| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1034042 = | 130 (0.640) | 19 (0.120) | 10/130 | NT | 14.5% | intergenic (+31/+50) | USA300TCH1516_00960/USA300TCH1516_00961 | hypothetical protein/Lipoate‑‑protein ligase 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1034086 = | 119 (0.720) | intergenic (+75/+6) | USA300TCH1516_00960/USA300TCH1516_00961 | hypothetical protein/Lipoate‑‑protein ligase 1 | |||||
Only 100 of 321 total aligned reads displayed.
GCAGCATTTAATCAATATACGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCAC > USA300TCH1516_ALE/1033952‑1034132 | gcagcaTTTAATCAATATACGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAA > 2:3425925‑M1/1‑91 (MQ=255) tagaagaagcactatcagaatatgatttatatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattaa > 1:1659755‑M1/90‑91 (MQ=255) cagcaTTTAATCAATATACGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAA < 1:1879716‑M1/91‑1 (MQ=255) gaagaagcactatcagaatatgatttatatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattAAAg < 2:871305‑M1/4‑1 (MQ=255) caTTTAATCAATATACGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGG < 1:1276629‑M1/91‑1 (MQ=255) aagaagcactatcagaatatgatttatatcattatttcggtgacataaatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattAAAgg < 2:199753‑M1/5‑1 (MQ=255) atataataaataTACGGCAGAATACAAAAATTTGGACGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGA < 2:1916512‑M1/88‑1 (MQ=255) agaagcactatcagaatatgatttatatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattAAAGGa > 2:1556836‑M1/86‑91 (MQ=255) agaagcactatcagaatatgatttatatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattAAAGGa < 1:3919549‑M1/6‑1 (MQ=255) tttAATCAATATACGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGAC > 1:1054480‑M1/1‑91 (MQ=255) tttAATCAATATACGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGAC > 2:1132384‑M1/1‑91 (MQ=255) tttAATCAATATACGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGAC < 1:31568‑M1/91‑1 (MQ=255) tttAATCAATATACGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGAC < 1:2112158‑M1/91‑1 (MQ=255) gcactatcagaatatgatttatatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattAAAGGACTAt < 2:224742‑M1/10‑1 (MQ=255) gcactatcagaatatgatttatatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattAAAGGACTAt < 2:2232188‑M1/10‑1 (MQ=255) gcactatcagaatatgatttatatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattAAAGGACTAt > 1:3849113‑M1/82‑91 (MQ=255) aaTCAATATACGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTAT > 2:2553650‑M1/1‑91 (MQ=255) aaTCAATATACGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTAT < 1:287975‑M1/91‑1 (MQ=255) cactatcagaatatgatttatatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattAAAGGACTAtt > 2:2043261‑M1/81‑91 (MQ=255) cactatcagaatatgatttatatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattAAAGGACTAtt > 2:1438987‑M1/81‑91 (MQ=255) cactatcagaatatgatttatatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattAAAGGACTAtt < 2:1638011‑M1/11‑1 (MQ=255) tCAATATACGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTC > 2:2877766‑M1/1‑91 (MQ=255) actatcagaatatgatttatatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattAAAGGACTATTc < 1:2571400‑M1/12‑1 (MQ=255) ctatcagaatatgatttatatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattAAAGGACTATTCt > 2:1231551‑M1/79‑91 (MQ=255) cAATATACGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCT > 2:2914620‑M1/1‑91 (MQ=255) tatcagaatatgatttatatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattAAAGGACTATTCtt < 1:719252‑M1/14‑1 (MQ=255) aaTATACGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTT > 1:2729442‑M1/1‑91 (MQ=255) aaTATACGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTT > 2:2565428‑M1/1‑91 (MQ=255) aaTAGACGGCAAAATGATATAATTTGGAGGGAATTGTCGGTGAATGAGTTTGTTTCGATTTCTCTAACGCTATTATAAAAGGACTATTCtt < 2:143213/91‑1 (MQ=255) atcagaatatgatttatatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattAAAGGACTATTCTTa > 2:3161465‑M1/77‑91 (MQ=255) atatACGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTA > 1:3745487‑M1/1‑91 (MQ=255) atatACGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGACTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTA < 2:3305609‑M1/91‑1 (MQ=255) ataCGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAAc > 2:2205247/1‑91 (MQ=255) aCGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAAcct > 2:741819/1‑89 (MQ=255) aCGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACAt < 1:2469298/91‑1 (MQ=255) aCGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACAt > 1:2507017/1‑91 (MQ=255) aCGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACAt < 1:638245/91‑1 (MQ=255) cGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACAtc > 1:1933785/1‑91 (MQ=255) ggCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACAtct < 1:3649368/91‑1 (MQ=255) ggCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGATGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCCTAAAAGGACTATTCTTAACAtct > 2:3878145/1‑91 (MQ=255) gCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATTACATTGATTCGAATTCCATAATGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACAtctc > 1:3332878/1‑91 (MQ=255) cAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCa < 1:2286074/91‑1 (MQ=255) cAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCa < 2:3059183/91‑1 (MQ=255) aGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCAt < 1:325732/91‑1 (MQ=255) aaTACAAAAATATGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGAGTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATAc < 2:593550/91‑1 (MQ=255) aTACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACa < 1:2323531/91‑1 (MQ=255) aTACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACa > 2:1309985/1‑91 (MQ=255) tACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGACTTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACAt < 2:3547352/91‑1 (MQ=255) cAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAcatgtatgagatgtt < 1:1385432‑M1/91‑16 (MQ=255) cAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGt < 1:2125808‑M2/91‑2 (MQ=255) cAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGt > 1:3236684‑M2/1‑90 (MQ=255) cAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGt < 1:1398215‑M2/91‑2 (MQ=255) agatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgataAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGt > 2:3613399‑M1/62‑91 (MQ=255) tatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑a > 1:1766871‑M1/61‑91 (MQ=255) tatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑a > 2:2439879‑M1/61‑91 (MQ=255) tatcattatttcggtgacatagatagacatgaattaattagattaatgtcataaacgattAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑a > 2:2711323‑M1/61‑91 (MQ=255) aaaagTTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAcatgtatgagatgtta < 2:2653179‑M1/91‑17 (MQ=255) aaaaaTTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGta > 2:2602131‑M2/1‑89 (MQ=255) aaaaaTTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGta > 2:3132358‑M2/1‑89 (MQ=255) aaaTTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAcatgtatgagatgttaag < 1:3347951‑M1/91‑19 (MQ=255) aaaTTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAcatgtatgagatgttaag < 1:2191642‑M1/91‑19 (MQ=255) aaTTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaaga < 1:1718609‑M2/91‑6 (MQ=255) ttGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAcatgtatgagatgttaagaata < 1:989274‑M1/91‑23 (MQ=255) ttGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaagaata > 1:1230954‑M2/1‑83 (MQ=255) tGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaagaatag > 1:1621183‑M2/1‑82 (MQ=255) tGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaagaatag > 1:1434421‑M2/1‑82 (MQ=255) tGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaagaatag > 1:808062‑M2/1‑82 (MQ=255) ggAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaagaatagt < 2:812555‑M2/91‑11 (MQ=255) aGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaagaatagtcc < 2:1858561‑M2/91‑13 (MQ=255) ggCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaagaatagtcct < 2:2309045‑M2/91‑14 (MQ=255) ggCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaagaatagtcct < 1:2070893‑M2/91‑14 (MQ=255) gCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGtaagaatagtcctt > 2:523162‑M2/1‑77 (MQ=255) tcGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGt < 2:1680745/91‑1 (MQ=255) gTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGCCCTTTAATCGTTTa > 2:1759732/1‑91 (MQ=255) tGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTAt < 1:912803/91‑1 (MQ=255) tGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTAt > 1:407239/1‑91 (MQ=255) tGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATAGTTTAt < 1:3075586/91‑1 (MQ=255) gAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATg > 1:1373710/1‑91 (MQ=255) aaTAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGa < 2:1466017/91‑1 (MQ=255) aaCATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACAt < 1:1023137/91‑1 (MQ=255) aaCATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACAt < 2:2818083/91‑1 (MQ=255) aCATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACAtt > 1:1093628/1‑91 (MQ=255) tGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATc < 1:3588691/91‑1 (MQ=255) ttCGGATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCATAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCtaa < 2:1367149/91‑1 (MQ=255) cGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCtaatt < 1:3637309/91‑1 (MQ=255) ttCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTaattaatt < 1:1466201/91‑1 (MQ=255) ttCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTaattaatt < 1:2062343/91‑1 (MQ=255) ccATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCa > 2:543392/1‑91 (MQ=255) cATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCAt < 2:2176287/91‑1 (MQ=255) atgtcataaacgattAAAGGACTATTCTTA‑CATGTATGAGATGTTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCAt < 2:3493639‑M1/76‑1 (MQ=255) aTAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATg < 2:725840/91‑1 (MQ=255) aCGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGtct > 2:374559/1‑91 (MQ=255) aCGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGtct > 1:2780496/1‑91 (MQ=255) aaTCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGtctatct < 1:3803082/91‑1 (MQ=255) aaTCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGtctatct > 1:3427428/1‑91 (MQ=255) aaaaGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCa > 2:3191468/1‑91 (MQ=255) AAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCAc > 1:262529‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCAc > 2:425106‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCAc < 1:2905758‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCAc < 1:2951994‑M1/91‑1 (MQ=255) | GCAGCATTTAATCAATATACGGCAGAATACAAAAATTTGGAGGCATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGT‑AAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCAC > USA300TCH1516_ALE/1033952‑1034132 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |