New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 630624 | 231 (1.130) | 20 (0.100) | 10/154 | NT | 7.9% | intergenic (+10/‑103) | hxlB/gph_1 | 3‑hexulose‑6‑phosphate isomerase/Phosphoglycolate phosphatase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 630661 | 245 (1.250) | intergenic (+47/‑66) | hxlB/gph_1 | 3‑hexulose‑6‑phosphate isomerase/Phosphoglycolate phosphatase |
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
TTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCAATAATAAACGAATAGGGGTGTTAATATTGAAGTTTGACAATTATATTTTTG > USA300TCH1516_ALE/630571‑630751 | ttACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGat > 1:2540505/1‑91 (MQ=255) cGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATtat > 2:3742013‑M2/1‑88 (MQ=255) ggAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGattatt < 2:2742433/91‑1 (MQ=255) ggAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGattatt < 1:610116/91‑1 (MQ=255) gAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTAttt > 2:632614/1‑91 (MQ=255) aCAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTAttttt < 2:1191753/91‑1 (MQ=255) cAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTAtttttt > 2:53168/1‑91 (MQ=255) cAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATGTAGAATAAAATAAAGAGAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTAtttttt < 1:1894998/91‑1 (MQ=255) aaCGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTttta > 1:801151/1‑91 (MQ=255) aCGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTtttat > 1:2080243/1‑91 (MQ=255) cGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTtttatt > 2:2903881/1‑91 (MQ=255) gATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTtttattt > 1:3402133/1‑91 (MQ=255) gATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTtttattt < 2:1728408/91‑1 (MQ=255) gATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTtttattt > 1:2763504/1‑91 (MQ=255) 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aaaTCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTAACGATTATTTTGTTATTTAAAtaataa > 2:3424583/1‑91 (MQ=255) aTCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAAt < 2:3339075/91‑1 (MQ=255) cATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATta > 2:320022/1‑91 (MQ=255) cATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATta > 2:2669601/1‑91 (MQ=255) aTGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATtat > 2:2197790/1‑91 (MQ=255) aTGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATtat > 1:768522/1‑91 (MQ=255) aTGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATtat > 1:1221383/1‑91 (MQ=255) gCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAg < 2:910533/91‑1 (MQ=255) gCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAg < 2:885449/91‑1 (MQ=255) gCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAg > 1:1592263/1‑91 (MQ=255) gCTAATTTAAAATAAAATAAAAATAGTCGATAATATGATGGATAGGCAGATATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAg < 2:248458/91‑1 (MQ=255) cTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGAAGCCTAGGCAGAAAGATTATCGATTATTGTTTTATTTAAATAATAAATGATAGt > 1:3679314/1‑91 (MQ=255) aaTTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGtat > 2:2555600/1‑91 (MQ=255) ttAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTataat < 1:3635987/91‑1 (MQ=255) tAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTataata < 2:872181/91‑1 (MQ=255) gAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATc < 1:3350218/91‑1 (MQ=255) gAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATc > 2:3380875/1‑91 (MQ=255) aataaaataaAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCa > 1:2557563/1‑91 (MQ=255) ataaaataaaGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCaa > 2:2111019/1‑91 (MQ=255) taaaataaaGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCaat < 1:2707570/91‑1 (MQ=255) aataaaGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCaataat < 1:1779103/91‑1 (MQ=255) aataaaGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCaataat < 1:2338343/91‑1 (MQ=255) ataaaGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCAataata < 1:1336793/91‑1 (MQ=255) ataaaGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCAataata > 1:309596/1‑91 (MQ=255) taaaGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCAAtaataa > 2:3695451/1‑91 (MQ=255) aaaGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATtatctttattttattctaaattagcatgattttgttgcatcgtttgt < 1:646380‑M2/91‑48 (MQ=255) aaaGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCAATAATaaa < 1:1009986/91‑1 (MQ=255) aaGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATtatctttattttattctaaattagcatgattttgttgcatcgtttgtt < 2:2075827‑M2/91‑49 (MQ=255) aaGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCAATAATAAAc < 1:3944402/91‑1 (MQ=255) aaGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAAGTATAGTATAATATCAATAATAAAc < 2:1787130/91‑1 (MQ=255) aGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCAATAATAAACg < 1:3155421/91‑1 (MQ=255) gATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCAATAATAAACGa > 1:3285104/1‑91 (MQ=255) 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tCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCAATAATAAACGAATAgg < 1:557762/91‑1 (MQ=255) tCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAAGTATAGTATAATATCAATAATAAACGAATAgg < 1:3516370/91‑1 (MQ=255) cGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCAATAATAAACGAATAggg < 1:2593287/91‑1 (MQ=255) gATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATtatctttattttattctaaattagcatgattttgttgcatcgtttgttccgtaacat < 1:3303848‑M2/91‑58 (MQ=255) gATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCAATAATAAACGAATAgggg > 2:2142570/1‑91 (MQ=255) taataTGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCAATAATAAACGAATAGGGgtg > 1:2814311/1‑91 (MQ=255) atatGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCAATAATAAACGAATAGGGGTGtt < 1:1413878/91‑1 (MQ=255) atatGATGCCTAGGCAGAAATATGATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCAATAATAAACGAATAGGGGTGtt < 2:2691221/91‑1 (MQ=255) 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ttatCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCAATAATAAACGAATAGGGGTGTTAATATTGAAGTTTGACAATtat < 1:976971/91‑1 (MQ=255) ttatCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCAATAATAAACGAATAGGGGTGTTAATATTGAAGTTTGACAATtat > 2:2467703/1‑91 (MQ=255) cGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCAATAATAAACGAATAGGGGTGTTAATATTGAAGTTTGACAATTATAttt < 1:2008956/91‑1 (MQ=255) gATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCAATAATAAACGAATAGGGGTGTTAATATTGAAGTTTGACAATTATAtttt < 1:147412/91‑1 (MQ=255) gATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCAATAATAAACGAATAGGGGTGTTAATATTGAAGTTTGACAATTATAtttt < 2:68572/91‑1 (MQ=255) ttattTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCAATAATAAACGAATAGGGGTGTTAATATTGAAGTTTGACAATTATATttttg < 2:1573394/91‑1 (MQ=255) | TTACGGAACAAACGATGCAACAAAATCATGCTAATTTAGAATAAAATAAAGATAGTCGATAATATGATGCCTAGGCAGAAATATTATCGATTATTTTTTTATTTAAATAATAAATTATAGTATAATATCAATAATAAACGAATAGGGGTGTTAATATTGAAGTTTGACAATTATATTTTTG > USA300TCH1516_ALE/630571‑630751 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |