| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 712543 | 173 (0.850) | 14 (0.070) | 4/148 | NT | 8.0% | intergenic (+22/‑77) | tagG/tarB | Teichoic acid translocation permease protein TagG/Teichoic acid glycerol‑phosphate primase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 712566 | 163 (0.870) | intergenic (+45/‑54) | tagG/tarB | Teichoic acid translocation permease protein TagG/Teichoic acid glycerol‑phosphate primase | |||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
GCCATTTTCTTTGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAAT > USA300TCH1516_ALE/712453‑712633 | ccATTTTCTTTGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCg > 1:2184606/1‑91 (MQ=255) cATTTTCTTTGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGc < 2:404435/91‑1 (MQ=255) cATTTTCTTTGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGc < 1:3019837/91‑1 (MQ=255) cATTTTCTTTGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGc < 2:338979/91‑1 (MQ=255) cATTTTCTTTGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGc > 1:198120/1‑91 (MQ=255) cATTTTCTTTGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGc > 1:2149238/1‑91 (MQ=255) cATTTTCTTTGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGc < 2:1428457/91‑1 (MQ=255) tttCTTTGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTaa < 1:1047195/91‑1 (MQ=255) cTTTGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGATATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCa < 2:3349498/91‑1 (MQ=255) tttGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATCTAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACACCGCTAACCac > 2:1914205/1‑90 (MQ=255) tttGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCAt < 1:2417885/91‑1 (MQ=255) ttGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCAtt < 1:836260/91‑1 (MQ=255) ttGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCAtt < 1:2644170/91‑1 (MQ=255) ttGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCAtt > 1:1790854/1‑91 (MQ=255) tGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATta > 2:229883/1‑91 (MQ=255) gCAATTGAAACGTACTAACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATAAATATAAGACGAAACCCCACTAACCATtaa > 2:2663312/1‑91 (MQ=255) ttGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATaaa > 1:1249898/1‑91 (MQ=255) ttGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATaaa < 1:2668979/91‑1 (MQ=255) tttctttattaaaacgttcataatacaccaacttaatatgttatttacttaaattataaacaaaaatgAACCCCGCTAACCATTAATAAAt > 1:489555‑M1/69‑91 (MQ=255) tGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAAt < 1:3738601/91‑1 (MQ=255) tGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAAt > 2:3493635/1‑91 (MQ=255) tGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAAt < 1:2266375/91‑1 (MQ=255) ggTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATg < 1:1971632/91‑1 (MQ=255) tGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCacttccatttattaatggtt < 1:3351630‑M1/91‑21 (MQ=255) tGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCacttccatttattaatggtt < 1:3761507‑M1/91‑21 (MQ=255) tGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCacttccatttattaatggtt < 1:953820‑M1/91‑21 (MQ=255) gTACGTTCACATGAAATAGAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCacgtccagttattaatggttagc < 2:3854174‑M1/91‑24 (MQ=255) tACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCacttccatttattaatggttagcg < 1:1915263‑M1/91‑25 (MQ=255) tACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTg > 1:197559‑M2/1‑90 (MQ=255) tACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTg > 1:1691473‑M2/1‑90 (MQ=255) ttaaaacgttcataatacaccaacttaatatgttagttactaaaattataaacaaaaatgAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTgg > 2:2569807‑M1/61‑91 (MQ=255) aCTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCacttccatttattaatggttagcgg < 1:1372574‑M1/91‑26 (MQ=255) aCTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCacttccatttattaatggttagcgg < 1:3227687‑M1/91‑26 (MQ=255) ttACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTgggg > 1:292234‑M2/1‑87 (MQ=255) ttACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTgggg > 1:3092133‑M2/1‑87 (MQ=255) aaaacgttcataatacaccaacttaatatgttatttacttaaattataaacaaaaatgAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTgggg > 1:1444024‑M1/59‑91 (MQ=255) tACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTggggt < 2:215492‑M2/91‑6 (MQ=255) tACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTggggt > 1:1684042‑M2/1‑86 (MQ=255) tACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTggggt < 2:1292487‑M2/91‑6 (MQ=255) acacATGAAATATAGAGATCAATTTTCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTggggtt > 1:3683197‑M2/1‑85 (MQ=255) acacATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTggggtt > 1:3249096‑M2/1‑85 (MQ=255) acacATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTggggtt > 2:1498018‑M2/1‑85 (MQ=255) acacATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTggggtt > 1:1578733‑M2/1‑85 (MQ=255) aacgttcataatacaccaacttaatatgttatttacttaaattataaacaaaaatgAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGtt > 1:1520400‑M1/57‑91 (MQ=255) aacgttcataatacaccaacttaatatgttatttacttaaattataaacaaaaatgAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGtt > 1:54069‑M1/57‑91 (MQ=255) atatAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGt < 1:3917735/91‑1 (MQ=255) ataGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGttt > 2:2607903/1‑91 (MQ=255) ataGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGttt < 1:1571914/91‑1 (MQ=255) ataGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGttt > 2:2097047/1‑91 (MQ=255) ataGAGATCAATTTGCAGACTTCTCGTAATATATTTATATGACGAAACCCTGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGttt < 2:3665861/91‑1 (MQ=255) agagATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTtat > 1:1359804/1‑91 (MQ=255) agagATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTtat > 1:3397378/1‑91 (MQ=255) agagATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTtat > 1:290517/1‑91 (MQ=255) agagATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTtat < 1:530913/91‑1 (MQ=255) gagaTCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTtata < 2:592638/91‑1 (MQ=255) agaTCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATaa > 1:3964/1‑91 (MQ=255) gaTCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAAt > 2:1668122/1‑91 (MQ=255) gaTCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAAt < 1:2233164/91‑1 (MQ=255) aTCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAAtt < 2:1797292/91‑1 (MQ=255) aTCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAAtt > 2:3038752/1‑91 (MQ=255) aTTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAg > 1:1501980/1‑91 (MQ=255) aTTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAg < 2:2462201/91‑1 (MQ=255) aTTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAg > 1:1751311/1‑91 (MQ=255) aTTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAg < 1:3609440/91‑1 (MQ=255) tttGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGt < 1:756952/91‑1 (MQ=255) tttGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGt > 1:2957836/1‑91 (MQ=255) tttGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGt > 2:690678/1‑91 (MQ=255) cAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAAt > 2:836423/1‑91 (MQ=255) cAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAAt > 2:3127472/1‑91 (MQ=255) cAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAAt > 1:1655556/1‑91 (MQ=255) cttcttGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTTATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACa > 1:603638/1‑91 (MQ=255) ttcttGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACat < 2:3093153/91‑1 (MQ=255) tcttGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACata < 2:440109/91‑1 (MQ=255) tcttGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACata < 2:2702145/91‑1 (MQ=255) cttGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACatat < 2:2943813/91‑1 (MQ=255) ttGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATAtt > 2:2731954/1‑91 (MQ=255) gTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTaa > 2:3319048/1‑91 (MQ=255) gTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTaa < 1:1452872/91‑1 (MQ=255) gTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTaa > 2:3212678/1‑91 (MQ=255) tAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAg < 1:2468402/91‑1 (MQ=255) atatTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTgg < 2:2537921/91‑1 (MQ=255) tatTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGgt > 1:2370442/1‑91 (MQ=255) atTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGgtg < 1:3639959/91‑1 (MQ=255) tatGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGtatta < 2:1117968/91‑1 (MQ=255) aCGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTCCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGaa > 2:2736443/1‑91 (MQ=255) cGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAAc > 1:356666/1‑91 (MQ=255) aaaCCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGt < 2:1281592/91‑1 (MQ=255) aaaCCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGt < 1:1024669/91‑1 (MQ=255) aaCCCCacttccatttattaatggttagcggggtttcgtcatataaatatattacaagaagtctgcaaattgatctctatatttcatgtgt > 2:1810616‑M1/1‑6 (MQ=255) aaCCCCacttccatttattaatggttagcggggtttcgtcatataaatatattacaagaagtctgcaaattgatctctatatttcatgtgt > 1:471239‑M1/1‑6 (MQ=255) AACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGtt > 2:2857216‑M1/1‑91 (MQ=255) ACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGttt < 1:2010689‑M1/91‑1 (MQ=255) ACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGttt < 1:3702534‑M1/91‑1 (MQ=255) ccccacttccatttattaatggttagcggggtttcgtcatataaatatattacaagaagtctgcaaattgatctctatatttcatgtgtaa > 1:3092001‑M1/1‑4 (MQ=255) ccccacttccatttattaatggttagcggggtttcgtcatataaatatattacaagaagtctgcaaattgatctctatatttcatgtgtaa < 1:2446617‑M1/91‑88 (MQ=255) CCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGtttt < 1:1072803‑M1/91‑1 (MQ=255) ccacttccatttattaatggttagcggggtttcgtcatataaatatattacaagaagtctgcaaattgatctctatatttcatgtgtaagt < 2:1496034‑M1/91‑90 (MQ=255) CCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTaa < 1:343332‑M1/91‑1 (MQ=255) cacttccatttattaatggttagcggggtttcgtcatataaatatattacaagaagtctgcaaattgatctctatatttcatgtgtaagta > 1:1691073‑M1/1‑1 (MQ=255) cGCTAACCATTAATAAATGGAAGTggggtttcgtcatataaatatattacaagaagtctgcaaattgatctctatatttcatgtgtaagta < 2:1015938‑M2/91‑68 (MQ=255) | GCCATTTTCTTTGCAATTGGTGCGTACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAAT > USA300TCH1516_ALE/712453‑712633 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |