| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 414290 = | 187 (0.920) | 15 (0.080) | 9/148 | NT | 8.6% | intergenic (‑32/‑632) | metI/spo0C | Cystathionine gamma‑synthase/O‑acetylhomoserine (thiol)‑lyase/Chromosome‑partitioning protein Spo0J |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 414341 = | 148 (0.790) | intergenic (‑83/‑581) | metI/spo0C | Cystathionine gamma‑synthase/O‑acetylhomoserine (thiol)‑lyase/Chromosome‑partitioning protein Spo0J | |||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
GCTATAGCACCGGTTGAATCATCGGTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAAT‑AAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCGAATGAATCGGATAAAAAGGACGAAAGCTTATGTTTCGCGGTACCACCTTTATTTGTTATTCCATCGCTG > USA300TCH1516_ALE/414200‑414380 | gCTATAGCACCGGTTGAATCATCGGTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAAT‑aaaaaa > 2:1950542/1‑91 (MQ=255) cTATAGCACCGGTTGAATCATCGGTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAAT‑aaaaaaa > 2:272083/1‑91 (MQ=255) ttgttcagtaagcatatttacttttaatgcgtactgaataaggttatttcagcgatggaatcacaaataaaggtggtaccgcgaaacataa < 1:1058506‑M1/2‑1 (MQ=255) ttgttcagtaagcatatttacttttaatgcgtactgaataaggttatttcagcgatggaataacaaataaaggtggtaccgcgaaacataa < 1:1469542‑M1/2‑1 (MQ=255) taGCACCGGTTGAATCATCGGTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAAT‑AAAAATAGCt > 1:3289726/1‑91 (MQ=255) taGCACCGGTTGAATCATCGGTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAAT‑AAAAAAAGCt < 1:3491263/91‑1 (MQ=255) 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gcatcGGTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAAT‑AAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTAc < 1:642139/90‑1 (MQ=255) atcGGTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAAT‑AAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTAccc < 1:169692/91‑1 (MQ=255) cGGTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAAT‑AAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCga < 2:3573612/91‑1 (MQ=255) ggTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAAT‑AAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCgaa < 2:3185763/91‑1 (MQ=255) gTTAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAAT‑AAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCgaat > 1:3517641/1‑91 (MQ=255) gTTAACGTGAATTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAAT‑AAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCgaat < 2:3197311/91‑1 (MQ=255) ttAATGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAAT‑AAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCgaatg > 1:3704253/1‑91 (MQ=255) aaTGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAAT‑AAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCgaatgaa > 2:2216565/1‑91 (MQ=255) aaTGTGATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAAT‑AAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCgaatgaa > 1:1883746/1‑91 (MQ=255) tgtgATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAAA‑AAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCGAATGAATc < 2:1749801/91‑1 (MQ=255) gtgATTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAAT‑AAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCGAATGAATCg > 1:3184423/1‑91 (MQ=255) aTTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAATAAAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCGAATGAATCGGa < 1:1082933/91‑1 (MQ=255) aTTTGGGCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAAT‑AAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCGAATGAATCGGAt < 1:2370236/91‑1 (MQ=255) tgaataaggttatttcagcgatggaataacaaataaaggtggtaccgcgaaacatAAGCTTTCGTCCTTCGTACCCGAATGAATCGGATaa > 1:2497772‑M1/56‑91 (MQ=255) gggCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAAAAAAAAA‑AAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCGAATGAATCGGATaaaa < 2:168151/91‑1 (MQ=255) gCTAACTGTGTATCCTTCATATTAAGACCCTCCTATAAGAAAAAAT‑AAAAAAAGCTTCCGTCCTTCGTACCCGAATGAATCGGATAAAAAg < 1:2638493/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |