| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 88662 = | 245 (1.200) | 19 (0.120) | 9/126 | NT | 9.7% | intergenic (+35/‑730) | nusG_1/USA300TCH1516_00080 | Transcription termination/antitermination protein NusG/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 88722 = | 163 (1.020) | intergenic (+95/‑670) | nusG_1/USA300TCH1516_00080 | Transcription termination/antitermination protein NusG/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 352 total aligned reads displayed.
GTAAAATCATTAAAAATCATAAATGGATGACAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGATATTTTTTAGTGTGTAAATTAAAAAGAATTTTAGAAGA > USA300TCH1516_ALE/88572‑88752 | gtttttaattatataatttcaattaataaggtaatgaacagttttttgataaatgttattcttctaaaattctttttaatttacacactaa < 1:269832‑M1/1‑1 (MQ=255)gTAAAATCATTAAAAATCATAAATGGATGACAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGAtata > 2:2804386/1‑91 (MQ=255) tttttaattatataatttcaattaataaggtaatgaacagttttttgataaatgttattcttctaaaattctttttaatttacacactaaa > 2:816257‑M1/90‑91 (MQ=255) ttttaattatataatttcaattaataaggtaatgaacagttttttgataaatgttattcttctaaaattctttttaatttacacactaaaa > 2:3940863‑M1/89‑91 (MQ=255) ttttaattatataatttcaattaataaggtaatgaacagttttttgataaatgttattcttctaaaattctttttaatttacacactaaaa > 1:1669552‑M1/89‑91 (MQ=255) aaaaTCATTAAAAATCATAAATGGATGACAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATaaa > 1:3530210/1‑91 (MQ=255) aaaaTCATTAAAAATCATAAATGGATGACAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATaaa > 1:3517807/1‑91 (MQ=255) tttaattatataatttcaattaataaggtaatgaacagttttttgataaatgttattcttctaaaattctttttaatttacacactaaaaa < 2:1125361‑M1/4‑1 (MQ=255) aaaTCATTAAAAATCATAAATGGATGACAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTCGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATaaaa > 2:3229604/1‑91 (MQ=255) ttaattatataatttcaattaataaggtaatgaacagttttttgataaatgttattcttctaaaattctttttaatttacacactaaaaaa < 1:2900752‑M1/5‑1 (MQ=255) ttaattatataatttcaattaataagataatgaacagttttttgataaatgttattcttctaaaattctttttaatttacacactaaaaaa > 2:3419057‑M1/87‑91 (MQ=255) taattatataatttcaattaataaggtaatgaacagttttttgataaatgttattcttctaaaattctttttaatttacacactaAAAAat > 1:3459935‑M1/86‑91 (MQ=255) taattatataatttcaattaataaggtaatgaacagttttttgataaatgttattcttctaaaattctttttaatttacacactaAAAAat < 2:3085757‑M1/6‑1 (MQ=255) taattatataatttcaattaataaggtaatgaacagttttttgataaatgttattcttctaaaattctttttaatttacacactaAAAAat > 2:3319413‑M1/86‑91 (MQ=255) aTCATTAAAAATCATAAATGGATGACAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAat < 1:1140978/91‑1 (MQ=255) tCATTAAAAATCATAAATGGATGACAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAata < 1:1172070/91‑1 (MQ=255) aattatataatttcaattaataaggtaatgaacagttttttgataaatgttattcttctaaaattctttttaatttacacactaAAAAata < 1:3853037‑M1/7‑1 (MQ=255) aattatataatttcaattaataaggtaatgaacagttttttgataaatgttattcttctaaaattctttttaatttacacactaAAAAata < 2:1854208‑M1/7‑1 (MQ=255) attatataatttcaattaataaggtaatgaacagtttttttttaaatgttattcttctaaaattctttttaatttacacactaAAAAatat < 2:1285983‑M1/8‑1 (MQ=255) attatataatttcaattaataaggtaatgaacagttttttgataaatgttattcttctaaaattctttttaatttacacactaAAAAatat > 1:1020274‑M1/84‑91 (MQ=255) attatataatttcaattaataaggtaatgaacagttttttgataaatgttattcttctaaaattctttttaatttacacactaAAAAatat > 2:918369‑M1/84‑91 (MQ=255) aTTAAAAATCATAAATGGATGACAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATAtc < 2:3643264/91‑1 (MQ=255) aTTAAAAATCATAAATGGATGACAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATAtc < 2:3853211/91‑1 (MQ=255) tatataatttcaattaataaggtaatgaacagttttttgataaatgttattcttctaaaattctttttaatttacacactaAAAAATAtcc < 2:1079964‑M1/10‑1 (MQ=255) tatataatttcaattaataaggtaatgaacagttttttgataaatgttattcttctaaaattctttttaatttacacactaAAAAATAtcc > 1:64316‑M1/82‑91 (MQ=255) ataataatttcaattaataaggtaatgaacagttttttgataaatgttattcttctaaaattctttttaatttacacactaAAAAATAtcc < 1:1913647‑M1/10‑1 (MQ=255) atataatttcaattaataaggtaatgaacagttttttgataaatgttattcttctaaaattctttttaatttacacactaAAAAATAtcct < 2:2154134‑M1/11‑1 (MQ=255) atataatttcaattaataaggtaatgaacagttttttgataaatgttattcttctaaaattctttttaatttacacactaAAAAATAtcct > 1:3921586‑M1/81‑91 (MQ=255) aaTCATAAATGGATGACAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCtt > 1:320385/1‑91 (MQ=255) aaTCATAAATGGATGACAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCtt < 2:2440379/91‑1 (MQ=255) aTAAATGGATGACAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATc > 1:3582172/1‑91 (MQ=255) aTAAATGGATGACAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATc > 1:2320353/1‑91 (MQ=255) aTAAATGGATGACAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATc < 1:905761/91‑1 (MQ=255) aaaTGGATGACAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCaa > 1:1456220/1‑91 (MQ=255) aaaTGGATGACAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCaa > 1:2143249/1‑91 (MQ=255) aaTGGATGACAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCaat > 1:2969518/1‑91 (MQ=255) ttgATGACAGTAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATATATATAAAAATATCCTCCTTAATCaataa < 2:172531/89‑1 (MQ=255) tGGATGACAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCaataa < 2:2652986/91‑1 (MQ=255) ggATGACAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCaataat > 1:1988649/1‑91 (MQ=255) ggATGACAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCaataat < 2:1549987/91‑1 (MQ=255) gATGACAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAAtt < 1:698859/91‑1 (MQ=255) aTGACAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAAttt < 2:2661919/91‑1 (MQ=255) tGACAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTa < 2:2337769/91‑1 (MQ=255) tGACAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTa < 2:2566885/91‑1 (MQ=255) aCAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTaaa < 1:443153/91‑1 (MQ=255) aCAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTaaa > 2:1433911/1‑91 (MQ=255) aCAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTaaa > 1:138984/1‑91 (MQ=255) ggAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATaa < 1:132364/91‑1 (MQ=255) agaTGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACt < 2:1678274/89‑1 (MQ=255) aaTGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACtt < 1:1939464/91‑1 (MQ=255) aaTGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACtt < 2:174778/91‑1 (MQ=255) ggAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACttat < 2:1325725/90‑1 (MQ=255) gAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACttatt > 2:2895904/1‑91 (MQ=255) gAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACttatt < 1:2713585/91‑1 (MQ=255) aGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACttatta > 1:3184755/1‑91 (MQ=255) cttaaaGCACGATAAAAATCTAATTCTAAATTTATAAATAAATAAATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTattatt < 2:368309/88‑1 (MQ=255) cTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTattatt < 2:1360548/91‑1 (MQ=255) tttttgataaatgttattcttctaaaattctttttaatttacacactaAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTg > 2:2478193‑M1/49‑91 (MQ=255) tGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTGATCAATAATTTAAATAACTTATTATTg < 1:416921/91‑1 (MQ=255) tGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTg > 2:1161630/1‑91 (MQ=255) tGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTg > 1:562049/1‑91 (MQ=255) gAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGt > 1:368494/1‑91 (MQ=255) cACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAagg > 1:1098716/1‑91 (MQ=255) taaatgttattcttctaaaattctttttaatttacacactaAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAagga > 2:1632367‑M1/42‑91 (MQ=255) aaatgttattcttctaaaattctttttaatttacacactaAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAaggag > 2:3759940‑M1/41‑91 (MQ=255) aaatgttattcttctaaaattctttttaatttacacactaAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAaggag > 1:3379207‑M1/41‑91 (MQ=255) gATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAaggagg > 2:2103004/1‑91 (MQ=255) gATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAaggagg > 1:1836199/1‑91 (MQ=255) gATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAaggagg < 2:3561629/91‑1 (MQ=255) atgttattcttctaaaattctttttaatttacacactaAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAggagga > 1:3017446‑M1/39‑91 (MQ=255) aTAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAggagga < 1:1576181/91‑1 (MQ=255) tAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGat > 2:494863/1‑91 (MQ=255) aaaaaTCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGata < 2:1790167/91‑1 (MQ=255) aaaaaTCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGata < 2:3142499/91‑1 (MQ=255) aaTCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGATAttt > 2:1988100/1‑91 (MQ=255) aTCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGATAtttt < 1:1358845/91‑1 (MQ=255) cTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGATAtttttt < 1:217620/91‑1 (MQ=255) aGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGATATTTTTTAg < 2:761292/91‑1 (MQ=255) aGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGATATTTTTTAg > 2:2282979/1‑91 (MQ=255) aGTTCTAAATAGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGATATTTTTTAg > 1:785129/1‑91 (MQ=255) cTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGATATTTTTTAgtgtg > 2:292508/1‑91 (MQ=255) cTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGATATTTTTTAgtgtg < 1:1806778/91‑1 (MQ=255) aaaTTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGATATTTTTTAGTGTGTa > 1:3571093/1‑91 (MQ=255) aaaTTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGATATTTTTTAGTGTGTa < 2:388499/91‑1 (MQ=255) aTTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGATATTTTTTAGTGTGTaaa > 2:616327/1‑91 (MQ=255) gagaAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGATATTTTTTAGTGTGTAAATTa < 2:409511/91‑1 (MQ=255) aaataaatAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGATATTTTTTAGTGTGTAAATTaaaa > 1:2745320/1‑91 (MQ=255) aataaataGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGATATTTTTTAGTGTGTAAATTaaaaa > 1:3746078/1‑91 (MQ=255) aataaataGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGATATTTTTTAGTGTGTAAATTaaaaa > 1:2362108/1‑91 (MQ=255) taaataGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGATATTTTTTAGTGTGTAAATTAAAAAGa > 2:1499821/1‑91 (MQ=255) aataGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGATATTTTTTAGTGTGTAAATTAAAAAGAAt < 2:2234828/91‑1 (MQ=255) taGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGATATTTTTTAGTGTGTAAATTAAAAAGAAttt < 1:2646526/91‑1 (MQ=255) taGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGATATTTTTTAGTGTGTAAATTAAAAAGAAttt < 2:219596/91‑1 (MQ=255) taGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAAAAACTTATTATTGTTAAGGAGGATATTTTTTAGTGTGTAAATTAAAAAGAAttt > 1:3336525/1‑91 (MQ=255) aGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGATATTTTTTAGTGTGTAAATTAAAAAGAAtttt < 2:1246769/91‑1 (MQ=255) gATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGATATTTTTTAGTGTGTAAATTAAAAAGAATTTTa > 2:1296229/1‑91 (MQ=255) gATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGATATTTTTTAGTGTGTAAATTAAAAAGAATTTTa > 2:3371346/1‑91 (MQ=255) gATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGATATTTTTTAGTGTGTAAATTAAAAAGAATTTTa < 1:1751980/91‑1 (MQ=255) tataAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGATATTTTTTAGTGTGTAAATTAAAAAGAATTTTaga > 2:2940914/1‑91 (MQ=255) ataAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGATATTTTTTAGTGTGTAAATTAAAAAGAATTTTagaa < 2:1936498/91‑1 (MQ=255) | GTAAAATCATTAAAAATCATAAATGGATGACAGGAAATGAGCTGAAAGCACGATAAAAATCTAGTTCTAAATTGAGAAATAAATAGATATAAAAATATCCTCCTTAATCAATAATTTAAATAACTTATTATTGTTAAGGAGGATATTTTTTAGTGTGTAAATTAAAAAGAATTTTAGAAGA > USA300TCH1516_ALE/88572‑88752 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |