New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 858374 = | 181 (0.890) | 11 (0.060) | 6/146 | NT | 6.5% | intergenic (+69/‑70) | gapA1/pgk | Glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase 1/Phosphoglycerate kinase |
? | USA300TCH1516_ALE | 858405 = | 151 (0.810) | intergenic (+100/‑39) | gapA1/pgk | Glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase 1/Phosphoglycerate kinase |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
CTTAGCTGAACTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGAAACACCATGGCTAAAAAAATTGTTTCT > USA300TCH1516_ALE/858284‑858464 | cTTAGCTGAACTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGt < 1:1394289/91‑1 (MQ=255) cTTAGCTGAACTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGt > 2:2195109/1‑91 (MQ=255) ttAGCTGAACTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTa < 1:2736293/91‑1 (MQ=255) ttAGCTGAACTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTa < 2:2843042/91‑1 (MQ=255) gactgttttacctttaagatctaaatcagaaacaatttttttagccattgtgtttcctccttgtaattaggacattttatataaaaaTAAg < 2:3830980‑M1/4‑1 (MQ=255) gCTGAACTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGc > 2:2717019/1‑91 (MQ=255) tgttttacctttaagatctaaatcagaaacaatttttttagccatggtgtttcctccttgtaattaggaaattttatataaaaaTAAGCgg > 2:449058‑M1/85‑91 (MQ=255) tgttttacctttaagatctaaagcagaaacaatttttttagccatggtgtttcctccttgtaattatgaaattttatataaaaaTAAGCgg > 1:1013964‑M1/85‑91 (MQ=255) gAACTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCggg > 1:772631/1‑91 (MQ=255) aaCTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCgggg < 2:326668/91‑1 (MQ=255) aCTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGa > 2:2347504/1‑91 (MQ=255) cTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAg < 2:3165087/91‑1 (MQ=255) cTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAg > 1:2658351/1‑91 (MQ=255) ttCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGca < 1:648109/91‑1 (MQ=255) 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aGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCg < 1:2054117/91‑1 (MQ=255) aGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCg < 1:1461582/91‑1 (MQ=255) aGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCg < 1:8170/91‑1 (MQ=255) atcagaaacaatttttttagccatggtgtttcctccttgtaattaggaaattttatataaaaaTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGc > 1:2788390‑M1/64‑91 (MQ=255) atcagaaacaatttttttagccatggtgtttcctccttgtaattaggaaattttatataaaaaTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGc > 1:2787500‑M1/64‑91 (MQ=255) tcagaaacaatttttttagccatggtgtttcctccttgtaattaggaaattttatataaaaaTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCt > 1:2417843‑M1/63‑91 (MQ=255) tataGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCt > 1:1349133/1‑91 (MQ=255) ataGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCtt > 1:2093413/1‑91 (MQ=255) ataGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCtt < 1:662507/91‑1 (MQ=255) taGTTTTTATTCCAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGATTa > 1:3056843/1‑91 (MQ=255) gTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTAtt > 2:3323793/1‑91 (MQ=255) ttATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTta > 2:508024/1‑91 (MQ=255) tATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtat < 1:2802283/91‑1 (MQ=255) tATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtat < 1:1211276/91‑1 (MQ=255) atttttttagccatggtgtttcctccttgtaattaggaaattttatataaaaaTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtat > 1:3234428‑M1/54‑91 (MQ=255) atttttttagccatggtgtttcctccttgtaattaggaaattttatataaaaaTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtat > 1:151103‑M1/54‑91 (MQ=255) aTTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtata < 1:2138434/91‑1 (MQ=255) aTTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtata < 1:2605954/91‑1 (MQ=255) aTTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtata < 1:3743019/91‑1 (MQ=255) aTTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtata > 2:2878549/1‑91 (MQ=255) ttCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtatat > 1:1735590/1‑91 (MQ=255) ttCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTcatat > 2:1634960/1‑91 (MQ=255) tCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtatata > 2:3104228/1‑91 (MQ=255) cAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATaa < 1:474110/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |