| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 494160 | 135 (0.660) | 8 (0.040) | 4/142 | NT | 6.3% | intergenic (+109/+60) | bltD_1/USA300HOU_RS02360 | Spermine/spermidine acetyltransferase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 494184 | 120 (0.660) | intergenic (+133/+36) | bltD_1/USA300HOU_RS02360 | Spermine/spermidine acetyltransferase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
TTTACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGT > USA300TCH1516_ALE/494070‑494250 | catttttaataaaaagaccatctcgacagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGCGACCt > 1:3609647‑M1/83‑91 (MQ=255)catttttaataaaaagaccatctcgacagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGCGACCt < 1:2026644‑M1/9‑1 (MQ=255)catttttaataaaaagaccatctcgaaagaacaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGCGACCt > 2:2216290‑M1/83‑91 (MQ=255) ttACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTa < 2:690288/91‑1 (MQ=255) tACTCATTGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAg > 2:1269666/1‑91 (MQ=255) tACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAg < 2:763521/91‑1 (MQ=255) cTCATCGTCGACCACAACAATTTATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTACAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTg < 2:3003211/91‑1 (MQ=255) cTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTg < 1:3630687/91‑1 (MQ=255) cTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTg < 2:3175118/91‑1 (MQ=255) cTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTg > 2:15267/1‑91 (MQ=255) cTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTg > 2:16176/1‑91 (MQ=255) tCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGa < 1:1974373/91‑1 (MQ=255) aTCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAAc < 1:2773700/91‑1 (MQ=255) tcgtcgACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACa > 2:1947440/1‑91 (MQ=255) gACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGa > 2:3558819/1‑91 (MQ=255) aCCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGAc < 1:3194670/91‑1 (MQ=255) aCCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGAc > 1:2733233/1‑91 (MQ=255) cacaACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACat > 1:2923144/1‑91 (MQ=255) atagttAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACTATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACatatat < 2:283758/87‑1 (MQ=255) acaaTTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACatatat > 2:210683/1‑91 (MQ=255) caaTTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATc < 1:3619021/91‑1 (MQ=255) aaTTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACACTTTACTATAGTAAAACGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATcc > 2:2118207/1‑91 (MQ=255) aaTTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATcc < 1:1474235/91‑1 (MQ=255) aaTTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATcc < 1:892107/91‑1 (MQ=255) cgacagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCca > 1:1360453‑M1/60‑91 (MQ=255) cgacagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCca > 1:3898876‑M1/60‑91 (MQ=255) aTTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGGTCATCGGACAAATTACTAAAGTAAGAAGCAACCTAGTGAACAATTGACATATATCca < 2:3881303/91‑1 (MQ=255) aTTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCca > 2:116744/1‑91 (MQ=255) ttAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTgtggatatatgtcaattgttcact < 1:3404402‑M1/91‑25 (MQ=255) tAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATTATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTTACATATATCCACa < 2:3458785‑M2/91‑2 (MQ=255) tAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACa < 2:2498744‑M2/91‑2 (MQ=255) cagcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAg > 1:564258‑M1/57‑91 (MQ=255) aaTGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACag < 1:3679582‑M2/91‑3 (MQ=255) agcgcaaaaatgatgagtctatcaattaatcgcaactagcaatataacttaagttAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAgg > 1:2980676‑M1/56‑91 (MQ=255) tgatgaATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTgtggatatatgtcaattgttcactaggt < 1:2666927‑M1/91‑29 (MQ=255) tgatgaATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACaggt < 1:845615‑M2/91‑5 (MQ=255) cgcaagaatgatgagtctatcaattgatcgcaactagcagtataacttaagttGAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTc > 1:3677049‑M1/54‑91 (MQ=255) aaTAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACaggtcgctt < 2:1870997‑M2/91‑10 (MQ=255) aaTAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACaggtcgctt > 2:1541796‑M2/1‑82 (MQ=255) tAAAGGTGCTTTTTTTTTTATATTATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGcttaa > 2:3694960/1‑91 (MQ=255) aaaGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGcttaac > 1:1012875/1‑91 (MQ=255) aaaGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGcttaac > 1:3070844/1‑91 (MQ=255) aGGTGCTTTTTTTTATAGATCATCGGTCAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGcttaactt > 2:2249273/1‑91 (MQ=255) ggTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGcttaactta > 2:3215304/1‑91 (MQ=255) ggTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGcttaactta > 1:2105499/1‑91 (MQ=255) gTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGcttaacttaa > 1:218579/1‑91 (MQ=255) cTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGtt > 1:965230/1‑91 (MQ=255) ttGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTatat < 1:3815315/91‑1 (MQ=255) ttGTTATAGAGCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTatat < 2:404402/91‑1 (MQ=255) ttATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGc > 1:144120/1‑91 (MQ=255) ttATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGc < 2:2565335/91‑1 (MQ=255) ttATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGc < 1:3736157/91‑1 (MQ=255) ttATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATAGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGc < 2:2973916/91‑1 (MQ=255) tataGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCt > 1:1287483/1‑91 (MQ=255) tataGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCt > 2:2510808/1‑91 (MQ=255) aGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGt < 1:3018060/91‑1 (MQ=255) aGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGt > 2:3362629/1‑91 (MQ=255) tcatcGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGc < 1:3217144/91‑1 (MQ=255) tcatcGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGc < 2:1185344/91‑1 (MQ=255) atcGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGa < 1:2242091/91‑1 (MQ=255) atcGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGa < 2:2638770/91‑1 (MQ=255) ggACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTa < 1:657803/91‑1 (MQ=255) ggACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTa < 1:429858/91‑1 (MQ=255) aCAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAAt < 1:3930786/91‑1 (MQ=255) aCAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAAt > 2:2938566/1‑91 (MQ=255) aCAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAAt > 1:1569973/1‑91 (MQ=255) aCAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAAt > 2:2810942/1‑91 (MQ=255) aTTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGa > 2:2739935/1‑91 (MQ=255) tttACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGAt < 2:1984047/91‑1 (MQ=255) tttACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGAt < 2:2698002/91‑1 (MQ=255) ttACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATa > 2:1823582/1‑91 (MQ=255) ttACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATa > 1:3434355/1‑91 (MQ=255) cTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGAc > 1:1833012/1‑91 (MQ=255) cTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGAc > 2:21514/1‑91 (MQ=255) tataGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACt > 1:3471979/1‑91 (MQ=255) ataGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACtc < 2:1921629/91‑1 (MQ=255) ataGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACtc < 2:472447/91‑1 (MQ=255) gTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACtcatc > 1:2497017/1‑91 (MQ=255) gTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACtcatc > 1:2317486/1‑91 (MQ=255) tAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACtcatca < 2:3891960/91‑1 (MQ=255) aaaaaGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTcatcat > 1:1251116/1‑91 (MQ=255) aaaaGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCAtt > 1:1736840/1‑91 (MQ=255) aaGCGACCTgtggatatatgtcaattgttcactaggtcgctttttactatagtaaattgtccgatgatctataacaaaaagcacctttatt > 2:1416168‑M1/1‑9 (MQ=255) aaGCGACCTgtggatatatgtcaattgttcactaggtcgctttttactatagtaaattgtccgatgatctataacaaaaagcacctttatt > 2:926312‑M1/1‑9 (MQ=255) AAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCAtttt < 1:2612963‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCAtttt < 2:2453651‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCAtttt < 2:3262965‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCAtttt < 2:518647‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCAtttt < 1:809883‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCAtttt > 2:167672‑M1/1‑91 (MQ=255) aGCGACCTgtggatatatgtcaattgttcactaggtcgctttttactatagtaaattgtccgatgatctataacaaaaagcacctttattc > 1:61429‑M1/1‑8 (MQ=255) gACCTgtggatatatgtcaattgttcactaggtcgctttttactatagtaaattgtccgctgatctataacaaaaagcacctttattcatc > 1:1169174‑M1/1‑5 (MQ=255) GACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTgcg > 2:1466360‑M1/1‑91 (MQ=255) GACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTgcg < 1:911512‑M1/91‑1 (MQ=255) ACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTgcgc < 2:2312274‑M1/91‑1 (MQ=255) ccTgtggatatatgtcaattgttcactaggtcgctttttactatagtaaattgtccgatgatctataacaaaaagcacctttattcatcat < 1:1506396‑M1/91‑89 (MQ=255) CCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCt > 1:797114‑M1/1‑91 (MQ=255) CTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTg < 2:967052‑M1/91‑1 (MQ=255) tgtggatatatgtcaattgttcactaggtcgctttttactatagtaaattgtccgatgatctataacaaaaagcacctttattcatcatta < 2:2498556‑M1/91‑91 (MQ=255) TAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGt < 2:285069‑M1/91‑1 (MQ=255) | TTTACTCATCGTCGACCACAACAATTAATGATGAATAAAGGTGCTTTTTGTTATAGATCATCGGACAATTTACTATAGTAAAAAGCGACCTAGTGAACAATTGACATATATCCACAGGTCGCTTAACTTAAGTTATATTGCTAGTTGCGATTAATTGATAGACTCATCATTTTTGCGCTGT > USA300TCH1516_ALE/494070‑494250 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |