| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2785840 | 246 (1.210) | 5 (0.030) | 4/150 | NT | 2.1% | intergenic (‑53/+371) | aur/isaB | Zinc metalloproteinase aureolysin/Immunodominant staphylococcal antigen B |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2785854 | 240 (1.260) | intergenic (‑67/+357) | aur/isaB | Zinc metalloproteinase aureolysin/Immunodominant staphylococcal antigen B | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
TGCATATCTTGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGATTCTTTTCTTTTTTAAAAATGTTATCTGTAGCTA > USA300TCH1516_ALE/2785764‑2785944 | tGCATATCTTGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAg > 2:2370212/1‑91 (MQ=255) cATATCTTGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGACATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAACTATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGta < 2:3595045‑M2/91‑3 (MQ=255) cATATCTTGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGta > 2:1072868‑M2/1‑89 (MQ=255) cATATCTTGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGta < 2:2304843‑M2/91‑3 (MQ=255) tatCTTGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGtaaa < 1:1672145‑M2/91‑5 (MQ=255) atCTTGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGtaaat > 2:1552374‑M2/1‑86 (MQ=255) 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tCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGAttatttctat > 1:2500696/1‑91 (MQ=255) ccTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGAttatttctatt > 2:2702328/1‑91 (MQ=255) cTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGAttatttctattt > 1:3219225/1‑91 (MQ=255) tCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGAttatttctattta < 2:3379363/91‑1 (MQ=255) cacaTTTCATTCCTCCTGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGAttatttctatttat > 2:1003999/1‑91 (MQ=255) cacaTTTCATTCCTCCTGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGAttatttctatttat > 1:304568/1‑91 (MQ=255) caTTTCATTCCTCCTGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGAttatttctatttattt < 2:3031538/91‑1 (MQ=255) caTTTCATTCCTCCTGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGAttatttctatttattt > 2:2916926/1‑91 (MQ=255) tttCATTCCTCCTGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGAttatttctatttatttct < 1:3844727/91‑1 (MQ=255) tCATTCCTCCTGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGAttatttctatttatttctat > 2:3798362/1‑91 (MQ=255) tCATTCCTCCTGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGAttatttctatttatttctat < 2:2646850/91‑1 (MQ=255) aTTCCTCCTGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATAc > 1:692286/1‑91 (MQ=255) aTTCCTCCTGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATAc > 1:1002430/1‑91 (MQ=255) ttCCTCCTGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACt > 2:909024/1‑91 (MQ=255) tcctccTGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACtt > 2:3438359/1‑91 (MQ=255) tcctccTGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACtt < 2:2757735/91‑1 (MQ=255) tcctccTAAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACtt < 2:1663171/91‑1 (MQ=255) cctcctGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACttt < 2:1771798/91‑1 (MQ=255) cctcctGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACttt < 1:261708/91‑1 (MQ=255) ctcctGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAATTATTAATTTAATTTTTCATAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTTTACtttt < 2:843444/91‑1 (MQ=255) tcctGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACttttt > 1:1022125/1‑91 (MQ=255) tGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGtt > 1:815035/1‑91 (MQ=255) gAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATAGTTTTTGTTc > 1:3785702/1‑91 (MQ=255) gAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTc > 1:3622475/1‑91 (MQ=255) 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tAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGAtt > 1:2950665/1‑91 (MQ=255) tAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGAtt < 1:1473218/91‑1 (MQ=255) aaaaCAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGAtttt > 1:2765166/1‑91 (MQ=255) aaaaCAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGAtttt > 2:807062/1‑91 (MQ=255) aaaCAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATttta > 1:750036/1‑91 (MQ=255) aCAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATtttatt < 2:1113389/91‑1 (MQ=255) aGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATtttattta < 2:2009761/91‑1 (MQ=255) aGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATtttattta > 2:402603/1‑91 (MQ=255) 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tataAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATCTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGa > 2:3545315/1‑91 (MQ=255) ataaataaAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGAt > 1:433614/1‑91 (MQ=255) ataaataaAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGAt > 1:2802172/1‑91 (MQ=255) aaataaaataTTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGAttc > 1:2294/1‑91 (MQ=255) aataaaataTTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGAttct > 1:413529/1‑91 (MQ=255) aataaaataTTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGAttct < 1:969300/91‑1 (MQ=255) aataaaataTTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGAttct < 2:1728334/91‑1 (MQ=255) taaaataTTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGAttcttt < 1:1326956/91‑1 (MQ=255) taaaataTTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTAGTTGATTTTATTTATTGAttcttt > 2:3229606/1‑91 (MQ=255) aaataTTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTTGTTGTTTTTATTTATTGAttcttttc > 2:991105/1‑91 (MQ=255) aaataTTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGAttcttttc < 2:581161/91‑1 (MQ=255) aataTTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGAttcttttct > 2:1743317/1‑91 (MQ=255) atatTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGAttcttttctt > 2:748567/1‑91 (MQ=255) atatTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTAGATTTTATTTATTGAttcttttctt > 1:3669492/1‑91 (MQ=255) tatTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGATtcttttcttt < 1:1612237/91‑1 (MQ=255) tatTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTCGTTCGTTGATTTTATTTATTGATtcttttcttt > 1:3508538/1‑91 (MQ=255) atTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGATTcttttctttt > 2:2438791/1‑91 (MQ=255) atTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGATTcttttctttt > 1:478340/1‑91 (MQ=255) ttaatttaatTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGATTCTTTTCttttt > 2:53302/1‑91 (MQ=255) ttaatttaatTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGATTCTTTTCttttt > 2:2151272/1‑91 (MQ=255) aatttaatttTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGATTCTTTTCTTTTTTa > 2:365018/1‑91 (MQ=255) aatttaatttTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGATTCTTTTCTTTTTTa > 1:313495/1‑91 (MQ=255) tttaatttTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGATTCTTTTCttttttttt > 2:1556365/1‑88 (MQ=255) aatttTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGATTCTTTTCTTTTTTAAAAAt > 1:1902637/1‑91 (MQ=255) ttttCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATAGTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGATTCTTTTCTTTTTTAAAAATGtt > 2:3259173/1‑91 (MQ=255) tttCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGATTCTTTTCTTTTTTAAAAATGTTa < 2:1587463/91‑1 (MQ=255) tCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGATTCTTTTCTTTTTTAAAAATGTTATc > 1:3877828/1‑91 (MQ=255) tCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTCTGTTCGTTGATTTTATTTATTGATTCTTTTCTTTTTTAAAAATGTTATc > 1:3426681/1‑91 (MQ=255) aaaaGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGATTCTTTTCTTTTTTAAAAATGTTATCTGTa < 1:361283/91‑1 (MQ=255) gTAAATGAGTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGATTCTTTTCTTTTTTAAAAATGTTATCTGTAGCta > 2:3835690/1‑91 (MQ=255) | TGCATATCTTGAAAATTTCCTCACATTTCATTCCTCCTGAAATCTTAAAAACAGCTTATAAATAAAATATTAATTTAATTTTTCAGAAAAGTAAATGATTATTTCTATTTATTTCTATACTTTTTGTTCGTTGATTTTATTTATTGATTCTTTTCTTTTTTAAAAATGTTATCTGTAGCTA > USA300TCH1516_ALE/2785764‑2785944 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |