| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 705182 = | 212 (1.040) | 11 (0.060) | 8/142 | NT | 6.3% | intergenic (+932/+228) | nhaK_1/mntA | Sodium, potassium, lithium and rubidium/H(+) antiporter/Manganese‑binding lipoprotein MntA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 705222 = | 142 (0.790) | intergenic (+972/+188) | nhaK_1/mntA | Sodium, potassium, lithium and rubidium/H(+) antiporter/Manganese‑binding lipoprotein MntA | |||||
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
TCGCAGTTTAATCAAAACCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGT > USA300TCH1516_ALE/705092‑705272 | tCGCAGTTTAATCAAAACCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATaa < 1:2347074/91‑1 (MQ=33)gaaggctaatagtcccatatcgtgcgttaaatatatattaccctcctattaatatatataccgttcccgatcgcacgatatggtggtatta < 1:1078137‑M1/1‑1 (MQ=255) cGCAGTTTAATCAAAACCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAg > 2:1816256/1‑91 (MQ=34) aaggctaatagtcccatatcgtgcgttaaatatatattaccctcctattaatatatataccgttcccgatcgcacgatatggtggtattAg > 2:2870989‑M1/90‑91 (MQ=255) aaggctaatagtcccatatcgtgcgttaaatatatattaccctcctattaatatatataccgttcccgatcgcacgatatggtggtattAg > 2:734659‑M1/90‑91 (MQ=255) gCAGTTTAATCAAAACCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTGACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGa > 1:3689103/1‑91 (MQ=21) aggctaatagtcccatatcgtgcgttaaatatatcttaccctcctattaatctctataccgttcccgatcgcacgatatgctggtattAGa < 2:2674291‑M1/3‑1 (MQ=255) aggctaatagtcccatatcgtgcgttaaatatatattaccctcctattaatatatataccgttcccgatcgcacgatatggtggtattAGa < 1:2634903‑M1/3‑1 (MQ=255) cAGTTTAATCAAAACCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGaa > 2:483824/1‑91 (MQ=34) gctaatagtcccatatcgtgcgttaaatatatattaccctcctattaatatatataccgttcccgatcgcacgatatggtggtattAGAAc > 1:487367‑M1/87‑91 (MQ=255) taatagtcccatatcgtgcgttaaatatatattaccctcctattaatatatataccgttcccgatcgcacgatatggtggtattAGAACtt > 2:1733200‑M1/85‑91 (MQ=255) taatagtcccatatcgtgcgttaaatatatattaccctcctattaatatatataccgttcccgatcgcacgatatggtggtattAGAACtt > 1:2134883‑M1/85‑91 (MQ=255) ttAATCAAAACCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTc > 1:3100835/1‑91 (MQ=33) aatagtcccatatcgtgcgctaaatatatattaccctcctattaatatatataccgttcccgatcgcacgatatggtggtattAGAACTTc < 2:3454836‑M1/8‑1 (MQ=255) 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cAAAACCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCt < 2:2998763/91‑1 (MQ=34) cAAAACCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCt > 1:1897667/1‑91 (MQ=34) aaaaCCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCtt < 2:748631/91‑1 (MQ=33) aaaaCCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCtt < 1:1260544/91‑1 (MQ=34) aaaCCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCttt < 2:3139445/91‑1 (MQ=34) aaCCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCtttt > 1:1751066/1‑91 (MQ=33) aCCACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTtc < 1:3258780/91‑1 (MQ=34) ccACATAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAACGAGTGACACCTGTTTACAGTTCACTTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCttagct > 2:190652/1‑87 (MQ=11) cacaTAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTtctc < 1:2821720/91‑1 (MQ=33) acaTAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTctct > 2:3874493/1‑91 (MQ=34) acaAAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTctct < 2:120125/91‑1 (MQ=18) caTAACGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCtt > 1:1011126/1‑91 (MQ=21) caTAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCtt > 2:2057653/1‑91 (MQ=34) caTAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCtt < 1:1023034/91‑1 (MQ=34) caTAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCtt > 2:1223940/1‑91 (MQ=34) caTAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCtt < 2:633635/91‑1 (MQ=33) aaTAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTAAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCtt < 2:2593014/90‑1 (MQ=18) tAAAGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTc > 1:1726195/1‑91 (MQ=34) aaaGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCtttgg < 1:833131/91‑3 (MQ=21) aGCTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGtt < 1:1871430/91‑1 (MQ=34) cTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCa > 2:767481/1‑91 (MQ=33) cTTTTAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCa < 2:1546571/91‑1 (MQ=33) ttAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAag < 2:673532/91‑1 (MQ=34) ttAACTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAag < 2:572898/91‑1 (MQ=33) atatatattaccctcctattaatatatataccggtcccgatcgcacgatatggtggtatgAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAag > 1:3507458‑M1/61‑91 (MQ=255) atatattaccctcctattaatatatataccgttcccgatcgcacgatatggtggtattAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAagag > 1:586357‑M1/59‑91 (MQ=255) aaCTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAagag < 2:232545/91‑1 (MQ=33) tatattaccctgctatgaatatatataccgttcccgatcgcacgatatggggggattAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAgaga > 2:2387338‑M1/58‑91 (MQ=255) cTTTACTCTTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGaa > 1:1659567/1‑91 (MQ=34) atattaccctcctattaatatatataccgttcccgatcgcacgatatggtggtattAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGaa > 2:865838‑M1/57‑91 (MQ=255) atattaccctcctattaatatatataccgttcccgatcgcacgatatggtggtattAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGaa > 1:1994996‑M1/57‑91 (MQ=255) tattaccctcctattaatatatataccgttcccgatcgcacgatatggtggtattAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAg > 1:2993857‑M1/56‑91 (MQ=255) 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tttGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAAt < 1:1692800/91‑1 (MQ=255) ttGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATa < 1:3531616/91‑1 (MQ=255) tGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTCCTAATac > 2:1462517/1‑91 (MQ=255) gATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATacc < 2:928047/91‑1 (MQ=255) aTTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATacca < 1:204767/91‑1 (MQ=255) aaGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCata < 2:2796722/91‑1 (MQ=255) agTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCg < 1:3842920/91‑1 (MQ=255) agTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCg < 1:2237139/91‑1 (MQ=255) 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attaaAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAACTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGtatatat > 2:3482385/1‑91 (MQ=255) ttaaAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGtatatata > 2:517019/1‑91 (MQ=255) aaaaCTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATAtt < 2:1748038/91‑1 (MQ=255) aaaaCTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATAtt > 1:3367727/1‑91 (MQ=255) aaaaCTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATAtt > 1:2468132/1‑91 (MQ=255) aaaaCTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATAtt < 1:2500326/91‑1 (MQ=255) aaaaCTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCGCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGAGCGGGAACGGTATATATAtt < 2:221120/91‑1 (MQ=255) aaaCTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTa < 2:13234/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |