New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 511972 | 199 (0.980) | 12 (0.060) | 10/154 | NT | 6.2% | intergenic (+40/‑6723) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 512004 | 174 (0.890) | intergenic (+72/‑6691) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
GCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCT > USA300TCH1516_ALE/511882‑512062 | gCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAA < 2:1532613‑M1/91‑1 (MQ=255) gCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACCATAGTAA < 2:1549280‑M1/91‑1 (MQ=255) aCGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGaaa < 2:571113/91‑1 (MQ=255) aCGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGaaa > 1:2252653/1‑91 (MQ=255) cGAGGTAACATTATCTAAGGCAGTCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAGCATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGaaaa < 2:3012691/91‑1 (MQ=255) aGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTc < 1:1581828/91‑1 (MQ=255) aGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTc > 1:1650107/1‑91 (MQ=255) gTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTca < 1:3111206/91‑1 (MQ=255) aaCATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTcaca > 1:1988433/1‑91 (MQ=255) cATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAgt > 2:2735169/1‑91 (MQ=255) cATTATCCAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAAGGTAATGTCTTCTATTAAACAATTTTGATCTTAATACAATCGTCAGAAACGTCACAgc > 2:1265635/1‑90 (MQ=255) aTTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAgtg > 2:1095310/1‑91 (MQ=255) ttATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGACAAGTCACAgtgt > 2:3284911/1‑91 (MQ=255) ttATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAgtgt > 2:991571/1‑91 (MQ=255) 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aGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCGTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATGCTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCAGtg < 2:1352796/91‑1 (MQ=255) gCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATtgt > 1:2531260/1‑91 (MQ=255) cAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATtgtg < 1:2953942/91‑1 (MQ=255) aaTCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTgg < 2:3080441/91‑1 (MQ=255) aaTCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTgg < 2:161057/91‑1 (MQ=255) aTCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAgaaaagccacaatgattacactgtgac < 2:2817995‑M1/91‑28 (MQ=255) aTCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGc > 1:3466513/1‑91 (MQ=255) aTCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGc > 1:901393/1‑91 (MQ=255) aTCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGc < 1:2216718/91‑1 (MQ=255) aTCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGc < 2:3794999/91‑1 (MQ=255) aTCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAACCATTGTGGc > 1:3781686/1‑91 (MQ=255) tCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCt < 1:2468297/91‑1 (MQ=255) gaaGGTAGAACAGAGATGTAATGTCTTCGATTAAACATTTGTGATTTTAATACTATAGTAAGAAGAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCttt < 2:2579071/89‑1 (MQ=255) gCAGGTAGAACAGAGATGTAATGTCTTCTATGAAGCATTTTTGATTTTAATACTATAGGAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCttt < 2:2579371/91‑1 (MQ=255) tAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTtta < 1:579357‑M2/91‑4 (MQ=255) aGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAaaaaagccacaatgattacactgtgacttttcttac < 2:1712422‑M1/91‑37 (MQ=255) gAACAGCAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtg > 1:3081984/1‑91 (MQ=255) gAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtg > 1:2318156/1‑91 (MQ=255) gAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtg > 1:1298624/1‑91 (MQ=255) aaCAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtgg < 1:3906991/91‑1 (MQ=255) aaCAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtgg < 2:3911289/91‑1 (MQ=255) cAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtg < 2:2080156/91‑1 (MQ=255) cAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtg < 2:2192005/91‑1 (MQ=255) cAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtg < 1:1103629/91‑1 (MQ=255) 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gtaatgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGgtgtggtgtg > 2:515320/1‑91 (MQ=255) taatgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGa < 1:795172/91‑1 (MQ=255) taatgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGa < 1:2139124/91‑1 (MQ=255) aatgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGAt < 2:409428/91‑1 (MQ=255) atgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATg > 1:3012744/1‑91 (MQ=255) atgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATg < 1:2641114/91‑1 (MQ=255) atgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATg > 1:596262/1‑91 (MQ=255) gtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGta > 2:2354417/1‑91 (MQ=255) 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ataGTAACAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGt < 2:3518238/91‑1 (MQ=255) taGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGtt < 1:523111/91‑1 (MQ=255) gTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTTTGGCGGTGGTATGGTTTa > 2:3578129/1‑91 (MQ=255) aaGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTAcc > 1:1347694/1‑91 (MQ=255) aaGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTCttactatagtattaaaatcaaaaatgtttaatagaagacattacatttctgttctac < 2:2427364‑M2/91‑58 (MQ=255) aaaaaagccacaatgattacactgtgacttttcaaactatagtattaaaatcaaaaatgtttaatagaagacattacatttctgttctacc > 2:2882145‑M1/1‑1 (MQ=255) | GCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCT > USA300TCH1516_ALE/511882‑512062 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |