New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 705182 = | 212 (1.040) | 11 (0.060) | 8/142 | NT | 6.3% | intergenic (+932/+228) | nhaK_1/mntA | Sodium, potassium, lithium and rubidium/H(+) antiporter/Manganese‑binding lipoprotein MntA |
? | USA300TCH1516_ALE | 705222 = | 142 (0.790) | intergenic (+972/+188) | nhaK_1/mntA | Sodium, potassium, lithium and rubidium/H(+) antiporter/Manganese‑binding lipoprotein MntA |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
TTTGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCG > USA300TCH1516_ALE/705134‑705312 | tttGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAATGAGAAGTTCTAAt > 1:3958997/1‑91 (MQ=255) tttGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAAt < 1:1692800/91‑1 (MQ=255) ttGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATa < 1:3531601/91‑1 (MQ=255) tGATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATac > 2:3229040/1‑91 (MQ=255) gATTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATacc < 1:2848923/91‑1 (MQ=255) aTTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTCATacca > 2:2654042/1‑91 (MQ=255) aTTTAAAGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATacca < 2:157500/91‑1 (MQ=255) tAAAGAGTGACCAATGTTTACAGTTTACTTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCACAGAGAAGTTCTAATAccacca > 2:42581/1‑91 (MQ=255) aaaGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCat < 2:3336372/91‑1 (MQ=255) aaGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCata < 2:2797317/91‑1 (MQ=255) aaGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCata < 1:1746755/91‑1 (MQ=255) aaGAGTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCata > 1:211978/1‑91 (MQ=255) agagTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCatat > 1:3739489/1‑91 (MQ=255) agagTGACAAATGTTTACAGTTTAATTAAAACTGCATAAGAACTTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCatat > 1:2415557/1‑91 (MQ=255) 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ttctctttgaacgaaagagaaaagctagaagttctAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAatat > 1:1994996‑M2/36‑91 (MQ=255) ttctctttgaacgaaagagaaaagctagaagttctAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAatat > 2:868756‑M2/36‑91 (MQ=255) TTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTaataa < 1:2137787‑M1/91‑2 (MQ=255) TTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAatat > 1:3852534‑M1/1‑91 (MQ=255) TTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAatat > 1:3851970‑M1/1‑91 (MQ=255) TTCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAatat < 1:1616682‑M1/91‑1 (MQ=255) tctctttgaacgaaagagaaaagctagaagttctAATCCCCCCATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTCATAGCAGGGTAatata > 2:2387338‑M2/35‑91 (MQ=255) TCTAGCTTTTCTCTTTCGTTCAAAGAGAAGTTCTAATACCACCATATCGTCCGATCGGGAACGGTATATATATTACTAGGAGGGTAatata < 2:1363039‑M1/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |