1675123/1‑91 (MQ=255) cTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGa > 1:42204/1‑91 (MQ=255) tt‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGAt > 1:1165020/1‑91 (MQ=255) tt‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGAt > 1:449796/1‑91 (MQ=255) t‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGAtt < 1:1473218/91‑1 (MQ=255) t‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGAtt > 1:2950665/1‑91 (MQ=255) t‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGAtt < 1:3650371/91‑1 (MQ=255) aaaaCAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGAtttt > 1:2765734/1‑91 (MQ=255) aaaCAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATttta > 1:750036/1‑91 (MQ=255) aaCAGCTTATAAATATAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATtttat < 2:1105297/91‑1 (MQ=255) aaCAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATtttat < 2:1580601/91‑1 (MQ=255) aaCAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATtttat < 2:720072/91‑1 (MQ=255) cAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATtttattt > 2:1268438/1‑91 (MQ=255) 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ataaataaAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGAt > 1:2804921/1‑91 (MQ=255) taaataaaATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGAtt < 1:1062465/91‑1 (MQ=255) aataaaataTTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGAttct < 2:5070/91‑1 (MQ=255) aataaaataTTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGAttct < 1:969300/91‑1 (MQ=255) aataaaataTTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGAttct < 2:1727338/91‑1 (MQ=255) ataaaataTTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGAttctt > 1:2619835/1‑91 (MQ=255) taaaataTTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTAGTTGATTTTATTTATTGAttcttt > 2:3229606/1‑91 (MQ=255) aaaataTTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGAttctttt > 1:217244/1‑91 (MQ=255) aaataTTAATTTAatttttcagaaaagtaaattaatattttatttataagctgtttttaagatttcaggaggaatgaaatgtgaggaaatt > 1:2537696‑M1/1‑13 (MQ=255) aataTTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGAttcttttct > 2:1743317/1‑91 (MQ=255) tatTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGATtcttttcttt < 2:550590/91‑1 (MQ=255) tatTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGATtcttttcttt < 1:1612237/91‑1 (MQ=255) tatTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTCGTTCGTTGATTTTATTTATTGATtcttttcttt > 1:3508538/1‑91 (MQ=255) atTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGATTcttttctttt > 2:2438791/1‑91 (MQ=255) ttaatttaatTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGATTCTTTTCttttt < 1:1321156/91‑1 (MQ=255) atttaatttTTCAGAAGAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGATTCTTTTCTTTTTTaa < 2:3778960/91‑1 (MQ=255) atttaatttTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGATTCTTTTCTTTTTTaa < 1:2447602/91‑1 (MQ=255) atttaatttTTCAGAAAAGTAAACGATTATTTCTATTTATTTCTATACTATTTGTTCGTAGATTTTATTTATTGATTCTTTTCTTTTTTaa < 2:3012380/91‑1 (MQ=255) tttActtttctgaaaaattaaattaatattttatttataagctgtttttaagatttcaggaggaatgaaatgtgaggaaattttcaagata > 2:402900‑M1/1‑4 (MQ=255) tttActtttctgaaaaattaaattaatattttatttataagctgtttttaagatttacgaagaaatgaaatgtgaggaaattttcaagata > 2:2708471‑M1/1‑4 (MQ=255) tActtttctgaaaaattaaattaatattttatttataagctgtttttaagatttcaggaggaatgaaatgtgaggaaattttcaatatatg > 2:3642163‑M1/1‑2 (MQ=255) tActtttctgaaaaattaaattaatattttatttataagctgtttttaagatttcaggaggaatgaaatgtgaggaaattttcaagatatg < 1:482718‑M1/91‑90 (MQ=255) tActtttctgaaaaattaaattaatattttatttataagctgtttttaagatttcaggaggaatgaaatgtgaggaaattttcaagatatg < 2:2304843‑M1/91‑90 (MQ=255) tActtttctgaaaaattaaattaatattttatttataagctgtttttaagatttcaggaggaatgaaatgtgaggaaattttcaagatatg > 2:1072868‑M1/1‑2 (MQ=255) tActtttctgaaaaattaaattaatattttatttataagctgtttttaagatttcaggaggaatgaaatgtgaggaaattttcaagatatg < 1:922888‑M1/91‑90 (MQ=255) tActtttctgaaaaattaaattaatattttatttataagctgtttttaagatttcaggaggaatgaaatgtgaggaaattttcaagatatg < 2:1519484‑M1/91‑90 (MQ=255) tActtttctgaaaaattaaattaatagtttatttataagctgtttttaagatgtcaggaggaatgaaatgtgaggaaattttcaagatatg < 2:3595045‑M1/91‑90 (MQ=255) actattctgtaaaattaaattaatattttatttataagctgtttttaagatttcaggaggaatgaaatgtgaggaaattttcaagatatgc < 1:3557585‑M1/91‑91 (MQ=255) aatttTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGATTCTTTTCTTTTTTAAAAAt < 2:3821932/91‑1 (MQ=255) aatttTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGATTCTTTTCTTTTTTAAAAAt < 2:1058152/91‑1 (MQ=255) | GCCATACTTGTAAATGCATATCTTGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTT‑AAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGATTCTTTTCTTTTTTAAAAAT > USA300TCH1516_ALE/2785750‑2785930 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |