| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 646665 | 171 (0.840) | 17 (0.100) | 9/140 | NT | 10.0% | intergenic (+19/‑568) | lipL/galK | Octanoyl‑[GcvH]:protein N‑octanoyltransferase/Galactokinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 646681 | 158 (0.890) | intergenic (+35/‑552) | lipL/galK | Octanoyl‑[GcvH]:protein N‑octanoyltransferase/Galactokinase | |||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
TGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCAT > USA300TCH1516_ALE/646575‑646755 | tGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCC > 2:72464‑M1/1‑91 (MQ=255)tGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCC > 1:3801510‑M1/1‑91 (MQ=255) ggCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCt < 1:1313027/91‑1 (MQ=255) ggCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCt > 1:2762039/1‑91 (MQ=255) atacgatacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGt > 1:1180562/1‑91 (MQ=255) acgatacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTa < 2:362657/91‑1 (MQ=255) cgatacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTAt < 1:2083747/91‑1 (MQ=255) cgatacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTAt < 1:2855314/91‑1 (MQ=255) cgatacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTAt < 1:1463562/91‑1 (MQ=255) gatacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATc > 1:2095036/1‑91 (MQ=255) tttaatgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatatatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCg > 2:2442433‑M1/69‑91 (MQ=255) atacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCg > 1:560714/1‑91 (MQ=255) atacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCg > 1:772010/1‑91 (MQ=255) ttaatgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGt > 1:3304686‑M1/68‑91 (MQ=255) ttaatgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGt > 1:3553326‑M1/68‑91 (MQ=255) taatgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGtt > 2:1366946‑M1/67‑91 (MQ=255) taatgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGtt > 2:749153‑M1/67‑91 (MQ=255) acgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCaaacgataacttgaa < 2:2495745‑M1/91‑16 (MQ=255) acgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCaaacgataacttgaa < 2:1004533‑M1/91‑16 (MQ=255) cgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGttt > 1:169120/1‑91 (MQ=255) atgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTg > 1:3698129‑M1/65‑91 (MQ=255) atgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTg > 1:2172001‑M1/65‑91 (MQ=255) tgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTgg > 1:2883970‑M1/64‑91 (MQ=255) tgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTgg > 1:864389‑M1/64‑91 (MQ=255) tATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCaaacgataacttgaaagg < 1:2804600‑M1/91‑19 (MQ=255) tATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCaaacgataacttgaaagg < 1:1537972‑M1/91‑19 (MQ=255) tATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTgg > 2:2590943‑M2/1‑89 (MQ=255) tttGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTggggc < 2:1816884‑M2/91‑6 (MQ=255) tgttcaatttaaatattaggtcaataacagatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGc > 2:3764499‑M1/61‑91 (MQ=255) ttGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCaaacgataacttgaaaggggct < 1:2432971‑M1/91‑23 (MQ=255) ttGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTggggct > 1:234916‑M2/1‑85 (MQ=255) ttGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTggggct > 1:1211343‑M2/1‑85 (MQ=255) ttGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTggggct > 1:3896662‑M2/1‑85 (MQ=255) gttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCt > 1:1956092‑M1/60‑91 (MQ=255) gttcaatttaaagattaggtcaataacatatgtatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCt > 2:1587190‑M1/60‑91 (MQ=255) tAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTggggctgtta > 2:1688486‑M2/1‑81 (MQ=255) tAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTggggctgtta < 2:2851769‑M2/91‑11 (MQ=255) tAAAATAATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTggggctatta < 1:3068642‑M2/91‑11 (MQ=255) aTGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCATTAGTTAAATACTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTAtttt > 2:1628176/1‑91 (MQ=255) aTGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTAtttt < 1:1816711/91‑1 (MQ=255) tGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTAttttt > 2:2384226/1‑91 (MQ=255) tGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTAttttt < 2:2748741/91‑1 (MQ=255) ttGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGaa > 1:630165/1‑91 (MQ=255) ttGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGaa > 2:2207147/1‑91 (MQ=255) ttGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGaa < 2:1788871/91‑1 (MQ=255) aagaaaCAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTa < 2:2574445/91‑1 (MQ=255) agaaaCAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTAt < 1:1195011/91‑1 (MQ=255) agaaaCAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTAt < 2:3760785/91‑1 (MQ=255) agaaaCAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAACTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTAt > 1:3375645/1‑91 (MQ=255) gaaaCAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATc < 2:606022/91‑1 (MQ=255) aaaCAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATcc < 1:2999085/91‑1 (MQ=255) aaCAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCa < 1:3461052/91‑1 (MQ=255) aaCAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCa < 1:638837/91‑1 (MQ=255) aCAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCAt > 2:2683829/1‑91 (MQ=255) 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aTAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATaa > 1:2592955/1‑91 (MQ=255) aTAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATaa > 2:1667604/1‑91 (MQ=255) tAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATaaa < 2:2047978/91‑1 (MQ=255) aTCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAatat > 2:2242748/1‑91 (MQ=255) aTCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAatat < 1:1080377/91‑1 (MQ=255) tCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATg > 2:1526740/1‑91 (MQ=255) cAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGt > 2:2847017/1‑91 (MQ=255) aaTGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTa > 1:453067/1‑91 (MQ=255) 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CCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATACATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAAcatc < 2:90222‑M1/91‑1 (MQ=255) ccTTTCAAGTTATCGTTTggggctgttaaatatttaactattgcatttgatctatcattttcttgtttctttcaatcattttatcaaaata < 1:3760113‑M2/91‑74 (MQ=255) ccTTTCAAGTTATCGTTTggggctgttaaatatttaactattgcatttgatctatcattttcttgtttctttcaatcattttatcaaaata < 1:2474492‑M2/91‑74 (MQ=255) CTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAAcatcat > 2:3865748‑M1/1‑91 (MQ=255) CTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAAcatcat < 2:2908060‑M1/91‑1 (MQ=255) CTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAAcatcat > 2:1401753‑M1/1‑91 (MQ=255) | TGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATTGAACATCAT > USA300TCH1516_ALE/646575‑646755 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |