| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 906243 = | 220 (1.080) | 17 (0.090) | 7/148 | NT | 7.9% | intergenic (+27/‑157) | USA300HOU_RS04485/USA300HOU_RS04490 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 906294 = | 191 (1.010) | intergenic (+78/‑106) | USA300HOU_RS04485/USA300HOU_RS04490 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
ATTGAACTATGTGTTTGATATAAAAATAATTCCAGAGTTATTGCGCATAGTTAATATTAAATAAAAAAATTATTTAAATAAAATTTTATAGCCCCCTGCCCATCGGCTTAAAATGTTTTTTCGCCGGGTACCGGCGGGGGCCCTTCGCTTGCAACGCGGATAAACTTTTATGAAAGGGGGA > USA300TCH1516_ALE/906153‑906333 | atatcgaatttaatatttataagtatctgaaaaagggataaatcaagttatccccctttcataaaagtttatccgcgttgcaagcgaaggg > 1:2002873‑M1/91‑91 (MQ=255)atatcgaatttaatatttataagtatctgaaaaagggataaatcaagttatccccctttcataaaagtttatccgcgttgcaagcgaaggg < 1:2430004‑M1/1‑1 (MQ=255)atatcgaatttaatatttataagtatctgaaaaagggataaatcaagttatccccctttcataaaagtttatccgcgttgcaagcgaaggg > 1:188432‑M1/91‑91 (MQ=255) ttGAACTATGTGTTTGATATAAAAATAATTCCAGAGTTATTGCGCATAGTTAATATTAAATAAAAAAATTATTTAAATAAAATTTTATAGc > 2:3134536/1‑91 (MQ=255) tGAACTATGTGTTTGATATAAAAATAATTCCAGAGTTATTGCGCATAGTTAATATTAAATAAAAAAATTATTTAAATAAAATTTTATAGcc > 1:738172/1‑91 (MQ=255) tcgaatttaatatttataagtatctgaaaaagggataaatcaagttatccccctttcataaaagtttatccgcgttgcaagcgaaggGccc < 2:738172‑M1/4‑1 (MQ=255) gAACTATGTGTTTGATATAAAAATAATTCCAGAGTTATTGCGCATAGTTAATATTAAATAAAAAAATTATTTAAATAAAATTTTATAGccc > 1:641182/1‑91 (MQ=255) cgaatttaatatttataagtatctgaaaaagggataaatcaagttatccccctttcataaaagtttatccgcgttgcaagcgaaggGcccc < 2:3940835‑M1/5‑1 (MQ=255) gaatttaatatttataagtatctgaaaaagggataaatcaagttatccccctttcataaaagtttatccgcgttgcaagcgaaggGccccc > 1:3015296‑M1/86‑91 (MQ=255) aCTATGTGTTTGATATAAAAATAATTCCAGAGTTATTGCGCATAGTTAATATTAAATAAAAAAATTATTTAAATAAAATTTTATAGccccc < 2:1799813/91‑1 (MQ=255) aCTATGTGTTTGATATAAAAATAATTCCAGAGTTATTGCGCATAGTTAATATAAAAAAAAAAAATTATTTAAATAAAATTTTATAGccccc < 2:3232905/91‑1 (MQ=255) cTATGTGTTTGATATAAAAATAATTCCAGAGTTATTGCGCATAGTTAATATTAAATAAAAAAATTATTTAAATAAAATTTTATAGCCCCCt < 1:1460062/91‑1 (MQ=255) tATGTGTTTGATATAAAAATAATTCCAGAGTTATTGCGCATAGTTAATATTAAATAAAAAAATTATTTAAATAAAATTTTATAGCGCCCTg > 2:3635073/1‑91 (MQ=255) aTGTGTTTGATATAAAAATAATTCCAGAGTTATTGCGCATAGTTAATATTAAATAAAAAAATTATTTAAATAAAATTTTATAGCCCCCTGc > 2:3081002/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |