| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 329211 | 178 (0.870) | 18 (0.100) | 8/140 | NT | 10.4% | intergenic (+79/+64) | USA300HOU_RS01475/ssaA2_1 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 329244 | 156 (0.880) | intergenic (+112/+31) | USA300HOU_RS01475/ssaA2_1 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 | |||||
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
ATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAAC > USA300TCH1516_ALE/329121‑329301 | ataCTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑A < 1:1150339‑M1/91‑1 (MQ=255) taCTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑aa < 1:1914537/91‑1 (MQ=255) cTTTCGTAAACGTTTTTGACTAATGGGGCATGTAGAGAACTCTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATCGCATACAAAATAAAGCGACC‑CAtt > 2:3679201/1‑91 (MQ=255) cTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AAtt > 1:2912365/1‑91 (MQ=255) tttCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AAttt < 1:3407330/91‑1 (MQ=255) ttCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AAtttt < 1:271290/91‑1 (MQ=255) ttCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AAtttt < 1:3302039/91‑1 (MQ=255) aaaCGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGACTACCATACAAAATAAAGCGACC‑ACTTTTGCAgt > 2:3604074/1‑91 (MQ=255) cGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGtt < 1:668142/91‑1 (MQ=255) gATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTa > 2:3113710/1‑91 (MQ=255) gATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTa < 1:1452367/91‑1 (MQ=255) gATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTa < 1:295645/91‑1 (MQ=255) ttttGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACg > 1:747499/1‑91 (MQ=255) ttttGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACg < 2:2607766/91‑1 (MQ=255) ttttGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACg > 1:5240/1‑91 (MQ=255) ttGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGaa > 2:2063756/1‑91 (MQ=255) tGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAAt > 2:2524954/1‑91 (MQ=255) gATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAAtt > 1:433509/1‑91 (MQ=255) gATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAAtt > 2:3563021/1‑91 (MQ=255) gATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAAtt > 2:436321/1‑91 (MQ=255) aTTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTg > 1:2409877/1‑91 (MQ=255) aTTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTg > 2:1390561/1‑91 (MQ=255) ttAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGt < 1:2175852/91‑1 (MQ=255) tgcttcagaagtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTaa > 1:4144‑M1/58‑91 (MQ=255) aaTGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAGTAACATACAAAATAAAGCGACCAAttttgcagtttacaattcgtaac < 1:1373449‑M1/91‑24 (MQ=255) aaTGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTaa < 1:3520210/91‑1 (MQ=255) aaTGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTaa < 1:1848599/91‑1 (MQ=255) aaTCGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTaa < 1:3193819/91‑1 (MQ=255) ggggAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACt > 2:3286260/1‑91 (MQ=255) ggAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAAttttgcagtttacaattcgtaacactgc < 1:445964‑M1/91‑29 (MQ=255) aaTGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGa < 2:3349754/91‑1 (MQ=255) ttgTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAAGAACATACAAAATAAAGCGACC‑Agttcgcagtttacaattcgtaacactgcaaaa < 2:3912872‑M1/90‑33 (MQ=255) gtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACt > 2:1776722‑M1/48‑91 (MQ=255) gtttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACt > 1:3889970‑M1/48‑91 (MQ=255) gTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACt > 1:2249720‑M2/1‑90 (MQ=255) gTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACt > 1:2249419‑M2/1‑90 (MQ=255) tttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTg > 1:315157‑M1/47‑91 (MQ=255) tAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtg < 2:2415795‑M2/91‑3 (MQ=255) ttcatcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTgg > 2:215189‑M1/46‑91 (MQ=255) agagAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtgg < 2:2274986‑M2/91‑4 (MQ=255) gaACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggtcg < 1:2628329‑M2/91‑7 (MQ=255) atcatataattacatccattaaattaatcatgacatcaataaAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCg > 1:1010363‑M1/43‑91 (MQ=255) aCATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑Agttcgcagtttacaattcgtaacactgcaaaattggtcgct < 1:3633579‑M1/91‑42 (MQ=255) cATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACtggtcgctt > 2:3829454‑M2/1‑82 (MQ=255) tttCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCtttt < 2:1200131/91‑1 (MQ=255) ttCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCttttt > 1:3438098/1‑91 (MQ=255) ttCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCttttt < 1:574391/91‑1 (MQ=255) tCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTCAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTa > 1:3027168/1‑91 (MQ=255) tCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTa > 2:2763387/1‑91 (MQ=255) cTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTAt < 1:2118404/91‑1 (MQ=255) cTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTAt < 1:787295/91‑1 (MQ=255) cTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTAt < 1:1778059/91‑1 (MQ=255) cTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTAt < 1:2968163/91‑1 (MQ=255) tttGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTAtt > 2:1253661/1‑91 (MQ=255) ttacatccattaaattaatcatgacatcaaaatAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTAtt > 1:159125‑M1/34‑91 (MQ=255) ttGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTg < 2:766315/91‑1 (MQ=255) ttGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTg > 2:787706/1‑91 (MQ=255) catccattaaattaatcatgacatcaaaatAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGAt > 2:2820928‑M1/31‑91 (MQ=255) aTTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTGCGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTc < 2:3258018/91‑1 (MQ=255) ttttATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCa < 2:2004215/91‑1 (MQ=255) tttATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCAt < 1:1169014/91‑1 (MQ=255) ataATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGAt < 1:934382/91‑1 (MQ=255) aaTCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGAtta < 2:2645494/91‑1 (MQ=255) aaTCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTGATTGATGTCATGAtta > 2:3041896/1‑91 (MQ=255) aTCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGAttaa > 2:2258172/1‑91 (MQ=255) tCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGAttaat < 1:2204979/91‑1 (MQ=255) gAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGAttaattt < 1:3543057/91‑1 (MQ=255) aTAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTGTTTATTGATGTCATGAttaatttaa > 1:3684311/1‑91 (MQ=255) aaCATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATg < 1:728117/91‑1 (MQ=255) aaCATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATg < 1:1245974/91‑1 (MQ=255) aCATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATgg > 2:2577462/1‑91 (MQ=255) aCATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATCGATGTCATGATTAATTTAATgg > 2:3191903/1‑91 (MQ=255) cATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGa > 2:2170299/1‑91 (MQ=255) cATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGa > 2:621518/1‑91 (MQ=255) aTACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGAt > 2:2845972/1‑91 (MQ=255) aCAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGt > 2:1667844/1‑91 (MQ=255) cAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTACACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTa > 2:2735909/1‑91 (MQ=255) cAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTa < 1:3037489/91‑1 (MQ=255) 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cGACC‑Agtncgcngnttacaattcgtaacactncaaaattggtcgctttattttgtatgttattcgattataaaattacaaagaaatgttc < 1:410706‑M1/91‑86 (MQ=255) CGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatgat < 1:2400410‑M1/91‑1 (MQ=255) CGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatgat < 1:1343724‑M1/91‑1 (MQ=255) c‑Agttcgcagtttacaattcgtaacactgcaaaattggtcgctttattttgtatgttattcgattataaaattacaaagaaatgttctcta > 1:635404‑M1/1‑2 (MQ=255) agttcgcagtttacaattcgtaacactgcaaaattggtcgctttattttgtatgttattcgattataaaattacaaagaaatgttctctac > 1:3641917‑M1/1‑1 (MQ=255) AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAAc > 2:376959‑M1/1‑91 (MQ=255) | ATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACC‑AATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAAC > USA300TCH1516_ALE/329121‑329301 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |