| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 562451 = | 170 (0.830) | 7 (0.040) | 6/134 | NT | 5.3% | intergenic (+3664/+138) | USA300TCH1516_00505/gabR | tRNA‑Ile/HTH‑type transcriptional regulatory protein GabR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 562497 = | 110 (0.650) | intergenic (+3710/+92) | USA300TCH1516_00505/gabR | tRNA‑Ile/HTH‑type transcriptional regulatory protein GabR | |||||
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
TTTCGATTGTCTAAGTATGTACAACTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGAAAATGATCTTACTGCTCTTTTATATACTTTATTGAAATACAAAAAGGAAATTAATTATTATACA > USA300TCH1516_ALE/562361‑562541 | tttCGATTGTCTAAGTATGTACAACTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAgaga < 2:471727/91‑1 (MQ=255)tttCGATTGTCTAAGTATGTACAACTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAgaga > 2:291303/1‑91 (MQ=255)cttctttgataaaagttagtgttacttatgcaatagcttgtctattgtataataattaatttcctttttgtatttcaataaagtatataaa < 1:2844589‑M1/1‑1 (MQ=255) ttctttgataaaagttagtgttacttatgcaatagcttgtctattgtataataattaatttcctttttgtatttcaataaagtatataaaa < 1:1208062‑M1/2‑1 (MQ=255) tctttgataaaagttagtgttacttatgcaatagcttgtctattgtataataattaatttcctttttgtatttcaataaagtatataaAag < 1:108558‑M1/3‑1 (MQ=255) tctttgataaaagttagtgttacttatgcaatagcttgtctattgtataataattaatttcctttttgtatttcaataaagtatataaAag < 1:1872305‑M1/3‑1 (MQ=255) tCGATTGTCTAAGTATGTACAACTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGagaag > 1:1478942/1‑91 (MQ=255) tCGATTGTCTAAGTATGTACAACTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGagaag < 2:1923882/91‑1 (MQ=255) cGATTGTCTAAGTATGTACAACTTTAATTTTGTGTTTATATACATTTAAAATGATATCATCGAAACCAAAATATTGTATAAATAGagcaga > 1:437255/1‑91 (MQ=255) cGATTGTCTAAGTATGTACAACTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGagaaga > 2:709613/1‑91 (MQ=255) tttgataaaagttagtgttacttatgcaatagcttgtctattgtataataattaatttcctttttgtatttcaataaagtatataaAagag > 2:2090829‑M1/87‑91 (MQ=255) gATTGTCTAAGTATGTACAACTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAagag > 2:505684/1‑91 (MQ=255) gATTGTCTAAGTATGTACAACTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAagag > 1:846405/1‑91 (MQ=255) aTTGTCTAAGTATGTACAACTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGc < 1:2482837/91‑1 (MQ=255) 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aCTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAAt < 1:1263401/91‑1 (MQ=255) aCTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAAt > 2:3414990/1‑91 (MQ=255) aCTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAAt < 2:296779/91‑1 (MQ=255) cTTTAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAAtt < 1:883286/91‑1 (MQ=255) tttAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTg < 1:3010256/91‑1 (MQ=255) ttAATTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAATAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGa < 1:3943964/91‑1 (MQ=255) aaTTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGaaa > 1:2957254/1‑91 (MQ=255) aaTTTTGTGTTTATATAAATTTAAAATGATATCATCGAAAACAAAATATTGTATAAATAGAGAAGAGCAGTAAGACGGTATCTAATTGaaa < 1:1374775/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |