New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 368778 | 157 (0.770) | 11 (0.060) | 7/150 | NT | 6.8% | intergenic (+212/+66) | bglK/ybbH_2 | Beta‑glucoside kinase/putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH |
? | USA300TCH1516_ALE | = 368819 | 156 (0.820) | intergenic (+253/+25) | bglK/ybbH_2 | Beta‑glucoside kinase/putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH |
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
TTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTATTTTCTAA > USA300TCH1516_ALE/368730‑368909 | ttttAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCa > 1:2420377‑M2/1‑90 (MQ=255) tttAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCag < 2:1956441‑M2/91‑3 (MQ=255) ttAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCagg < 2:1300510‑M2/91‑4 (MQ=255) aGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCaggtg < 2:3898994‑M2/91‑6 (MQ=255) aGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCaggtg < 1:3923886‑M2/91‑6 (MQ=255) aaaaTGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGa < 1:2556234/91‑1 (MQ=255) aaTGTTAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACATAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGAtt < 1:3683074/91‑1 (MQ=255) aaTGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGAtt > 2:1194443/1‑91 (MQ=255) aTGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGAttt > 1:3460002/1‑91 (MQ=255) tGTAAAAAAAGATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTg < 2:469900/91‑1 (MQ=255) aaaaaTATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAatat > 2:598345/1‑91 (MQ=255) aaaaTATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGCCAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAatatc > 2:1544361/1‑90 (MQ=255) aaaTATTTGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATAtac > 2:2034272/1‑91 (MQ=255) aaaTATTTGGTAATGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATAtac > 1:3026429/1‑91 (MQ=255) 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tGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGt > 2:556533/1‑91 (MQ=255) tGGTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGt > 1:2398103/1‑91 (MQ=255) ggTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGtt < 1:3412670/91‑1 (MQ=255) ggTATTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGtt < 2:1274231/91‑1 (MQ=255) aTTGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTAtt < 1:1800672/91‑1 (MQ=255) ttGAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTAttt < 2:2198806/91‑1 (MQ=255) gAAATTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATttgt < 1:916664/91‑1 (MQ=255) aTTAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTtgttgt > 1:3837735/1‑91 (MQ=255) ttAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTc > 1:3218076/1‑91 (MQ=255) ttAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTc > 2:2060429/1‑91 (MQ=255) tAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACTATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCt < 1:3284189/91‑1 (MQ=255) tAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCt > 1:3170659/1‑91 (MQ=255) aaaaGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAgg < 2:1378711/91‑1 (MQ=255) aaaGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGa < 1:3762582/91‑1 (MQ=255) aaaGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGa < 2:3653867/91‑1 (MQ=255) aaGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGat > 2:1001146/1‑91 (MQ=255) aaGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGat < 1:2855083/91‑1 (MQ=255) aGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGata < 2:65156/91‑1 (MQ=255) aGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGata < 2:351618/91‑1 (MQ=255) aGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGata < 2:827443/91‑1 (MQ=255) ACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGataata > 1:2155994‑M1/1‑91 (MQ=255) CCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTATAAGTTATTTGATGTCTAGGATAATAg < 2:3425533‑M1/91‑1 (MQ=255) CTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGa < 1:1926808‑M1/91‑1 (MQ=255) CTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGa < 1:1042502‑M1/91‑1 (MQ=255) CTAGCAACTCGTTGGAACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATAAACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGa < 1:3367065‑M1/91‑1 (MQ=255) tAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCaggtgcttttttaatttcaataccaaatatttttttacattttctaaaa < 1:1518988‑M2/91‑50 (MQ=255) aGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGAtt > 1:2920733/1‑91 (MQ=255) aGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGAtt < 2:667350/91‑1 (MQ=255) aGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGAtt < 2:3794662/91‑1 (MQ=255) gCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGAttt > 2:1686104/1‑91 (MQ=255) aaCTCGTTGGGACAATCACGGTGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAg < 1:3614995/91‑1 (MQ=255) aCTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCaggtgcttttttaatttcaataccaaatattttttttcttttttttaaatttta < 2:847236‑M2/91‑55 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |