| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | = 997 | 894 (0.430) | 152 (0.080) | 30/138 | NT | 16.4% | intergenic (+9/+6) | USA300HOU_RS14890/USA300HOU_RS15665 | replication protein/hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | = 1001 | 777 (0.430) | intergenic (+13/+2) | USA300HOU_RS14890/USA300HOU_RS15665 | replication protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 2715 total aligned reads displayed.
ATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAA > NC_012417/911‑1091 | aTAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTg < 2:3780879/91‑1 (MQ=255) ttatttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACt > 2:1996178‑M1/74‑91 (MQ=255) tatttttgtgacactacatacataatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTa > 2:2885582‑M1/73‑91 (MQ=255) aacaacAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGacta < 1:146354‑M2/91‑5 (MQ=255) atttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTaa > 1:1678563‑M1/72‑91 (MQ=255) attgttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTaa > 1:3561753‑M1/72‑91 (MQ=255) acaacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaa > 1:1204667‑M2/1‑86 (MQ=255) acaacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaa < 2:2733061‑M2/91‑6 (MQ=255) acaacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaa < 1:489446‑M2/91‑6 (MQ=255) caacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACAGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCACAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaat < 2:1111136‑M2/91‑7 (MQ=255) ttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTAATg > 1:1060540‑M1/70‑91 (MQ=255) ttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTAATg > 2:1470668‑M1/70‑91 (MQ=255) aacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatg < 1:1354317‑M2/91‑8 (MQ=255) aacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACACTAGTGTTGactaatg < 2:2220394‑M2/91‑8 (MQ=255) acaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgt > 2:2154242‑M2/1‑83 (MQ=255) acaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgt > 1:1740586‑M2/1‑83 (MQ=255) acaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgt < 2:3218949‑M2/91‑9 (MQ=255) acaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgt < 1:3089328‑M2/91‑9 (MQ=255) cGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCtttt > 1:3216323/1‑91 (MQ=255) cGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTAtttt > 2:709079/1‑91 (MQ=255) gaagaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCttttt > 1:3619623/1‑91 (MQ=255) aagaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTTGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTTACTAATGTCtttttt < 1:1841091/91‑1 (MQ=255) agaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttg < 2:160451/91‑1 (MQ=255) gaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttgt < 2:2943916/91‑1 (MQ=255) gaaaaaaagcaCATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATCAGTTATCactaatgtcttaaataat > 2:3129777‑M2/4‑73 (MQ=255) aagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttgtt > 2:1199885/1‑91 (MQ=255) aagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTCAACactaatgtcttaaataat > 1:2200069‑M2/1‑73 (MQ=255) aagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAACAAAATTATTATTTAAGACATTAGTCAACactaatgtcttaaataat > 2:3047763‑M2/1‑73 (MQ=255) agaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttgttg < 1:851584/91‑1 (MQ=255) agaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTCAACactaatgtcttaaataata > 1:2363679‑M2/1‑72 (MQ=255) aGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAttttt < 2:1664438/91‑1 (MQ=255) aGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAttttt < 2:40949/91‑1 (MQ=255) aGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAttttt > 1:2419242/1‑91 (MQ=255) aGCACATTCAATGACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATGAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAttttt < 2:3557264/91‑1 (MQ=255) cacaTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTta > 1:2002217/1‑91 (MQ=255) aTTCAATCACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATaa < 1:1956509/91‑1 (MQ=255) tCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTC‑TTTTTGTTGATTTTTTATaaaaa < 2:3922611/91‑1 (MQ=255) aTTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAG > 1:2810260‑M1/1‑91 (MQ=255) 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ccGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGCTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACT < 1:3422009‑M1/91‑1 (MQ=255) gCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGT < 1:760530‑M1/91‑1 (MQ=255) gCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTAATAAAAAAGTACTGT < 2:3709278‑M1/91‑1 (MQ=255) aaTTTGGAATTTCGAAGAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCT < 2:1786508‑M1/91‑1 (MQ=255) aaTTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCT < 2:2464707‑M1/91‑1 (MQ=255) aaTTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTCGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCT > 2:3331207‑M1/1‑91 (MQ=255) aTTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTT > 2:1268486‑M1/1‑91 (MQ=255) ttGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTAT < 1:1554922‑M1/91‑1 (MQ=255) 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tgtTGactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgtttta < 2:3424117‑M2/91‑87 (MQ=255) TGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGa > 1:114797‑M1/1‑91 (MQ=255) gtTGactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgttttat < 2:2574446‑M2/91‑88 (MQ=255) gtTGACTAATGTCTTTTTTTTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACATATGCTGTATGTAGtgtcataaatataagac < 2:3492740‑M2/91‑18 (MQ=255) gACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTTTCTTATGTTGTATGTAGtgtcacaaaaataagataaa < 2:569610‑M2/91‑21 (MQ=255) gACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACaaa > 2:1535353/1‑91 (MQ=255) | ATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAA > NC_012417/911‑1091 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |