New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 858374 = | 181 (0.890) | 11 (0.060) | 6/146 | NT | 6.5% | intergenic (+69/‑70) | gapA1/pgk | Glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase 1/Phosphoglycerate kinase |
? | USA300TCH1516_ALE | 858405 = | 151 (0.810) | intergenic (+100/‑39) | gapA1/pgk | Glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase 1/Phosphoglycerate kinase |
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
AGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGAAACACCATGGCTAAAAAAATTGTTTCTGATTTAGATCTTAAAGGTAAAACAGTCCTAG > USA300TCH1516_ALE/858315‑858495 | gaaacaatttttttagccattgtgtttcctccttgtaattaggaaattttatataaaaataagcggagaagcgtttgtgctccccgcttat > 2:496013‑M2/91‑91 (MQ=255) aGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGAGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTAt > 2:1464905/1‑91 (MQ=255) aGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACGATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAGCGCTTCTCCGCTTAt < 1:3368181/91‑1 (MQ=255) gTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTAtt > 2:3323793/1‑91 (MQ=255) tttttATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTAttt < 1:449370/91‑1 (MQ=255) ttATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTta > 2:508024/1‑91 (MQ=255) tATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtat < 1:2623652/91‑1 (MQ=255) tATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtat < 1:1211276/91‑1 (MQ=255) tATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtat < 1:2771498/91‑1 (MQ=255) tATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtat < 1:2802283/91‑1 (MQ=255) atttttttagccatggtgtttcctccttgtaattaggaaattttatataaaaaTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtat > 1:151103‑M1/54‑91 (MQ=255) aTTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtata < 1:3229600/91‑1 (MQ=255) ttCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtatat > 1:1735590/1‑91 (MQ=255) tCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtatata > 2:3104228/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |