New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 161003 = | 188 (0.920) | 22 (0.140) | 8/124 | NT | 15.1% | intergenic (+17/+114) | deoB/phnE_1 | Phosphopentomutase/Phosphate‑import permease protein PhnE |
? | USA300TCH1516_ALE | 161059 = | 102 (0.650) | intergenic (+73/+58) | deoB/phnE_1 | Phosphopentomutase/Phosphate‑import permease protein PhnE |
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
GTGCAACTATAGCAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAACAATAGTTTTCTTCACTGCTGTTTTTATTATAATAGAGAAACGTAAGACGGTAGGACTTCTTA > USA300TCH1516_ALE/160913‑161093 | tttccggttcaatccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataa < 1:3186525‑M1/1‑1 (MQ=255) tccggttcaatccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataata > 1:3267161‑M1/89‑91 (MQ=255) ccggttcaatccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataataa < 1:548257‑M1/4‑1 (MQ=255) cAACTATAGCAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATaa < 2:3335806/91‑1 (MQ=255) cAACTATAGCAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATaa < 2:1422389/91‑1 (MQ=255) cggttcaatccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataATaaa > 1:1617687‑M1/87‑91 (MQ=255) aaCTATAGCAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATaaa > 2:565443/1‑91 (MQ=255) aCTATAGCAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATaaaa > 1:316757/1‑91 (MQ=255) aCTATAGCAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATaaaa > 1:316470/1‑91 (MQ=255) aCTATAGCAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATaaaa < 2:3172602/91‑1 (MQ=255) aCTATAGCAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATaaaa < 2:1305882/91‑1 (MQ=255) gttcaatccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataATaaaaa < 2:1440310‑M1/7‑1 (MQ=255) cTATAGCAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATaaaaa > 2:1288383/1‑91 (MQ=255) ttcaatccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataATAAAAAc < 2:1614756‑M1/8‑1 (MQ=255) tataGCAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAAc < 1:1969955/91‑1 (MQ=255) tataGCAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAAc < 2:3163201/91‑1 (MQ=255) taGCAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAAcag > 2:3157348/1‑91 (MQ=255) caatccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataATAAAAAcag < 2:898433‑M1/10‑1 (MQ=255) aatccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataATAAAAAcagc < 1:996949‑M1/11‑1 (MQ=255) aGCAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAAcagc > 1:2123125/1‑91 (MQ=255) tccgaaaacgtattgtttaacattaaatcaggatactcctaaataagaagtcctaccgtcttacgtttctctattataATAAAAAcagcag > 2:2938126‑M1/79‑91 (MQ=255) cAGATAATTTCAACGTAACATTACCAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTTAGATATTATAAAAAcagcag < 2:2635326/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |