| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 349720 = | 256 (1.260) | 15 (0.080) | 9/142 | NT | 7.0% | intergenic (+272/‑314) | USA300HOU_RS01580/yezG_6 | hypothetical protein/putative antitoxin YezG |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 349754 = | 172 (0.950) | intergenic (+306/‑280) | USA300HOU_RS01580/yezG_6 | hypothetical protein/putative antitoxin YezG | |||||
Only 100 of 341 total aligned reads displayed.
AATTGTTGGTTATTTATTCTGAATATAATTTTATCAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAATTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTTTAGG > USA300TCH1516_ALE/349630‑349810 | ctttgcagtattatattatttgtaaataatagccctaaaactcctactcattattttgtctttctatttatttaactatttataattatag > 2:882393‑M1/91‑91 (MQ=255)ctttgcagtattatattatttgtaaataatagccctaaaactcctactcattattttgtctttctatttatttaactatttataattatag < 1:992516‑M1/1‑1 (MQ=255) tttgcagtcttatattatttgtaaataatagccctaaaactcctactcattattttgtctttctatttatttaactatttataattataGc > 2:3437280‑M1/90‑91 (MQ=255) tttgcagtattatattatttgtaaataatagccctaaaactcctactcattattttgtctttctatttatttaactatttataattataga > 2:934608‑M1/90‑90 (MQ=255) tttgcagtattatattatttgtaaataatagccctaaaactcctactcattattttgtctttctatttatttaactatttataattataGc > 2:657811‑M1/90‑91 (MQ=255) tttgcagtattatattatttgtaaataatagccctaaaactcctactcattattttgtctttctatttatttaactatttataattataGc > 2:1225836‑M1/90‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |