| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 587580 = | 155 (0.760) | 7 (0.040) | 5/144 | NT | 5.1% | coding (1484/3552 nt) | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 587615 = | 123 (0.670) | coding (1519/3552 nt) | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta | |||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
AATTATCACAATTCATGGACCAAGCAAACCCATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCAAACATTGG > USA300TCH1516_ALE/587490‑587670 | tacacgtgcataacttgataatgagttaatcaatccaatgtttggtccctcaggtgtttcaattggacacatacggccatagtgagagtag > 2:3585734‑M1/91‑91 (MQ=255)agttATCACAATTCATGGACCAAGCAAACCCATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACg < 2:414898/89‑1 (MQ=255)aaTTATCACAATTCATGGACCAAGCAAACCCATTAGCTGAGTTAACGCATTAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACg < 2:3252669/91‑1 (MQ=255)aaTTATCACAATTCATGGACCAAGCAAACCCATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACg > 1:2154239/1‑91 (MQ=255) acacgtgcataacttgataatgagttaatcaatccaatgtttggtccctcaggtgtttcaattggacacatacggccatagtgagagtagt > 1:1012318‑M1/90‑91 (MQ=255) acacgtgcataacttgataatgagttaatcaatccaatgtttggtccctcaggtgtttcaattggacacatacggccatagtgagagtagt > 2:3827417‑M1/90‑91 (MQ=255) acacgtgcataacttgataatgagttaatcaatccaatgtttggtccctcaggtgtttcaattggacacatacggccatagtgagagtagt > 1:1562386‑M1/90‑91 (MQ=255) acacgtgcataacttgataatgagttaatcaatccaatgtttggtccctcaggtgtttcaattggacacatacggccatagtgagagtagt < 2:2035114‑M1/2‑1 (MQ=255) aTTATCACAATTCATGGACCAAGCAAACCCATTCGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGGCTATCAGTATTAGGACCTGGCGGTTTACCACgg > 2:3534550/1‑90 (MQ=255) ttATCTCAATTCATGGACCAAGCAAACCCATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTg < 2:3205908/91‑1 (MQ=255) ttATCACAATTCATGTCCCAAGCAAACCCATTCGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTg < 2:3169820/91‑1 (MQ=255) ttATCACAATTCATGGACCAAGCAAACCCATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTg < 1:1746415/91‑1 (MQ=255) cacgtgcataacttgataatgagttaatcaatccaatgtttggtccctcaggtgtttcaattggacacatacggccatagtgagagtaGTg < 2:905012‑M1/3‑1 (MQ=255) tATCACAATTCATGGACCAAGCAAACCCATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGa < 1:2510098/91‑1 (MQ=255) cgtgcataacttgataatgagttaatcaatccaatgtttggtccctcaggtgtttcaattggacacatacggccatagtgagagtaGTGaa < 2:105795‑M1/5‑1 (MQ=255) aTCACAATTCATGGACCAAGCAAACCCATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGaa > 2:211999/1‑91 (MQ=255) tgcataacttgataatgagttaatcaatccaatgtttggtccctcaggtgtttcaattggacacatacggccatagtgagagtaGTGAACg < 2:1819497‑M1/7‑1 (MQ=255) tgcataacttgataatgagttaatcaatccaatgtttggtccctcaggtgtttcaattggacacatacggccatagtgagagtaGTGAACg < 1:50392‑M1/7‑1 (MQ=255) tgcataacttgataatgagttaatcaatccaatgtttggtccctcaggtgtttcaattggacacatacggccatagtgagagtaGTGAACg < 1:3870668‑M1/7‑1 (MQ=255) tgcataacttgataatgagttaatcaatccaatgtttggtccctcaggtgtttcaattggacacatacggccatagtgagagtaGTGAACg < 1:2220158‑M1/7‑1 (MQ=255) cacaATTCATGGACCAAGCAAACCCATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACg < 2:3074626/91‑1 (MQ=255) cacaATTCATGGACCAAGCAAACCCATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACg > 1:2333688/1‑91 (MQ=255) gcataacttgataatgagttaatcaatccaatgtttggtccctcaggtgtttcaattggacacatacggccatagtgagagtaGTGTACGt < 1:1006473‑M1/8‑1 (MQ=255) gcataacttgataatgagttaatcaatccaatgtttggtccctcaggtgtttcaattggacacatacggccatagtgagagtaGTGAACGt < 1:2263381‑M1/8‑1 (MQ=255) acaATTCATGGACCAAGCAAACCCATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGt > 2:3374030/1‑91 (MQ=255) acaATTCATGGACCAAGCAAACCCATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGt > 2:2169923/1‑91 (MQ=255) acaATTCATGGACCAAGCAAACCCATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGt > 1:3843282/1‑91 (MQ=255) acaATTCATGGACCAAGCAAACCCATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCACTAGGACCTGGCGGTTTAACACGTGAACGt > 2:3373921/1‑91 (MQ=255) caATTCATGGACCAAGCAAACCCATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTg < 1:3045750/91‑1 (MQ=255) aaTTCATGGACCAAGCAAACCCATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGc > 1:1047886/1‑91 (MQ=255) aaTTCATGGACCAAGCAAACCCATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGc < 1:1294337/91‑1 (MQ=255) aaTTCATGGACCAAGCAAACCCATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGc > 1:725420/1‑91 (MQ=255) gACCAAGCAAACCCATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATgg < 1:245565/91‑1 (MQ=255) gACCAAGCAAACCCATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATgg > 1:212675/1‑91 (MQ=255) aCCAAGCAAACCCATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGa > 1:2798105/1‑91 (MQ=255) aGCAAACCCATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTa < 2:265028/91‑1 (MQ=255) cAAACCCATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACg > 1:611733/1‑91 (MQ=255) aaaCCCATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGt < 1:1866362/91‑1 (MQ=255) aaaCCCATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGt < 1:1568855/91‑1 (MQ=255) aaaCCCATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGt < 1:2026626/91‑1 (MQ=255) aaaCCCATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGt < 2:195327/91‑1 (MQ=255) aatcaatccaatgtttggtccctcaggtgtttcaattggacacatacggccatagtgagagtaGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGa > 1:1808515‑M1/64‑91 (MQ=255) tcaatccaatgtttggtccctccggtgtttcaattggacacatacggccatagtgagagtaGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACg > 2:1575461‑M1/62‑91 (MQ=255) ccATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACg > 1:1410292/1‑91 (MQ=255) caatccaatggttggtccctcaggtgtttcaattggacacatacggccatagtgagagtaGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGt > 1:3008692‑M1/61‑91 (MQ=255) aTTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGtt > 2:246242/1‑91 (MQ=255) aTTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGtt < 1:2304358/91‑1 (MQ=255) aTTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGtt < 1:2892627/91‑1 (MQ=255) aTTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGtt > 2:376732/1‑91 (MQ=255) ttAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTc > 2:3141746/1‑91 (MQ=255) ccaatgtttggtccctcaggtgtttcaattggaaacatacggccatagtgagagtaGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCac > 2:802107‑M1/57‑91 (MQ=255) aGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCac > 2:3469107/1‑91 (MQ=255) gAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCactact > 2:2047790/1‑91 (MQ=255) gAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCactact > 1:2349640/1‑91 (MQ=255) aGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTActc < 1:3152075/91‑1 (MQ=255) aaCGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCAc < 2:1754414/91‑1 (MQ=255) cGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTa < 1:2913947/91‑1 (MQ=255) cATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATg > 1:300498/1‑91 (MQ=255) aaaCGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGcc < 2:1723596/91‑1 (MQ=255) aaaCGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGcc > 1:1778229/1‑91 (MQ=255) aaCGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCg < 1:3763123/91‑1 (MQ=255) tcgtcgtCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACTCGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGt < 2:3912761/90‑1 (MQ=255) aCGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGt > 1:1715277/1‑91 (MQ=255) cgtcgtCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTa > 2:733618/1‑91 (MQ=255) gtcTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTAtgtg < 1:959214/91‑1 (MQ=255) gtcTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTAtgtg > 1:3324660/1‑91 (MQ=255) gtcTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTAtgtg > 2:1150786/1‑91 (MQ=255) gtcTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTAtgtg < 1:270730/91‑1 (MQ=255) tcTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATgtgt > 2:2850515/1‑91 (MQ=255) aTCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCa > 2:1015435/1‑91 (MQ=255) aTCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCa > 1:106742/1‑91 (MQ=255) tCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCaa < 1:581717/91‑1 (MQ=255) tCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCaa < 1:2435843/91‑1 (MQ=255) aGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAAtt > 2:364230/1‑91 (MQ=255) aGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAAtt < 2:1333316/91‑1 (MQ=255) cATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGa > 1:3097166/1‑91 (MQ=255) aTTAGGACCTGGTGGTTGAACACGTGAACGTGCTCACATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTAGGGCCGCATGCGTACCAAtgac > 2:3290686/1‑88 (MQ=255) tAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAac > 1:3722587/1‑91 (MQ=255) 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ggtTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGAc < 1:3926832/91‑1 (MQ=255) gtTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGAcc < 1:2099598/91‑1 (MQ=255) tttAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCa < 1:1619264/91‑1 (MQ=255) tAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCaaa < 1:249247/91‑1 (MQ=255) aaCACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCAAAc > 1:447855/1‑91 (MQ=255) aaCACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCAAAc < 2:2876926/91‑1 (MQ=255) aaCACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCAAAc > 1:1165830/1‑91 (MQ=255) aaCACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCAAAc > 2:2966567/1‑91 (MQ=255) acacGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACcacaca > 2:2234155/1‑91 (MQ=255) acacGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCAAACa > 1:1023206/1‑91 (MQ=255) cacGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCAAACAt < 1:700666/91‑1 (MQ=255) acGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCAAACAtt > 1:274450/1‑91 (MQ=255) GTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCAAACATTgg > 1:360862‑M1/1‑91 (MQ=255) GTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCAAACATTgg > 1:1480644‑M1/1‑91 (MQ=255) | AATTATCACAATTCATGGACCAAGCAAACCCATTAGCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCAAACATTGG > USA300TCH1516_ALE/587490‑587670 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |