| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 954365 = | 155 (0.760) | 9 (0.050) | 6/138 | NT | 5.8% | intergenic (+19/+484) | gluD/glpQ_1 | NAD‑specific glutamate dehydrogenase/Glycerophosphodiester phosphodiesterase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 954407 = | 159 (0.910) | intergenic (+61/+442) | gluD/glpQ_1 | NAD‑specific glutamate dehydrogenase/Glycerophosphodiester phosphodiesterase | |||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
ATGAGACTTGCAGCATATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGC > USA300TCH1516_ALE/954275‑954454 | ccaccagcctctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaat < 1:1362979‑M1/1‑1 (MQ=255) tGAGACTTGCAGCATATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTT < 2:3659336‑M1/91‑1 (MQ=255) accagcctctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTa > 1:1549234‑M1/89‑91 (MQ=255) ccagcctctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTaa > 2:2678251‑M1/88‑91 (MQ=255) ccagcctctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTaa < 1:267317‑M1/4‑1 (MQ=255) agaCTTGCAGCATATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAA < 2:2253892‑M1/91‑1 (MQ=255) cagcctctgtgttggggccccgactatttttgagaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAAc > 1:3246107‑M1/87‑91 (MQ=255) agcctctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataacaTTAACg < 1:1956189‑M1/6‑1 (MQ=255) aCTTGCAGCATATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGGTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACG < 1:3139059‑M1/91‑1 (MQ=255) aCTTGCAGCATATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACG < 2:2952514‑M1/91‑1 (MQ=255) aCTTGCAGCATATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACG < 2:3825707‑M1/91‑1 (MQ=255) aCTTGCAGCATATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACG < 2:3125362‑M1/91‑1 (MQ=255) gcctctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGa < 1:2501714‑M1/7‑1 (MQ=255) gcctctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcatgttacacgggcattgttttacagtcaacaactgctaaaataaaaTTAACGa > 2:1495009‑M1/85‑91 (MQ=255) tGCAGCATATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGC > 1:822592‑M1/1‑91 (MQ=255) tctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCt > 2:1345565‑M1/82‑91 (MQ=255) tctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttctccagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAgcg < 2:1905916‑M1/10‑2 (MQ=255) ctgtgttggggccccgactatttttgtaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCtt < 2:1394006‑M1/11‑1 (MQ=255) ctgtgttggggccccgactatttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCtt < 2:1881054‑M1/11‑1 (MQ=255) cagcaTATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTT < 2:2066074‑M1/91‑1 (MQ=255) cagcaTATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTT > 2:743278‑M1/1‑91 (MQ=255) cagcaTATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTT < 1:1714577‑M1/91‑1 (MQ=255) agcaTATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTg > 2:3374806/1‑91 (MQ=255) gcaTATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTgg < 1:491111/91‑1 (MQ=255) atatCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACa > 1:3662844/1‑91 (MQ=255) tCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGaa < 1:448615/91‑1 (MQ=255) tCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGaa < 1:1899375/91‑1 (MQ=255) aTAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGaaaa < 2:1034555/91‑1 (MQ=255) aTAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGaaaa > 2:1677326/1‑91 (MQ=255) tAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTCGGGACAGACAAc > 2:3766923/1‑91 (MQ=255) aGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACa < 1:72241/91‑1 (MQ=255) aTTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGc < 1:2439200/91‑1 (MQ=255) aTTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGc > 2:2615231/1‑91 (MQ=255) ttAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGcc > 2:1658639/1‑91 (MQ=255) tAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTagggctttgttttctgtcc < 2:386505‑M1/91‑20 (MQ=255) cGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTagggctttgttttctgtcccaag < 2:1785249‑M1/91‑24 (MQ=255) gTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGTCCTaagc < 1:1954461‑M2/91‑5 (MQ=255) gTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagc > 1:3470235‑M2/1‑87 (MQ=255) aCAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctc > 1:2371506‑M2/1‑85 (MQ=255) aCAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctc < 1:3057705‑M2/91‑7 (MQ=255) cagcagAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctcg < 1:3849191‑M2/91‑8 (MQ=255) agcagAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctcgt > 1:216804‑M2/1‑83 (MQ=255) gcagAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctcgtt > 2:2595077‑M2/1‑82 (MQ=255) cagAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctcgtta > 2:1329789‑M2/1‑81 (MQ=255) cagAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctcgtta < 2:1137236‑M2/91‑11 (MQ=255) cagAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctcgtta < 2:2752086‑M2/91‑11 (MQ=255) cagAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctcgtta < 1:2101804‑M2/91‑11 (MQ=255) gcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAat > 1:3459628‑M1/49‑91 (MQ=255) aaGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatt < 1:2417993/91‑1 (MQ=255) agcagcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATACGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattt > 2:3686597/1‑91 (MQ=255) gcagcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatttt > 1:56348/1‑91 (MQ=255) gcagcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatttt < 2:3312831/91‑1 (MQ=255) cagcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTTACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatttta > 1:3157788/1‑91 (MQ=255) cagcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatttta < 2:200173/91‑1 (MQ=255) agcTAGATATCGTGATTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattttat > 2:3363436/1‑91 (MQ=255) cTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTGTCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattttattt > 2:1585865/1‑91 (MQ=255) cTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattttattt < 1:1003140/91‑1 (MQ=255) aGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAAttttatttta > 1:632348/1‑91 (MQ=255) gATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAg > 1:3539992/1‑91 (MQ=255) atatCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGc < 1:645502/91‑1 (MQ=255) tatCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCa < 1:3108357/91‑1 (MQ=255) atCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCag < 1:218776/91‑1 (MQ=255) atCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCag < 1:1816035/91‑1 (MQ=255) atCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCag < 1:1510990/91‑1 (MQ=255) cGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCagta > 1:404390/1‑91 (MQ=255) gTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCagtag > 1:1706891/1‑91 (MQ=255) tGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCagtagt > 2:2993013/1‑91 (MQ=255) tGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCagtagt > 1:3586497/1‑91 (MQ=255) ggTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGtt > 1:922124/1‑91 (MQ=255) gTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTg < 1:1146978/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |