| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | = 997 | 894 (0.430) | 152 (0.080) | 30/138 | NT | 16.4% | intergenic (+9/+6) | USA300HOU_RS14890/USA300HOU_RS15665 | replication protein/hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | = 1001 | 777 (0.430) | intergenic (+13/+2) | USA300HOU_RS14890/USA300HOU_RS15665 | replication protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 3244 total aligned reads displayed.
GAAGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGA > NC_012417/907‑1087 | aaGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAgtg > 2:1887420/1‑91 (MQ=255) aaGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAgtg < 2:2240560/91‑1 (MQ=40) aaGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAgtg > 2:2603052/1‑91 (MQ=255) aGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAgtgt > 1:1058291/1‑91 (MQ=255) aGATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAgtgt > 1:1986918/1‑91 (MQ=255) aTAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTcaac < 2:1055316‑M1/91‑5 (MQ=255) aTAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTcaac < 2:2402491‑M1/91‑5 (MQ=255) aTAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACACTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTg > 2:1412747/1‑91 (MQ=255) tAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTcaaca < 1:3611767‑M1/91‑6 (MQ=255) tAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAATcaaca < 1:3080596‑M1/91‑6 (MQ=255) aaaCAACAGGCGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTcaacact < 1:3783094‑M1/91‑8 (MQ=255) aaaCAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGact > 1:2894137‑M2/1‑88 (MQ=255) tatttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTa > 1:967500‑M1/73‑91 (MQ=255) aacaacAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTcaacacta < 1:1194218‑M1/91‑9 (MQ=255) aacaacAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGacta > 2:3043876‑M2/1‑87 (MQ=255) atttttgtgacactacatacagcatttgtcacaataataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTaa > 1:1784220‑M1/72‑91 (MQ=255) atttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTaa > 1:2053009‑M1/72‑91 (MQ=255) atttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacaggacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTaa > 2:845421‑M1/72‑91 (MQ=255) acaacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATCATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaa < 1:405692‑M2/91‑6 (MQ=255) aacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatg > 2:3703744‑M2/1‑84 (MQ=255) tttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTAATGt > 1:526541‑M1/69‑91 (MQ=255) tttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTAATGt > 1:2467613‑M1/69‑91 (MQ=255) acaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAGTTTGGAACTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgt > 2:3553657‑M2/1‑83 (MQ=255) acaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgt < 2:2681686‑M2/91‑9 (MQ=255) acaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgt < 1:234730‑M2/91‑9 (MQ=255) caGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgtc > 2:2961159‑M2/1‑82 (MQ=255) aGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTcaacactaatgtct < 1:3845935‑M1/91‑15 (MQ=255) gACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAACGCAAAATAATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgtctt < 1:1347552‑M2/91‑12 (MQ=255) gACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgtctt < 1:1433174‑M2/91‑12 (MQ=255) gACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgtctt < 1:370298‑M2/91‑12 (MQ=255) 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aataaaaaGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttgtt < 2:627342/88‑1 (MQ=255) gaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGa > 2:1691910/1‑91 (MQ=255) gaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGa < 1:1501863/91‑1 (MQ=255) aaaaaGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAt > 2:1501837/1‑91 (MQ=255) aaaGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAttt > 2:231562/1‑91 (MQ=255) aaaGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTCAACactaatgtcttaaataataattt > 1:1289778‑M2/1‑68 (MQ=255) aGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAttttt < 2:40949/91‑1 (MQ=255) caTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTtata > 1:2121598/1‑91 (MQ=255) caTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTtata > 1:597486/1‑91 (MQ=255) caTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTtata > 1:2197465/1‑91 (MQ=255) aTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATaa < 1:2410862/91‑1 (MQ=255) ttCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATaaa > 1:2815630/1‑91 (MQ=255) tCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTC‑TTTTTGTTGATTTTTTATaaaaa < 2:3922611/91‑1 (MQ=255) aTTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAG > 2:3489297‑M1/1‑91 (MQ=255) aTTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAG > 1:3378181‑M1/1‑91 (MQ=255) ttACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTgttgactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaat > 1:1876649‑M1/1‑51 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |