| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 802141 | 148 (0.730) | 17 (0.100) | 10/138 | NT | 10.3% | intergenic (+382/+242) | USA300HOU_RS03915/USA300HOU_RS03920 | Putative 5'(3')‑deoxyribonucleotidase/Putative lipid kinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 802168 | 169 (0.960) | intergenic (+409/+215) | USA300HOU_RS03915/USA300HOU_RS03920 | Putative 5'(3')‑deoxyribonucleotidase/Putative lipid kinase | |||||
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
ATCGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACAT > USA300TCH1516_ALE/802051‑802231 | tCGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGaa < 1:3937965/91‑1 (MQ=255) tCGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGaa < 1:929321/91‑1 (MQ=255) tCGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGaa > 1:1734673/1‑91 (MQ=255) gCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAAtg < 1:2743399/91‑1 (MQ=255) gCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAAtg > 1:3520476/1‑91 (MQ=255) cTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAAtgt < 2:2065862/91‑1 (MQ=255) tACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAAtgtg > 1:1714511/1‑91 (MQ=255) gaCATACTCAATCATTAGTCGTTCGTTATCATTTCCTTCCCGCTCGCAGTAAATGTTGGTTTATCTTATTATTATAAATCGTATGAAtgtg < 2:712517/90‑1 (MQ=255) aCATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATgtgt > 1:2958347/1‑91 (MQ=255) aCATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTA‑TATTATAAATCGGATGAATGTGtt < 2:3130652/91‑1 (MQ=255) cATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTGAGTTTATCTTAGTATTATAAATCGGATGAATGTGtt < 2:2476883/91‑1 (MQ=255) atcaatcaTTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATc < 1:3440858/91‑1 (MQ=255) tcaatcaTTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCt > 2:1239488/1‑91 (MQ=255) caatcaTTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTa > 1:1842705/1‑91 (MQ=255) tcaTTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATgg < 1:2830787/91‑1 (MQ=255) ttAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAg > 1:315173/1‑91 (MQ=255) ttAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAg > 1:1158612/1‑91 (MQ=255) tAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGa > 2:211569/1‑91 (MQ=255) cGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacg < 2:1317270‑M1/91‑25 (MQ=255) cGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAcgtgtaatctgccatagattaaca < 2:2832265‑M1/91‑25 (MQ=255) cGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTac < 1:671042/91‑1 (MQ=255) tATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcat < 1:3915855‑M1/91‑32 (MQ=255) aTCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatc < 2:1757486‑M2/91‑6 (MQ=255) tCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatcc < 1:2092095‑M1/91‑34 (MQ=255) tCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatcc < 1:2092047‑M1/91‑34 (MQ=255) tCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatcc < 1:3508775‑M1/91‑34 (MQ=255) tCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatcc < 1:2025973‑M2/91‑7 (MQ=255) tCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGAGTACACGtcatcc > 1:3049880‑M2/1‑85 (MQ=255) cATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccg < 2:3559288‑M1/91‑35 (MQ=255) tttCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATGATAAATCGGATGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgat < 2:3466932‑M1/91‑37 (MQ=255) ttCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgatt < 2:3761747‑M2/91‑11 (MQ=255) tCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgattt < 1:3749557‑M2/91‑12 (MQ=255) cGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGAttttt < 1:3361676/91‑1 (MQ=255) gTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGAtttttt < 1:998617/91‑1 (MQ=255) gTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGAtttttt > 1:1105814/1‑91 (MQ=255) tCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTta < 1:1775480/91‑1 (MQ=255) tCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTta > 1:1911478/1‑91 (MQ=255) tCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTta > 2:2734080/1‑91 (MQ=255) ccGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTtata > 1:1868604/1‑91 (MQ=255) ccGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTtata > 2:2454377/1‑91 (MQ=255) ccGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTtata > 2:3832506/1‑91 (MQ=255) cGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAg > 2:1707813/1‑91 (MQ=255) cGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAg > 1:196839/1‑91 (MQ=255) cGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAg < 1:2656907/91‑1 (MQ=255) cGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAg < 2:3326965/91‑1 (MQ=255) tctcAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAAt < 1:3865025/91‑1 (MQ=255) ctcAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCGGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAAtt > 1:3785036/1‑91 (MQ=255) tcAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAAttt < 1:3727636/91‑1 (MQ=255) cAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTg > 1:2586268/1‑91 (MQ=255) aaTAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGa < 2:912606/91‑1 (MQ=255) aaTAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGa < 2:81163/91‑1 (MQ=255) aTAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGaa > 1:1350728/1‑91 (MQ=255) aTAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGaa > 2:2794567/1‑91 (MQ=255) aTAAATGCTAGTTTATCTTATTATTATAAATCCGATGAATGTGTTTATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGACTTTGaa > 2:3883205/1‑91 (MQ=255) aaaTGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGaaaa < 1:829360/91‑1 (MQ=255) aaTGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGaaaaa < 2:3654504/91‑1 (MQ=255) aaTGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGaaaaa > 2:2369550/1‑91 (MQ=255) tGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGa > 1:1498865/1‑91 (MQ=255) tGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGa > 2:2101889/1‑91 (MQ=255) tAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGc < 1:3633232/91‑1 (MQ=255) aGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCa < 1:2060953/91‑1 (MQ=255) aGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCa < 1:1001451/91‑1 (MQ=255) aGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCa < 1:2873127/91‑1 (MQ=255) gTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCAt < 1:3448684/91‑1 (MQ=255) gTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCAt < 2:1462995/91‑1 (MQ=255) gTTTATCTTATAAATATAAATCGGATGAATAAGTTAATCTATGGCAGATGACACGTCATCCGATTTTTTAAAGAAAATAAAAAAGACGCAt < 2:959419/91‑1 (MQ=255) ttAGCTTATTATGAGAAATCGGATGAATGTGTGAATCTATGGCAGATGACACGTCATCCGATGTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATaa < 2:2392801/91‑1 (MQ=255) tCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAAcc > 2:3218586/1‑91 (MQ=255) cTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCa > 2:2874988/1‑91 (MQ=255) tattattatAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACt < 1:3956079/91‑1 (MQ=255) ttattatAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTAt > 2:1570472/1‑91 (MQ=255) ttattatAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTAt < 2:3285923/91‑1 (MQ=255) attatAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGa > 1:2154217/1‑91 (MQ=255) tataAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGAtt > 1:1666905/1‑91 (MQ=255) tataAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGAtt > 2:1405505/1‑91 (MQ=255) ataAATCGGATGCATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacg < 1:3048878‑M2/91‑52 (MQ=255) ataAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTCGAAAAAGACGCATACACCTCTATGAttt < 2:2031167/91‑1 (MQ=255) taAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTa > 1:1574083/1‑91 (MQ=255) 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aTGAcgtgtaatctgccatagattaacaaattcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatgata > 1:1263494‑M1/1‑4 (MQ=255) aTGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATacaa > 2:2300606/1‑91 (MQ=255) tGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatgataa < 2:3523374‑M1/91‑89 (MQ=255) tGAcgtgtaatctgccatagattaacacattcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatgataa > 2:952207‑M1/1‑3 (MQ=255) aaTGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGtcatccgatttataataataagataaactaacatttattgagagcgggacggaaatgataaag < 1:2401578‑M2/91‑64 (MQ=255) aaTGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACat < 2:2965806/91‑1 (MQ=255) | ATCGCTACATAATCAATCATTAGTCGTTCTTTATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTTTATCTTATTATTATAAATCGGATGAATGTGTTAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTATAGAATTTGAAAAAGACGCATAAACCACTATGATTTAAAATACAACAT > USA300TCH1516_ALE/802051‑802231 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |