| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 705321 = | 156 (0.770) | 10 (0.060) | 7/142 | NT | 6.0% | intergenic (+1071/+89) | nhaK_1/mntA | Sodium, potassium, lithium and rubidium/H(+) antiporter/Manganese‑binding lipoprotein MntA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 705378 = | 175 (0.970) | intergenic (+1128/+32) | nhaK_1/mntA | Sodium, potassium, lithium and rubidium/H(+) antiporter/Manganese‑binding lipoprotein MntA | |||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
ATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGCATCAACATCAATTCATCTTACTTCATTAAAACACAGCGTGTT > USA300TCH1516_ALE/705231‑705411 | atatCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTA > 2:3733912‑M1/1‑91 (MQ=255) tcttactagagagtgatgaaatcaaatatttaaactgtacacggaagcatgaaataacacgctgtgttttaatgaagtaagatgaattgat > 2:3619914‑M1/90‑91 (MQ=255) tatCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTAT > 2:948148‑M1/1‑91 (MQ=255) tatCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTAT > 2:289805‑M1/1‑91 (MQ=255) cttactacaaaatgatgaaatcaaatattgaaactgtacacggaagcatgaaataacacgctgtgttttaatgaagtaagatgaattgatg > 1:1142860‑M1/89‑91 (MQ=255) cttactacaaaatgatgaaatcaaatattgaaactgtacacggaagcatgaaataacacgctgtgttttaatgaagtaagatgaattgatg > 2:359120‑M1/89‑91 (MQ=255) cttactacaaaatgatgaaatcaaatattgaaactgtacacggaagcatgaaataacacgctgtgttttaatgaagtaagatgaattgatg < 2:2230329‑M1/3‑1 (MQ=255) tCGTGTGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGT > 2:2451174‑M1/1‑91 (MQ=255) tCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGT < 1:2155529‑M1/91‑1 (MQ=255) tCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGT > 1:1610260‑M1/1‑91 (MQ=255) tCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGT > 1:3769811‑M1/1‑91 (MQ=255) tactacaaaatgatgaaatcaaatattgaaactgtacacggaagcatgaaataacacgctgtgttttaatgaagtaagatgaattgatgtt < 1:1215836‑M1/5‑1 (MQ=255) gTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTG > 1:990176‑M1/1‑91 (MQ=255) actacaaaatgatgaaatcaaatattgaaactgtacacggaagcatgaaataacacgctgtgttttaatgaagtaagatgaattgatgttg < 2:2020942‑M1/6‑1 (MQ=255) ctacaaaatgatgaaatcaaatattgaaactgtacacggaagcatgaaataacacgctgtgttttaatgaagtaagatgaattgatgttga > 1:1210608‑M1/85‑91 (MQ=255) ctacaaaatgatgaaatcaaatattgaaactgtacacggaagcatgaaataacacgctgtgttttaatgaagtaagatgaattgatgttga > 1:2951470‑M1/85‑91 (MQ=255) aTCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGAtgtg < 2:847402/91‑1 (MQ=255) tCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGAtgtgt < 1:1996720/91‑1 (MQ=255) gggAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTgg < 2:634687/91‑1 (MQ=255) ggAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGc < 1:1808486/91‑1 (MQ=255) gAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGcc > 2:3146890/1‑91 (MQ=255) aaCGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCt < 2:1329304/91‑1 (MQ=255) aaCGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCt < 2:1179042/91‑1 (MQ=255) aCGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTa < 1:244886/91‑1 (MQ=255) cGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTaa < 2:2998829/91‑1 (MQ=255) ggTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTaaa < 2:1242338/91‑1 (MQ=255) gTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTaaaa > 1:2230329/1‑91 (MQ=255) tatatataTTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAat < 1:3471101/91‑1 (MQ=255) atatatatTAATAGGGGGGCAAGATATATTTAACGCACGATATGGGCCTATTATCCTTCTACCTCGTTCTGTTGATGTGCGGCCTaaactg > 2:2501875/1‑88 (MQ=255) atatatatTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAata < 2:1280224/91‑1 (MQ=255) tatatatTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAatat > 1:2009735/1‑91 (MQ=255) tatatatTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAatat < 1:1353387/91‑1 (MQ=255) tatatatTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAatat < 2:3664792/91‑1 (MQ=255) tatatatTAATAGGAGGCTAATATATATTTAAAGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAatat < 1:3387687/91‑1 (MQ=255) atatatTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATAtt > 1:1151349/1‑91 (MQ=255) atatatTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATAtt > 2:1920745/1‑91 (MQ=255) tatatTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTg < 2:642474/91‑1 (MQ=255) ttAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGgaga > 1:2657891/1‑91 (MQ=255) ttAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGgaga > 1:3035746/1‑91 (MQ=255) tAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGAt > 2:3574039/1‑91 (MQ=255) tAATAGGAGGGTAACATATACTTAACGCACGATATGGGACTATTAACCTCCGACTTTGTTATGATGATGTGTGGACTAAAATAATCGAGAt > 2:2792977/1‑91 (MQ=255) aaTAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGcaacctaaaatattggtatctcc < 1:849314‑M1/91‑24 (MQ=255) aTAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGGTGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATAc < 1:2022992/91‑1 (MQ=255) aTAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTAGCCTAAAATATTGGAGATAc < 1:236195/91‑1 (MQ=255) tAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATAcc < 2:3957076/91‑1 (MQ=255) tAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATAcc < 1:2475532/91‑1 (MQ=255) tAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATAcc < 1:751482/91‑1 (MQ=255) aactgtacacggaagcatgaaataacacgctgtgttttaatgaagtaagatgaattgATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATAcc > 1:2300413‑M1/58‑91 (MQ=255) aggaggGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCa < 2:909230/91‑1 (MQ=255) ggaggGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCGTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCaa < 2:2582333/91‑1 (MQ=255) aggGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGGTGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAata < 2:2939309/91‑1 (MQ=255) aggGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAata < 2:739157/91‑1 (MQ=255) ggTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGCGATACCAATAtt > 2:3285552/1‑91 (MQ=255) gTATTATTTATTTAACGCACGTTATTGTACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATGTTGGAGATACCAATAttt < 2:2130722/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |