| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 954365 = | 155 (0.760) | 9 (0.050) | 6/138 | NT | 5.8% | intergenic (+19/+484) | gluD/glpQ_1 | NAD‑specific glutamate dehydrogenase/Glycerophosphodiester phosphodiesterase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 954407 = | 159 (0.910) | intergenic (+61/+442) | gluD/glpQ_1 | NAD‑specific glutamate dehydrogenase/Glycerophosphodiester phosphodiesterase | |||||
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
GAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGAGGCTGGTGGA > USA300TCH1516_ALE/954317‑954497 | gcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAat > 1:3459714‑M1/49‑91 (MQ=255) aaGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatt < 1:2417993/91‑1 (MQ=255) gtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattt > 1:3642579‑M1/47‑91 (MQ=255) gcagcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatttt < 2:3312831/91‑1 (MQ=255) cagcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatttta < 2:200173/91‑1 (MQ=255) agcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattttat > 1:53905/1‑91 (MQ=255) agcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattttat > 1:2182103/1‑91 (MQ=255) agcTAGATATCGTGATTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattttat > 2:3363436/1‑91 (MQ=255) cTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTGTCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattttattt > 2:1585865/1‑91 (MQ=255) cTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattttattt < 1:1003140/91‑1 (MQ=255) cTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattttattt > 1:614791/1‑91 (MQ=255) aGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAAttttatttta < 2:1415659/91‑1 (MQ=255) gATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAg > 1:3539992/1‑91 (MQ=255) atatCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGc < 1:645487/91‑1 (MQ=255) tatCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCa < 1:3107959/91‑1 (MQ=255) atCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCag < 1:1816035/91‑1 (MQ=255) atCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCag < 1:1510990/91‑1 (MQ=255) cGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCagta < 1:332810/91‑1 (MQ=255) gTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCagtag > 1:1706891/1‑91 (MQ=255) tGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCagtagt > 1:2727696/1‑91 (MQ=255) tGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCagtagt > 2:2993309/1‑91 (MQ=255) tGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCagtagt > 1:3586497/1‑91 (MQ=255) 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gCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGt < 1:193536/91‑1 (MQ=255) gCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGt < 1:182468/91‑1 (MQ=255) cATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTa > 2:3200087/1‑91 (MQ=255) cATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTGGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGCAGTTGACTGTa < 1:3244929/91‑1 (MQ=255) taattaatTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTaaa > 2:449687/1‑91 (MQ=255) taattaatTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTaaa < 1:908089/91‑1 (MQ=255) aattaattATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTaaaa < 1:69777/91‑1 (MQ=255) attaattaTCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAAc < 1:404853/91‑1 (MQ=255) taattaTCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACaa < 1:3292462/91‑1 (MQ=255) taattaTCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACaa < 2:363667/91‑1 (MQ=255) attaTCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATg < 2:422586/91‑1 (MQ=255) taTCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGcc > 1:2095662/1‑91 (MQ=255) aTCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGccc > 1:2616580/1‑91 (MQ=255) cATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCgt > 1:1628319/1‑91 (MQ=255) atGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTa > 1:2833036/1‑91 (MQ=255) atGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTa > 2:2608751/1‑91 (MQ=255) 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GAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCATTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCtttt < 2:3892338‑M1/91‑1 (MQ=255) gcttagggctttgttttctgtcccaagctcgttaaTTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCa > 1:1873865‑M2/36‑91 (MQ=255) GCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCCGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAGCACGCTCTTTTCa < 1:3962390‑M1/91‑1 (MQ=255) TGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCaaaa < 1:2252974‑M1/91‑1 (MQ=255) gggACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCaaaaa > 2:1851459/1‑91 (MQ=255) gggACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCaaaaa < 1:2304344/91‑1 (MQ=255) gggACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCaaaaa < 1:765549/91‑1 (MQ=255) ggACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAAt < 2:591416/91‑1 (MQ=255) 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ttaaTTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGAGGCtgg > 2:2678251‑M2/5‑91 (MQ=255) aTTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGaggctgactt < 2:292827‑M2/90‑5 (MQ=255) aTTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGAGGCtggtgg < 1:1362979‑M2/90‑1 (MQ=255) aTTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGAGGCtggtgg > 2:2231995‑M2/2‑91 (MQ=255) aTTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGCGAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGAGGCtggtgg < 2:3431225‑M2/90‑1 (MQ=255) ttttattttaGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGAGGCTGGTGGa > 1:1752187/1‑91 (MQ=255) | GAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACAGAGGCTGGTGGA > USA300TCH1516_ALE/954317‑954497 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |