| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 940823 = | 193 (0.950) | 11 (0.060) | 8/140 | NT | 6.4% | intergenic (+4/+52) | USA300HOU_RS04680/ptlE | Putative esterase/Neopentalenolactone D synthase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 940872 = | 153 (0.860) | intergenic (+53/+3) | USA300HOU_RS04680/ptlE | Putative esterase/Neopentalenolactone D synthase | |||||
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
TATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCGGCAGCTTTACGGCCACCCATAACATTTCTACCAAATGGT > USA300TCH1516_ALE/940783‑940962 | aTGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTtt > 1:1083119‑M2/1‑89 (MQ=255) tGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAGCTAAAAGAACTGCTAGCTGAATTGTTATGCGATGTGCATAGCTACGGCGAGCAGTTTttt > 2:867219‑M2/1‑88 (MQ=255) gCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTtttt < 2:3723924‑M2/91‑5 (MQ=255) gCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTCCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTtttt < 2:2401499‑M2/91‑5 (MQ=255) cGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTGATAACTACGGCTAGCAGTTTtttta < 1:3680127‑M2/91‑6 (MQ=255) cGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTtttta > 1:2729337‑M2/1‑86 (MQ=255) gTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTttttat < 2:783138‑M2/91‑7 (MQ=255) tttACATTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATgc < 1:1475833/89‑1 (MQ=255) ggTACAGTGGCTATTAAACCGTTAAAAGAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATgt < 2:328707/91‑2 (MQ=255) gTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTCCGGCTAGCAGTTTTTTTGTgcg > 1:107874/1‑91 (MQ=255) gTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATgcg < 1:178079/91‑1 (MQ=255) cAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCta > 1:2655174/1‑91 (MQ=255) gTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCtata > 2:1800218/1‑91 (MQ=255) ttGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTatat > 1:2595360/1‑91 (MQ=255) tacTAGTAAACCTGTAAAATGAAAGAAATGCTAGCTGAGATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATAtt < 2:131358/89‑1 (MQ=255) tGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATAtt > 2:862927/1‑91 (MQ=255) cTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATAttgt > 1:3594883/1‑91 (MQ=255) cTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATAttgt > 1:744628/1‑91 (MQ=255) tATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATAttgtt < 2:2371248/91‑1 (MQ=255) aTTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATAttgttg < 1:2009258/91‑1 (MQ=255) ttAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATtgttgt > 2:101993/1‑91 (MQ=255) ttAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATtgttgt > 1:571181/1‑91 (MQ=255) aCCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGtt < 1:2987404/91‑1 (MQ=255) ccTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGttt > 1:2430513/1‑91 (MQ=255) cTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGtttt > 2:3098901/1‑91 (MQ=255) tttAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTa > 1:2649359/1‑91 (MQ=255) tttAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTa < 2:3213121/91‑1 (MQ=255) ttAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAg < 2:2178657/91‑1 (MQ=255) aaaataaaaGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGaa < 2:964572/91‑1 (MQ=255) aaaataaaaGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGaa < 1:2379553/91‑1 (MQ=255) aaataaaaGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGaaa > 2:2267335/1‑91 (MQ=255) aaataaaaGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGaaa > 1:3855715/1‑91 (MQ=255) aaataaaaGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGaaa < 2:2051931/91‑1 (MQ=255) ataaaaGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATg > 2:1136473/1‑91 (MQ=255) aaaaGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCt > 1:548172/1‑91 (MQ=255) aaaaGAACTGCTAGCTGAAATGCTATGAGATATTCATCACTCCGCCTAGCAGTGTTTTTATCGGCTGCATTGTTATACTTTTATATATGCt > 2:2579993/1‑91 (MQ=255) aaaGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCtt < 2:323641/91‑1 (MQ=255) aaaactgctagccgtagttatgaatatctcataacatttcagctagtagttCTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGt > 1:3139248‑M2/52‑91 (MQ=255) aaCTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTttttattttaaaggtttaatagcaactgtaccacgcataac < 1:3767018‑M2/91‑42 (MQ=255) AACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTc < 1:1159323‑M1/91‑1 (MQ=255) actgctagccgtagttatgaatatctcataacatttccgctagcagtcCTTTTATGCGCACTATCGTTGTCGATTTAGAACTGCTTGTTCa > 2:3621220‑M2/49‑91 (MQ=255) actgctagccgtagttatgaatatctcataacatttcagctagcagttTCTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCa > 2:1698340‑M2/49‑91 (MQ=255) cTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTCttttattttaaaggtttaatagcaactgtaccacgcataactg < 1:1324667‑M2/91‑44 (MQ=255) CTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCaa > 2:2570876‑M1/1‑91 (MQ=255) ctagccgtagttatgaatatctcataacatttcagctagcagttTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGc > 1:3527246‑M2/45‑91 (MQ=255) cTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTttttattttaaaggtttaatagcaactgtaccacgcataactgtaa < 1:886685‑M2/91‑47 (MQ=255) CTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGc < 1:3493972‑M1/91‑1 (MQ=255) TAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCg > 2:29252‑M1/1‑91 (MQ=255) AGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCATGTTCAATGCGt > 1:3051583‑M1/1‑91 (MQ=255) GCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGtt < 2:366978‑M1/91‑1 (MQ=255) GCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGtt < 1:676107‑M1/91‑1 (MQ=255) ccgtagttatgagtatctcataacatttcagctagcagttTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTc > 1:3029084‑M2/41‑91 (MQ=255) CTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTc > 1:446077‑M1/1‑91 (MQ=255) CTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTc < 2:594250‑M1/91‑1 (MQ=255) CTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTc > 1:3252887‑M1/1‑91 (MQ=255) tGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCg < 1:3634604/91‑1 (MQ=255) gtagttatgaatatctcataacatttcagctagcagttCTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCgg > 2:2841966‑M2/39‑91 (MQ=255) gAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCgg > 2:544185/1‑91 (MQ=255) gAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCgg > 2:2498726/1‑91 (MQ=255) aaaTGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCGGc < 1:3020526/91‑1 (MQ=255) aaaTGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTCTTATGCGCTATATTGTTGAAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCGGc > 1:1823057/1‑91 (MQ=255) aaaTGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTCttttattttaaaggtttaatagcaactgtaccacgcataactgtaattaattg < 1:3338405‑M2/91‑54 (MQ=255) aaTGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCGGCa > 1:1268339/1‑91 (MQ=255) aaTGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCGGCa > 1:2241322/1‑91 (MQ=255) aTGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCGGCAg > 1:2271867/1‑91 (MQ=255) aTGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCGGCAg > 1:1586441/1‑91 (MQ=255) aTGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCGGCAg > 2:2667099/1‑91 (MQ=255) aTGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTCttttattttaaagctttaatagcaactgtaccacgcataactgtaattaattgtt < 2:3466881‑M2/91‑56 (MQ=255) tGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCGGCAGc > 1:3454922/1‑91 (MQ=255) ttATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCGGCAGCtt > 2:3177413/1‑91 (MQ=255) ttATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCGGCAGCtt < 1:335641/91‑1 (MQ=255) ttATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTCATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCGGCAGCtt < 2:3904846/91‑1 (MQ=255) aTGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGACATGCTTGTTCAATGCGATCGGCAGCTTTa > 2:1479434/1‑91 (MQ=255) aTGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCGGCAGCTTTa > 1:3652653/1‑91 (MQ=255) aTGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCGGCAGCTTTa < 2:1555476/91‑1 (MQ=255) aTGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCGGCAGCTTTa > 2:2696701/1‑91 (MQ=255) tCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCGGCAGCTTTACGGCCAccc < 1:918341/91‑1 (MQ=255) cATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCGGCAGCTTTACGGCCACCCa < 2:2127500/91‑1 (MQ=255) 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cagttTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCGGCAGCTTTACGGCCACCCATAACATTTGTACCaa < 1:3072934‑M2/86‑1 (MQ=255) cagttTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCGGCAGCTTTACGGCCACCCATAACATTTCTACCaa < 2:3425324‑M2/86‑1 (MQ=255) ttTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCGGCAGCTTTACGGCCACCCATAACATTTCTACCAAATg < 2:2069095‑M2/89‑1 (MQ=255) tTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCGGCAGCTTTACGGCCACCCATAACATTTCTACCAAATgg > 2:1170747‑M2/2‑91 (MQ=255) tttttATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCGGCAGCATTACGGCCACCCATAACATTTCTACCAAATGGt > 1:3502647/1‑91 (MQ=255) tttttATGCGCTAGATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCGGCAGCTTTACGGCCACCCATAACATTTCTACCAAATGGt < 2:485764/91‑1 (MQ=255) | TATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGTTCAATGCGTTCGGCAGCTTTACGGCCACCCATAACATTTCTACCAAATGGT > USA300TCH1516_ALE/940783‑940962 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |