New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 630624 | 231 (1.130) | 20 (0.100) | 10/154 | NT | 7.9% | intergenic (+10/‑103) | hxlB/gph_1 | 3‑hexulose‑6‑phosphate isomerase/Phosphoglycolate phosphatase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 630661 | 245 (1.250) | intergenic (+47/‑66) | hxlB/gph_1 | 3‑hexulose‑6‑phosphate isomerase/Phosphoglycolate phosphatase |
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
GATAGTGTTGTAATGGGATTGATGACTGAAATGAATGTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCAATAATAAACGAATA > USA300TCH1516_ALE/630534‑630714 | gATAGTGTTGTAATGGGATTGATGACTGAAATGAATGTTACGGAACAAACGATGCAACAAACTCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATA > 2:1356778‑M1/1‑91 (MQ=255) gATAGTGTTGTAATGGGATTGATGACTGAAATGAATGTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATA < 1:56679‑M1/91‑1 (MQ=255) aTAGTGTTGTAATGGGATTGATGACTGAAATGAATGTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAg < 1:3622794/91‑1 (MQ=255) aTAGTGTTGTAATGGGATTGATGACTGAAATGAATGTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAg < 1:2999068/91‑1 (MQ=255) tgttgtAATTGGATTGATGACTGAAATGAATGTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGa < 2:2110440/91‑1 (MQ=255) gttgtAATGGGATTGATGACTGAAATGAATGTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGat > 1:2093115/1‑91 (MQ=255) tAATGGGATTGATGACTGAAATGAATGTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGataata < 1:966087/91‑1 (MQ=255) aTGGGATTGATGACTGAAATGAATGTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATatg > 2:2581770/1‑91 (MQ=255) aTGGGATTGATGACTGAAATGAATGTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATatg < 2:1146323/91‑1 (MQ=255) aTTGATGACTGAAATGAATGTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGcc < 1:1506724/91‑1 (MQ=255) ttGATGACTGAAATGAATGTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCt > 1:3028727/1‑91 (MQ=255) tgatgaCTGAAATGAATGTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTa > 1:2710860/1‑91 (MQ=255) tgatgaCTGAAATGAATGTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTa > 1:3306970/1‑91 (MQ=255) gatgaCTGAAATGAATGTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAg < 2:255329/91‑1 (MQ=255) gaCTGAAATGAATGTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCa < 1:2061914/91‑1 (MQ=255) gaCTGAAATGAATGTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCa < 1:2425541/91‑1 (MQ=255) gaCTGAAATGAATGTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCa > 2:2317285/1‑91 (MQ=255) aCTGAAATGAATGTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAGAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAg < 2:3446986/91‑1 (MQ=255) aCTGAAATGAATGTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAg < 2:3171484/91‑1 (MQ=255) cTGAAATGAATGTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGa > 2:1183810/1‑91 (MQ=255) cTGAAATGAATGTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGa > 1:1951520/1‑91 (MQ=255) cTGAAATGAATGTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGa < 2:505134/91‑1 (MQ=255) cTGAAATGAATATTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGa < 1:3588359/91‑1 (MQ=255) tGAAATGAATGTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAgtcgataatatttctgcctaggcatc < 2:670234‑M1/91‑27 (MQ=255) aaaTGAATGTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAat > 1:172116/1‑91 (MQ=255) atgaatgTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAatat > 2:2732977/1‑91 (MQ=255) atgaatgTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAatat > 1:1220471/1‑91 (MQ=255) atgTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAatcgataatatttctgcctaggcatcatattatc < 1:1806811‑M1/91‑35 (MQ=255) atgTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAatcgataatatttctgcctaggcatcatattatc < 2:942804‑M1/91‑35 (MQ=255) tgTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCg < 1:914659/91‑1 (MQ=255) tgTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCg > 2:2125273/1‑91 (MQ=255) gTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGa < 2:3317822/91‑1 (MQ=255) gTTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGa < 2:1510957/91‑1 (MQ=255) ttACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAatcgataatatttctgcctaggcatcatattatcgac < 1:2185553‑M1/91‑38 (MQ=255) ttACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAatcgataatatttctgcctaggcatcatattatcgac < 1:435911‑M1/91‑38 (MQ=255) ttACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGat > 1:2540505/1‑91 (MQ=255) ttACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGat < 2:1728680/91‑1 (MQ=255) tACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAatcgataatatttctgcctaggcatcatattatcgact < 1:2934784‑M1/91‑39 (MQ=255) aCGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATta > 1:2590662‑M2/1‑89 (MQ=255) aCGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATta > 1:3350682‑M2/1‑89 (MQ=255) aCGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTCAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATta > 1:2334516‑M2/1‑89 (MQ=255) cGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATtat > 2:3742344‑M2/1‑88 (MQ=255) gAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTAttt < 1:142840/91‑1 (MQ=255) aCAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAACATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTAttttt > 1:3340340/1‑91 (MQ=255) cAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTAtttttt > 1:2649734/1‑91 (MQ=255) cAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTAtttttt > 2:53168/1‑91 (MQ=255) cAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATGTAGAATAAAATAAAGAGAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTAtttttt < 1:1894998/91‑1 (MQ=255) aaCGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTttta > 2:2020229/1‑91 (MQ=255) aaCGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTttta > 1:801151/1‑91 (MQ=255) aCGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTtttat > 1:619619/1‑91 (MQ=255) cGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTtttatt > 2:2903881/1‑91 (MQ=255) gATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTtttattt < 1:674042/91‑1 (MQ=255) gATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATAGATTATTTTtttattt > 2:3774374/1‑91 (MQ=255) aTGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTtttattta < 1:2872077/91‑1 (MQ=255) aTGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTtttattta < 2:3851932/91‑1 (MQ=255) aTGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTtttattta > 1:223427/1‑91 (MQ=255) gCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTaaa > 2:391151/1‑91 (MQ=255) acaaAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAaataa < 1:3289309/91‑1 (MQ=255) caaAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAaataat > 1:3746341/1‑91 (MQ=255) aaaaTCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAataata > 1:3664822/1‑91 (MQ=255) aaaTCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTAACGATTATTTTGTTATTTAAAtaataa > 2:3424583/1‑91 (MQ=255) aaTCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATaaa < 2:1813514/91‑1 (MQ=255) 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ataaaataaaGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCaa > 2:579502/1‑91 (MQ=255) ataaaGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCAataata > 1:309596/1‑91 (MQ=255) taaaGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCAAtaataa > 2:3695451/1‑91 (MQ=255) aaaGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCAATAATaaa < 1:1009986/91‑1 (MQ=255) aaaGATAGTCGAATATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATTGATtatctttattttattctaaattagcatgatttcgttgcatcttttgt < 2:1656386‑M2/91‑48 (MQ=255) aaGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCAATAATAAAc > 1:1142509/1‑91 (MQ=255) aaGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCAATAATAAAc < 1:3944193/91‑1 (MQ=255) aaGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAAGTATAGTATAATATCAATAATAAAc < 2:1787130/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |