| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2161 | 198 (0.970) | 13 (0.070) | 10/152 | NT | 6.4% | intergenic (+256/‑22) | dnaA/dnaN | Chromosomal replication initiator protein DnaA/DNA polymerase III subunit beta |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2172 | 195 (1.010) | intergenic (+267/‑11) | dnaA/dnaN | Chromosomal replication initiator protein DnaA/DNA polymerase III subunit beta | |||||
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
CGCCAAATCTATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCA > USA300TCH1516_ALE/2071‑2251 | cGCCAAATCTATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAAC > 1:3280569‑M1/1‑91 (MQ=255) gCCAAATCTATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACg > 2:2082428/1‑91 (MQ=255) ccAGATCTATGTTTTTAAGACTTAGCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAGTTATATATAAACGa < 2:1651540/91‑1 (MQ=255) ccAAATCTATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGa < 1:2474844/91‑1 (MQ=255) aaaaTCTATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGAc < 2:3935559/90‑1 (MQ=255) aaTCTATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTg > 2:1709359/1‑91 (MQ=255) aTCTATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATCTAAATATATATAAACGACTgg > 1:3386097/1‑91 (MQ=255) aTCTATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTgg > 1:2264556/1‑91 (MQ=255) tCTATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCGATATAATTATATATAAACGACTGGa > 1:3667982/1‑91 (MQ=255) tATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAg < 2:3132384/91‑1 (MQ=255) tATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAg < 2:325762/91‑1 (MQ=255) aTGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtccttccagt < 1:1480145‑M1/91‑11 (MQ=255) aTGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtccttccagt < 1:1510266‑M1/91‑11 (MQ=255) aTGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTAGATAATTATATATAAACGACTGGAAgg < 2:2248507/91‑1 (MQ=255) tGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGa > 1:2823762/1‑91 (MQ=255) tGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGa > 1:2141770/1‑91 (MQ=255) tttttAAGACTTATCCACCAATCCACAGNACCTNCTACTATTACTNAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAgt > 1:1355329‑M2/1‑89 (MQ=255) tttttAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAgt < 2:1726898‑M2/91‑3 (MQ=255) tttttAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAgt < 1:2314310‑M2/91‑3 (MQ=255) tttttAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAgt < 2:1726796‑M2/91‑3 (MQ=255) tAAGACTTATCCACCATTCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTtta < 2:3788315/91‑1 (MQ=255) tAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTtta < 1:3719327/91‑1 (MQ=255) aaGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTttaa < 2:3857849/91‑1 (MQ=255) aaGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTttaa < 1:3640262/91‑1 (MQ=255) cTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtccttccagtcgtttatatata < 1:517464‑M1/91‑23 (MQ=255) cTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTttaattaa > 2:597022/1‑91 (MQ=255) cTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAACGAGTTttaattaa > 2:220929/1‑91 (MQ=255) ttATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTtaattaat < 1:2027167/91‑1 (MQ=255) tATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATACACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAatg > 2:145085/1‑91 (MQ=255) tATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAatg < 2:3459644/91‑1 (MQ=255) tATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAatg > 1:39146/1‑91 (MQ=255) aTCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAatga < 1:3340022/91‑1 (MQ=255) tCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAatgat > 1:530819/1‑91 (MQ=255) tCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAatgat > 2:185489/1‑91 (MQ=255) tCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAatgat > 1:1017524/1‑91 (MQ=255) tCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAatgat < 1:2963869/91‑1 (MQ=255) ccaATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtccttccggtcggttatatataattatata < 2:1166014‑M1/91‑31 (MQ=255) ccaATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGaa < 1:1086517/91‑1 (MQ=255) tCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCa < 2:2474419/91‑1 (MQ=255) tCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCa > 2:3098488/1‑91 (MQ=255) ccACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCAc > 2:2032547/1‑91 (MQ=255) cacaGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACt > 2:1002537/1‑91 (MQ=255) acaGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTa > 2:442380/1‑91 (MQ=255) caGCACCTACTACTATTACTAAGAGCTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGAAGGAATTCACTAt < 2:3672414/91‑1 (MQ=255) caGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaa < 1:3038494‑M2/91‑28 (MQ=255) caGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTAt > 2:1467309/1‑91 (MQ=255) caGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTAt > 2:2611609/1‑91 (MQ=255) gCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTa > 2:3340271/1‑91 (MQ=255) gCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTa > 1:2293804/1‑91 (MQ=255) aCCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTaaa > 2:3176374/1‑91 (MQ=255) ccTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTaaaa < 2:539745/91‑1 (MQ=255) actactaTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAagag > 1:69696/1‑91 (MQ=255) actactaTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAagag > 2:3757027/1‑91 (MQ=255) actactaTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAagag < 2:1313813/91‑1 (MQ=255) aatactaTTACTAAGAACTTAAAACCTATAAAATTATATATAAACGACTGGAAAGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACGATTAAAaggg < 2:2411056/89‑3 (MQ=255) tactaTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGat < 1:1948874/91‑1 (MQ=255) actaTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGatt > 2:1841309/1‑91 (MQ=255) actaTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGatt < 2:187926/91‑1 (MQ=255) actaTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGatt < 1:649587/91‑1 (MQ=255) ctaTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGatta > 1:2401536/1‑91 (MQ=255) taTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGattat < 1:2620542/91‑1 (MQ=255) taTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGattat < 1:717674/91‑1 (MQ=255) aTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGattatt < 1:1596922/91‑1 (MQ=255) cTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGAttattttat < 1:1815593/91‑1 (MQ=255) cTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGAttattttat < 2:2897838/91‑1 (MQ=255) cTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGAttattttat > 1:201570/1‑91 (MQ=255) aGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTac < 2:72628/91‑1 (MQ=255) aGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTac < 1:3619160/91‑1 (MQ=255) aGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTac > 2:110183/1‑91 (MQ=255) gAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTaca < 1:2803941/91‑1 (MQ=255) gAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTaca < 1:1030705/91‑1 (MQ=255) aaCTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtg < 1:2868038‑M2/91‑51 (MQ=255) aaCTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTacac > 2:1768332/1‑91 (MQ=255) aCTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTAcaca > 2:2230123/1‑91 (MQ=255) ttAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAAt < 1:74293/91‑1 (MQ=255) aaaaCCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTa < 1:303091/91‑1 (MQ=255) aaaCCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTATAAGAGATTATTTTATTACACAATTaa < 2:3280807/91‑1 (MQ=255) aaCCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTaaa > 1:1755767/1‑91 (MQ=255) aaCCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTaaa < 1:763924/91‑1 (MQ=255) aCCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAAt > 1:3359519/1‑91 (MQ=255) ccTATATAGTTATATATAAACTACTTCCAGGCgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggatt > 2:1533892‑M2/1‑32 (MQ=255) ccTATATAATTATATATAAACgactggaaggagtttatatagaattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggatt > 1:3426199‑M1/1‑21 (MQ=255) ccTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATg < 2:1065821/91‑1 (MQ=255) ccTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATg > 1:120514/1‑91 (MQ=255) ccTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATg > 2:1743932/1‑91 (MQ=255) cTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGa < 2:2300663/91‑1 (MQ=255) cTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGa < 2:1606577/91‑1 (MQ=255) atataATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGaca < 1:2062854/91‑1 (MQ=255) atataATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGaca < 1:548402/91‑1 (MQ=255) atatataAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTTTTACACAATTAAATGACACATTaaaa < 2:2237426/91‑1 (MQ=255) tatataAACGCATGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGCATTCAATATTACAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAg > 1:3144047/1‑91 (MQ=255) tatataAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAg > 1:1713162/1‑91 (MQ=255) tatataAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAg < 2:34019/91‑1 (MQ=255) atataAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGc < 2:1165362/91‑1 (MQ=255) atataAACGACTGGAAGGAGTTTAAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGc < 2:3024155/91‑1 (MQ=255) ataAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTa < 2:1961091/91‑1 (MQ=255) taAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTAt < 1:3202857/91‑1 (MQ=255) aaaCGACTGGAAGGAGTTTTAATTATTGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTAtt < 1:3678350/91‑1 (MQ=255) aCtccttccagtcgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagtcttaaaaa < 2:2169926‑M1/91‑90 (MQ=255) ctccttccagtcgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtgaataagtattaaaaac < 2:949724‑M1/91‑91 (MQ=255) | CGCCAAATCTATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCA > USA300TCH1516_ALE/2071‑2251 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |