| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 715303 = | 160 (0.790) | 14 (0.080) | 9/132 | NT | 9.0% | intergenic (+61/+56) | tarD/dacA | Glycerol‑3‑phosphate cytidylyltransferase/D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase DacA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 715350 = | 151 (0.900) | intergenic (+108/+9) | tarD/dacA | Glycerol‑3‑phosphate cytidylyltransferase/D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase DacA | |||||
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
CAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCA > USA300TCH1516_ALE/715213‑715393 | ttggtggtacatgccttgtcgctggattagcacttattgttcatatgataatcaatcgtttatttagaaaaagaaaataaaacatactaaa > 1:1415309‑M1/90‑91 (MQ=255) aaGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAA < 2:2988527‑M1/91‑1 (MQ=255) tggtggtacatgccttgtcgctggattagcacttattgttcatatgataatcaatcgtttatttagaaaaagaaaataaaacatactaaaa > 2:1828763‑M1/89‑91 (MQ=255) ggtggtacatgccttgtcgctggattagcacttattgttcatatgataatcaatcgtttatttagaaaaagaaaataaaacatactaaaaa < 1:3840154‑M1/4‑1 (MQ=255) tataTGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGA > 2:903767‑M1/1‑91 (MQ=255) atatGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGAC < 2:3846206‑M1/91‑1 (MQ=255) atatGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGAC < 2:787548‑M1/91‑1 (MQ=255) atatGGTAAAGATGCTAAATAAATTAGATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGAC < 2:429964‑M1/91‑1 (MQ=255) tatGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGCAATTATAAAATAAATATAAAACGGACA > 2:217514‑M1/1‑91 (MQ=255) acatgccttgtcgctggattagcacttattgttcatatgataatcaatcgtttatttagaaaaagaaaataaaacatactaAAAACGGACa > 2:2646519‑M1/82‑91 (MQ=255) atGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAA > 1:273072‑M1/1‑91 (MQ=255) atGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAA < 1:2261466‑M1/91‑1 (MQ=255) tGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAG > 2:1742500‑M1/1‑91 (MQ=255) tGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAG > 2:558228‑M1/1‑91 (MQ=255) 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tAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGttt < 1:481217/91‑1 (MQ=255) aGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGc > 1:1891447/1‑91 (MQ=255) aTGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAg < 2:77745/91‑1 (MQ=255) tGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGc > 1:1862593/1‑91 (MQ=255) gCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCt > 2:3705692/1‑91 (MQ=255) gCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCt > 2:738918/1‑91 (MQ=255) cTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCtt < 1:343276/91‑1 (MQ=255) taaataaaTTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCttt > 1:3533728/1‑91 (MQ=255) aataaatTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTtat > 1:98212/1‑91 (MQ=255) aataaatTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTtat < 1:1156616/91‑1 (MQ=255) aataaatTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTtat < 2:629316/91‑1 (MQ=255) ataaatTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTATCTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTtata > 2:1003595/1‑91 (MQ=255) gcacttattgttcatatgataatcaatcgtttatttagaaaaagaaaataaaacatactaAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAAtgt > 1:359167‑M1/61‑91 (MQ=255) atTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAAtgt > 1:2445052/1‑91 (MQ=255) atTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAAtgt > 2:682464/1‑91 (MQ=255) ttATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTCAGGTTATTATAAACTAAATATAAAACGCACAAGTTTCGCAGCTTTATGAtgtg > 1:3675921/1‑91 (MQ=255) tatataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGc > 2:2806732/1‑91 (MQ=255) acttattgttcatatgataatcaatcgtttatttagaaaaagaaaataaaacatactaAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGc > 1:3337273‑M1/59‑91 (MQ=255) atataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCa < 2:647698‑M2/91‑2 (MQ=255) ttattgttcatatgataatcaatcgtttatttagaaaaagaaaataaaacatactaAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaa > 2:3371218‑M1/57‑91 (MQ=255) tataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaa < 1:1926141‑M2/91‑3 (MQ=255) tattgttcatatgataatcaatcgtttatttagaaaaagaaaataaaacatactaAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAAc > 2:1387763‑M1/56‑91 (MQ=255) ataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaac < 2:2389540‑M2/91‑4 (MQ=255) attgttcatatgataatcaatcgtttatttagaaaaagaaaataaaacatactaAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACt > 1:2351841‑M1/55‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |