BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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ATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCATATTCTGATAGTGCTTCTTCTA  >  USA300TCH1516_ALE/1033996‑1034174

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                                                                           taagaatagtcctttAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCATATTCTGAt               >  2:2916658‑M2/16‑91 (MQ=255)

                                                                            aagaatagtcctttAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCATATTCTGATa              >  1:1383528‑M2/15‑91 (MQ=255)

                                                                            aagaatagtcctttAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCATATTCTGATa              <  2:203243‑M2/77‑1 (MQ=255)

                                                                            aagaatagtcctttAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCATATTCTGATa              <  1:719252‑M2/77‑1 (MQ=255)

                                                                              gaatagtcctttAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCATATTCTGATAGt            <  2:3178087‑M2/79‑1 (MQ=255)

                                                                              gaatagtcctttAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCATATTCTGATAGt            >  1:3337767‑M2/13‑91 (MQ=255)

                                                                               aatagtcctttAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCATATTCTGATAGTg           <  2:1638011‑M2/80‑1 (MQ=255)

                                                                                atagtcctttAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCATATTCTGATAGTGc          <  2:224742‑M2/81‑1 (MQ=255)

                                                                                atagtcctttAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCATATTCTGATAGTGc          >  1:3849113‑M2/11‑91 (MQ=255)

                                                                                atagtcctttAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCATATTCTGATAGTGc          <  2:2232188‑M2/81‑1 (MQ=255)

                                                                                 tagtcctttAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCATATTCTGATAGTGct         >  1:3184633‑M2/10‑91 (MQ=255)

                                                                                  agtcctttAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCATATTCTGATAGTGctt        >  1:177462‑M2/9‑91 (MQ=255)

                                                                                    tcctttAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCATATTCTGATAGTGcttct      >  1:3730769‑M2/7‑91 (MQ=255)

                                                                                    tcctttAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCATATTCTGATAGTGcttct      >  2:1556836‑M2/7‑91 (MQ=255)

                                                                                    tcctttAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCATATTCTGATAGTGcttct      >  2:221604‑M2/7‑91 (MQ=255)

                                                                                       tttAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCATATTCTGATAGTGCTtcttct   >  2:867642‑M2/4‑91 (MQ=255)

ATTTCTCGGTGAATAACATTGATTCGAATTCCATAACGCAATCATAAAAGGACTATTCTTAACATCTCATACATGTAAGAATAGTCCTTTAATCGTTTATGACATTAATCTAATTAATTCATGTCTATCTATGTCACCGAAATAATGATATAAATCATATTCTGATAGTGCTTCTTCTA  >  USA300TCH1516_ALE/1033996‑1034174

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.