| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 368778 | 157 (0.770) | 11 (0.060) | 7/150 | NT | 6.8% | intergenic (+212/+66) | bglK/ybbH_2 | Beta‑glucoside kinase/putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 368819 | 156 (0.820) | intergenic (+253/+25) | bglK/ybbH_2 | Beta‑glucoside kinase/putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH | |||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
GTGCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGAT > USA300TCH1516_ALE/368688‑368868 | gtgCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCT > 1:773437‑M1/1‑91 (MQ=255) gCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAAAAAAAATAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAg < 2:2709351/91‑1 (MQ=255) gCCACGGACAAATTAAATTGAAGGAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAAGGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAg < 2:587938/91‑1 (MQ=255) ccACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGc < 1:687829/91‑1 (MQ=255) cACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCa > 2:3690325/1‑91 (MQ=255) cACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCa > 2:3258459/1‑91 (MQ=255) cACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCa < 1:342122/91‑1 (MQ=255) aCGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCaa < 1:1053637/91‑1 (MQ=255) cGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAAc > 2:3621993/1‑91 (MQ=255) gCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCg < 2:3867165/91‑1 (MQ=255) aaattaaattGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGtt < 1:2806906/91‑1 (MQ=255) aaattaaattGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATAGTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGtt < 1:3894190/91‑1 (MQ=255) aattaaattGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACATAGCAACTCGTTg > 2:1052585/1‑91 (MQ=255) taaattGAAGAAGCGGAGATATTCGAATTTTAGAAAATGTAAATAAATATGTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGa < 2:3670797/91‑1 (MQ=255) aaattGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGAc < 1:162483/91‑1 (MQ=255) aattGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACa > 2:1757713/1‑91 (MQ=255) aattGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTCAGAAAATGTACAAAAATATTTGGTAATGAAATCAAAAAACCACCTAGCAACTCGTTGGCAcc > 2:2390227/1‑90 (MQ=255) attGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACaa < 1:1007671/91‑1 (MQ=255) tGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATc > 2:1715562/1‑91 (MQ=255) tGAAGAAACTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATc < 2:3516290/91‑1 (MQ=255) agaagCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCatc < 1:3597573/91‑3 (MQ=255) agaagCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACg < 1:1769001/91‑1 (MQ=255) gaagCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCatcg < 1:3436327/91‑4 (MQ=255) aaagCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCatcg < 2:167891/90‑4 (MQ=255) aagCTGAGGTAATAAAATTTTAGAAAAAGAAAAAAAATATTTGGAAAAAAAAAAAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCatcgt < 2:1967124/91‑5 (MQ=255) aagCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCatcgt < 1:2230863/91‑5 (MQ=255) aagCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACgat < 1:3093968/91‑1 (MQ=255) aagCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACgat < 1:2784572/91‑1 (MQ=255) aagCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGAGACAATCatcgt < 1:2887311/91‑5 (MQ=255) agCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACgatg > 1:1317914/1‑91 (MQ=255) agCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACgatg > 1:844935/1‑91 (MQ=255) gCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACgatga > 1:2428658/1‑91 (MQ=255) cTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACgatgat > 2:293180/1‑91 (MQ=255) gagaTATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTg < 1:3262323/91‑1 (MQ=255) agaTATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGt > 1:2667802/1‑91 (MQ=255) tatTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTgcaactgtagacaatcatcgtgattgtcccaacg < 1:3093759‑M1/91‑35 (MQ=255) tatTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTcgc > 2:47982/1‑89 (MQ=255) atactaaatctattatcctagacaacaaataactagtagtatattcaaatcCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTAc > 2:2516649‑M1/52‑91 (MQ=255) atTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTAc < 1:1097974/91‑1 (MQ=255) ttAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTgcaactgtagacaatcatcgtgattgtcccaacgag < 1:721944‑M1/91‑37 (MQ=255) ttAAAATTTTAGAAAACGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTgcaactgtagacaatcatcgtgattgtcccaacgag < 2:3789255‑M1/91‑37 (MQ=255) tAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTgcaactgtagacaatcatcgtgattgtcccaacgagt < 1:873349‑M1/91‑38 (MQ=255) aaaaTTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGt < 1:517246/91‑1 (MQ=255) aaaTTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGACTACAGta > 2:578290/1‑90 (MQ=255) aaatctattatcctagacaacaaataactagtagtatattcaaatcCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTg > 2:417387‑M1/47‑91 (MQ=255) aaatctattatcctagacaacaaataactagtagtatattcaaatcCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTg > 2:2162782‑M1/47‑91 (MQ=255) ttttAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTgcaactgtagacaatcatcgtgattgtcccaacgagttgcta < 1:1518988‑M1/91‑43 (MQ=255) ttttAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCa > 1:2420287‑M2/1‑90 (MQ=255) tttAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTgcaactgtagacaatcatcgtgattgtcccaacgagttgctag < 2:1411219‑M1/91‑44 (MQ=255) tttAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCag < 2:1956441‑M2/91‑3 (MQ=255) ttAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCagg < 2:1300510‑M2/91‑4 (MQ=255) ttAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCagg > 1:3753209‑M2/1‑88 (MQ=255) aGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCaggtg < 2:3648502‑M2/91‑6 (MQ=255) aGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCaggtg < 1:3923886‑M2/91‑6 (MQ=255) 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cACCTgcaactgtagacaatcatcgtgattgtcccaacgagttgctaggtgcttttttaatttcaataccaaatatttttttacattttct < 2:3898994‑M1/91‑87 (MQ=255) cACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCaggtgcttttttaatttcaataccaaatatttttttacattttct < 2:1318444‑M2/91‑46 (MQ=255) ACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGataata > 1:2155994‑M1/1‑91 (MQ=255) CCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTATAAGTTATTTGATGTCTAGGATAATAg < 2:3425533‑M1/91‑1 (MQ=255) CTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGa < 1:1926808‑M1/91‑1 (MQ=255) tAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCaggtgcttttttaatttcaataccaaatatttttttacattttctaaaa < 1:1358772‑M2/91‑50 (MQ=255) | GTGCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGAT > USA300TCH1516_ALE/368688‑368868 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |