| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 940823 = | 193 (0.950) | 11 (0.060) | 8/140 | NT | 6.4% | intergenic (+4/+52) | USA300HOU_RS04680/ptlE | Putative esterase/Neopentalenolactone D synthase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 940872 = | 153 (0.860) | intergenic (+53/+3) | USA300HOU_RS04680/ptlE | Putative esterase/Neopentalenolactone D synthase | |||||
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
ATGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTC > USA300TCH1516_ALE/940734‑940913 | catttggtagaaatgttatgggtggccgtaaagctgccgaacgcattgaacaagcatttctaaaactacaacaatatagcgcataaaaaaa < 2:2069095‑M1/2‑1 (MQ=255)aTGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGaa > 1:2871954/1‑91 (MQ=255)aTGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGaa < 2:2260473/91‑1 (MQ=255) tGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAAc > 1:3213121/1‑91 (MQ=255) gTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACACAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACt > 2:802336/1‑91 (MQ=255) ttggtataaatgttatgggtggccgtaaagctgccgaacgcattgaacaagcatttctaaaactacaacaatatagcgcataaaaaAACTg < 1:3072872‑M1/5‑1 (MQ=255) aTGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGc > 2:2483190/1‑91 (MQ=255) aTGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGc > 2:384011/1‑91 (MQ=255) ggtagaaatgttatgggtggccgtaaagctgccgaacgcattgaacaagcatttctaaaactacaacaatatagcgcataaaaaAACTGCt > 1:1675479‑M1/85‑91 (MQ=255) gtagaaatgttatgggtggccgtaaagctgccgaacgcattgaacaagcatttctaaaactacaacaatatagcgcataaaaaAACTGCTa < 2:1400065‑M1/8‑1 (MQ=255) gtagaaatgttatgggtggccgtaaagctgccgaacgcattgaacaagcatttctaaaactacaacaatatagcgcataaaaaAACTGCTa > 1:2236195‑M1/84‑91 (MQ=255) tagaaatgttatgggtggccgtaaagctgccgaacgcattgaacaagcatttctaaaactacaacaatatagcgcataaaaaAACTGCTAg < 1:15073‑M1/9‑1 (MQ=255) cagaaatgttatggttcgccgtaaagctgccgaacgcattaaacaagcatttctaaaactacaacaatatagcgcataaaaaAACTGCTAg > 2:3782967‑M1/83‑91 (MQ=255) gATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTAGTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGc < 2:3444801/91‑1 (MQ=255) agaaatgttatgggtggccgtaaagctgccgaacgcattgaacaagcatttctaaaactacaacaatatagcgcataaaaaAACTGCTAGc > 1:2113299‑M1/82‑91 (MQ=255) atatAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCt > 2:300624/1‑91 (MQ=255) atatAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCt > 2:2741905/1‑91 (MQ=255) atatAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCt < 1:2337931/91‑1 (MQ=255) atatAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCt < 1:58396/91‑1 (MQ=255) atatAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCt > 1:1145516/1‑91 (MQ=255) atatAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGATATTAAAACTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCt > 1:1842165/1‑91 (MQ=255) tataAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTg > 1:1604268/1‑91 (MQ=255) tataAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTg > 2:2437226/1‑91 (MQ=255) ataAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTTCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGa > 1:716990/1‑91 (MQ=255) ataAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGa > 2:2009258/1‑91 (MQ=255) ataAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGa < 2:2694352/91‑1 (MQ=255) aaaaaTTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGaaa < 1:1054699/91‑1 (MQ=255) aaaaaTTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGaaa < 1:3511686/91‑1 (MQ=255) aaaaaTTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGaaa > 2:388294/1‑91 (MQ=255) aaaTTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATg > 1:610281/1‑91 (MQ=255) ttAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTa < 2:715607/91‑1 (MQ=255) aaGAATGACAAAGAACAATTAATTATAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATg < 1:3690187/91‑1 (MQ=255) aGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATga < 1:3037859/91‑1 (MQ=255) aGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATga < 1:2928391/91‑1 (MQ=255) aGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATga < 1:3917153/91‑1 (MQ=255) gAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATgag > 1:1312858/1‑91 (MQ=255) aaTGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATgaga < 1:3078709/91‑1 (MQ=255) aTGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGat < 1:699/91‑1 (MQ=255) aTGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGat < 1:3642194/91‑1 (MQ=255) tGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGata > 1:54145/1‑91 (MQ=255) gACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGatat < 1:2996340/91‑1 (MQ=255) aCAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATAtt > 2:1252361/1‑91 (MQ=255) gAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATaa > 1:3821163/1‑91 (MQ=255) aaCAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAAc < 2:1765738/91‑1 (MQ=255) aaCAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAAc > 2:2833311/1‑91 (MQ=255) aaCAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAAc < 2:1091015/91‑1 (MQ=255) aCAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACt > 1:342033/1‑91 (MQ=255) aCAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACt > 1:981437/1‑91 (MQ=255) cAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTa > 1:1415957/1‑91 (MQ=255) aattaattACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTAc > 2:2361731/1‑91 (MQ=255) aattaattACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTAc > 2:884749/1‑91 (MQ=255) aattaattACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTAc < 1:1954049/91‑1 (MQ=255) aattaattACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTAc > 1:2094093/1‑91 (MQ=255) gaacgcattgaacaagcatttctaaaactacaacaatatagcgcataaaaaAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATACTCATAACTACgg > 1:3029084‑M1/52‑91 (MQ=255) aattaCAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCt < 2:3596266/91‑1 (MQ=255) aattaCAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCt > 1:2598332/1‑91 (MQ=255) aattaCAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCt > 2:2914221/1‑91 (MQ=255) attaCAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTa < 2:1339917/91‑1 (MQ=255) attaCAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTa < 2:1510713/91‑1 (MQ=255) ttaCAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAg > 1:3539962/1‑91 (MQ=255) ttaCAGTTATGCGTGGTACAGTTGCGATTAAGCCTTTAAAGTGAAAGAGCTGGTGGCTGAACTGTTATGAGATATTCATAAATACGGCTAg < 2:2560418/91‑1 (MQ=255) taCAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGc < 1:841657/91‑1 (MQ=255) taCAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGc > 2:3381816/1‑91 (MQ=255) cattgaacaagcatttctaaaactacaacaatatagcgcataaaaaAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGc > 2:2549676‑M1/47‑91 (MQ=255) aGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGt < 2:2590278/91‑1 (MQ=255) aacaagcatttctaaaactacaacaatatagcgcataaaagAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGttt > 1:3263553‑M1/42‑91 (MQ=255) tATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTt < 2:351951‑M2/91‑2 (MQ=255) aTGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTtt > 1:1082623‑M2/1‑89 (MQ=255) tGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTttt > 2:867171‑M2/1‑88 (MQ=255) gTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTttttat < 2:783138‑M2/91‑7 (MQ=255) gTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCtata > 2:1135481/1‑91 (MQ=255) ttGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTatat > 2:2200459/1‑91 (MQ=255) tGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATAtt > 1:569883/1‑91 (MQ=255) tGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATAtt > 1:2731307/1‑91 (MQ=255) gCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGACATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTCATGCGCTATAttg > 1:3957828/1‑91 (MQ=255) cTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATAttgt > 1:3594883/1‑91 (MQ=255) tATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATAttgtt < 1:1241357/91‑1 (MQ=255) tATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATAttgtt < 2:2371248/91‑1 (MQ=255) 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taaaaGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGc < 2:3732957/91‑1 (MQ=255) aaaGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATACCCACGGCTAGCAGTTTttttcctttaaaggtctaatagcaaccgtaccacgca < 2:1375074‑M2/91‑38 (MQ=255) aaaGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCtt < 2:323641/91‑1 (MQ=255) aaaGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCtt > 2:1086365/1‑91 (MQ=255) aaGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTg < 2:1437941/91‑1 (MQ=255) AACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTc > 1:3756013‑M1/1‑91 (MQ=255) | ATGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTC > USA300TCH1516_ALE/940734‑940913 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |