BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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*	?	USA300TCH1516_ALE	= 2172	195 (1.010)	13 (0.070)	10/152	NT	6.4%	intergenic (+267/‑11)	dnaA/dnaN	Chromosomal replication initiator protein DnaA/DNA polymerase III subunit beta

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TGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGAACAAC  >  USA300TCH1516_ALE/2082‑2262

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  tttttAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAgt                                                                                          <  2:2169926‑M2/91‑3 (MQ=255)

  tttttAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAgt                                                                                          >  1:181099‑M2/1‑89 (MQ=255)

      tAAGACTTATCCACCATTCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTtta                                                                                      <  2:3788315/91‑1 (MQ=255)

       aaGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTttaa                                                                                     <  1:3640262/91‑1 (MQ=255)

        aGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTCttaat                                                                                    >  2:3203950/1‑91 (MQ=255)

         gACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTttaatt                                                                                   >  1:3351643/1‑91 (MQ=255)

             tATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATACACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAatg                                                                               >  2:145085/1‑91 (MQ=255)

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              aTCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATGTATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAatga                                                                              <  2:3874703/91‑1 (MQ=255)

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              aTCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAatga                                                                              <  1:3340022/91‑1 (MQ=255)

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                 caccaATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATgg                                                                           <  1:2823810/91‑1 (MQ=255)

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                   ccaATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGaa                                                                         <  1:1086517/91‑1 (MQ=255)

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                                                                            aaaCGACTGGAAGGAGTTTTAATTATTGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTAtt                <  1:3678350/91‑1 (MQ=255)

                                                                                 aCTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagtcttaaaaacat           <  1:2466815‑M2/91‑82 (MQ=255)

                                                                                 aCTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagtcttaaaaacat           <  1:1480145‑M2/91‑82 (MQ=255)

                                                                                 aCTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagtcttaaaaacat           <  2:3130477‑M2/91‑82 (MQ=255)

                                                                                 aCTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCAcc           <  2:864215/91‑1 (MQ=255)

                                                                                   tGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCaa         >  1:3836056/1‑91 (MQ=255)

                                                                                   tGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCaa         >  1:819104/1‑91 (MQ=255)

                                                                                   tGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCaa         >  2:643140/1‑91 (MQ=255)

                                                                                      aaGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagtcttaaaaacatagatt      <  1:492359‑M2/91‑87 (MQ=255)

                                                                                      aaGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGaa      <  2:231724/91‑1 (MQ=255)

                                                                                       aGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGaac     >  2:3799716/1‑91 (MQ=255)

                                                                                       aGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGaac     >  2:1998063/1‑91 (MQ=255)

                                                                                        ggAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGaaca    >  1:1994995/1‑91 (MQ=255)

TGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGAACAAC  >  USA300TCH1516_ALE/2082‑2262

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.