| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 587580 = | 155 (0.760) | 7 (0.040) | 5/144 | NT | 5.1% | coding (1484/3552 nt) | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 587615 = | 123 (0.670) | coding (1519/3552 nt) | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta | |||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
GCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCAAACATTGGATTGATTAACTCATTATCAAGTTATGCACGTGTA > USA300TCH1516_ALE/587525‑587704 | gCTGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCact > 2:1852125/1‑91 (MQ=255) gtGAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCacta < 1:3924959/90‑1 (MQ=255) gAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCactact > 1:2349466/1‑91 (MQ=255) gAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCactact < 2:3195829/91‑1 (MQ=255) gAGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCactact < 2:58403/91‑1 (MQ=255) aGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTActc < 1:3152075/91‑1 (MQ=255) aGTTAACGCATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTActc > 2:2827645/1‑91 (MQ=255) cATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATg < 2:2003080/91‑1 (MQ=255) cATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATg < 1:2498970/91‑1 (MQ=255) cATAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATg > 1:300498/1‑91 (MQ=255) aTAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATgg > 1:1013830/1‑91 (MQ=255) tAAACGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGc < 2:1791122/91‑1 (MQ=255) tAAACGCCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGc > 1:2909638/1‑91 (MQ=255) aaaCGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGcc > 1:1777846/1‑91 (MQ=255) aaCGTCGTCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCg < 1:3761938/91‑1 (MQ=255) tcgtcgtCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACTCGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGt < 2:3912761/90‑1 (MQ=255) cgtcgtCTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTa > 2:733618/1‑91 (MQ=255) gtcTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTAtgtg < 1:270730/91‑1 (MQ=255) tcTATCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATgtgt > 2:2850515/1‑91 (MQ=255) cTATCAGCATTGTGACCTACAGATATTACTCGTAAACGTGCTAAAGCAGAACTACGTTACTTTAACTACTCTCACTATGGCCTTATGTGT‑c < 2:2097781/91‑1 (MQ=255) aTCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCa > 2:1015435/1‑91 (MQ=255) tCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCaa < 1:581717/91‑1 (MQ=255) tCAGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCaa < 1:2435843/91‑1 (MQ=255) aGCATTAGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAAtt < 2:1333316/91‑1 (MQ=255) aTTAGGACCTGGTGGTTGAACACGTGAACGTGCTCACATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTAGGGCCGCATGCGTACCAAtgac > 2:3290686/1‑88 (MQ=255) aGGACCTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAaca < 2:173206/91‑1 (MQ=255) gACCTGGTGGCTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑ACAATTGAAacaac > 2:2592005/1‑89 (MQ=255) ccTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACAcccg > 2:3629692/1‑89 (MQ=255) ccTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTg < 1:1228739/91‑1 (MQ=255) ccTGGTGGTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTg > 1:3699641/1‑91 (MQ=255) tggtggTTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAg < 2:3795855/91‑1 (MQ=255) ggtggtTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAgg > 2:649973/1‑91 (MQ=255) gtggtTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAggg > 2:2296006/1‑91 (MQ=255) gtggtTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAggg > 1:1637062/1‑91 (MQ=255) tggtTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGa < 1:897290/91‑1 (MQ=255) tggtTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGa < 1:2372988/91‑1 (MQ=255) tggaTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGa < 1:3194947/91‑1 (MQ=255) gggtTTAACACGTGAACGTGCTCAAAGGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGa < 2:2918847/90‑1 (MQ=255) gtTTAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGAcc < 1:2099598/91‑1 (MQ=255) tttAACTCGTGAACGTGCGCAAATGGAGTTACGTCACGTTCGCTACACTCACTATGGCCGTATGTGG‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCa < 2:405977/91‑1 (MQ=255) tttAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCa < 1:1619264/91‑1 (MQ=255) tttAACACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCa > 1:3104829/1‑91 (MQ=255) aaCACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCAAAc < 1:1738511/91‑1 (MQ=255) aaCACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCAAAc < 2:1035206/91‑1 (MQ=255) aaCACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCAAAc > 1:1165809/1‑91 (MQ=255) aaCACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCAAAc < 2:2876926/91‑1 (MQ=255) aaCACGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCAAAc > 1:447654/1‑91 (MQ=255) acacGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACcacaca > 2:2234155/1‑91 (MQ=255) cacGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCAAACAt < 2:1612473/91‑1 (MQ=255) cacGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCAAACAt < 1:700710/91‑1 (MQ=255) cacGTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCAAACAt < 1:2456906/91‑1 (MQ=255) GTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCAAACATTgg > 1:1480644‑M1/1‑91 (MQ=255) GTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCAAACATTgg < 2:2951878‑M1/91‑1 (MQ=255) GTGAACGTGCTCAAATGGAAGTACGTGACGTTCACTACTCTCACTATGGCCGTATGTGT‑CCAATTGAAACACCTGAGGGACCAAACATTgg > 1:673527‑M1/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |