| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1084754 = | 153 (0.750) | 13 (0.070) | 6/140 | NT | 8.1% | intergenic (+126/+139) | purD/ykoC_1 | Phosphoribosylamine‑‑glycine ligase/Putative HMP/thiamine permease protein YkoC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1084817 = | 161 (0.900) | intergenic (+189/+76) | purD/ykoC_1 | Phosphoribosylamine‑‑glycine ligase/Putative HMP/thiamine permease protein YkoC | |||||
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
TCTATAACGATAGATTTTTTCATAGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTT > USA300TCH1516_ALE/1084664‑1084844 | gtcgtgtaggttaaattttatccataattgtatagatactaaattagaaattcattgtatagaaaaagaaaaccatttattccatactaaa < 1:1020105‑M1/1‑1 (MQ=255) tcgtgtaggttaaattttatccataattgtatagatactaaattagaaattcattgtatagaaaaagaaaaccatttattccatactaaAc < 1:1867116‑M1/2‑1 (MQ=255) tcgtgtaggttaaattttatccataattgtatagatactaaattagaaattcattgtatagaaaaagaaaaccatttattccatactaaAc < 2:2431078‑M1/2‑1 (MQ=255) tataACGATAGATTTTTTCATAGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACA < 2:2828866‑M1/91‑1 (MQ=255) tataACGATAGATTTTTTCATAGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACA < 2:624369‑M1/91‑1 (MQ=255) gtgttggttaaattttatccataattgtatagatactaaattagaaattcattgtatagaaaaagaaaaccatttattccatactaaACaa > 1:3287822‑M1/88‑91 (MQ=255) ataACGATAGATTTTTTTTTAGCTTTTTTAGTTGTAGAGCCTAGGACATTGCTTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAA > 2:1285101‑M1/1‑91 (MQ=255) ataACGATAGATTTTTTCATAGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAA > 1:1605051‑M1/1‑91 (MQ=255) tgtaggttaaattttatccataattgtatagatactaaattagaaattcattgtatagaaaaagaaaaccatttattccatactaaACaaa < 1:411410‑M1/5‑1 (MQ=255) taACGATAGATTTTTTCATATTTTTTTTAGTTGTTGAGTCTTTGACTTTGCTTTCTGTACCTTCTTTGTGCTTCTGCATATGTAATACata > 2:1404413/1‑89 (MQ=255) taggttaaattttatccataattgtatagatactaaattagaaattcattgtatagaaaaagaaaaccatttattccatactaaACAAAag > 1:2200272‑M1/85‑91 (MQ=255) taggttaaattttatccataattgtatagatactaaattagaaattcattgtatagaaaaagaaaaccatttattccatactaaACAAAag < 2:2190034‑M1/7‑1 (MQ=255) aCGATAGATTTTTTCATAGC‑TTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGA > 1:3857500‑M1/1‑91 (MQ=255) gttaaattttatccataattgtatagatcctaaattagaaattcattgtatagaaaaagaaaaccatttattccatactaaACAAAAGAgg < 1:582570‑M1/10‑1 (MQ=255) gttaaattttatccataattgtatagatactaaattagaaattcattgtatagaaaaagaaaaccatttattccatactaaACAAAAGAgg < 1:1881868‑M1/10‑1 (MQ=255) aTAGATTTTTTCATAGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGG < 2:1446906‑M1/91‑1 (MQ=255) ttttttCATAGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCca < 1:2897530/91‑1 (MQ=255) tttttCATAGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCcac < 1:233/91‑1 (MQ=255) tttttCATAGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCcac > 2:1657064/1‑91 (MQ=255) ttttCATAGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGGAATACAAAAGAGGCGCcaca < 2:762855/91‑1 (MQ=255) tttCATAGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCacaa < 1:1236346/91‑1 (MQ=255) tttCATAGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCacaa < 2:2742684/91‑1 (MQ=255) ttCATAGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCacaac > 2:1804073/1‑91 (MQ=255) ttCATAGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCacaaa < 1:1485472/91‑2 (MQ=255) tCATAGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCacaaca < 1:569218/91‑1 (MQ=255) tCATAGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATGGATTTCTGTACCAAAGTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCacaaca < 2:511927/91‑1 (MQ=255) tAGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGt < 2:79062/91‑1 (MQ=255) aGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGtt < 2:3807301/91‑1 (MQ=255) aGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGtt > 1:295649/1‑91 (MQ=255) gCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGttt > 1:3932777/1‑91 (MQ=255) ttttttAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTgg < 1:2555067/91‑1 (MQ=255) ttttttAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTgg < 1:2555593/91‑1 (MQ=255) tttttAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGa < 2:3146376/91‑1 (MQ=255) tttttAGTTGTAGAGTCTAGGACATGGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGGGGCGCCACAACATGTTTGGa < 1:1592369/91‑1 (MQ=255) ttttAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGAt < 2:2083567/91‑1 (MQ=255) ttttAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGAt < 2:3957084/91‑1 (MQ=255) tttAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATg > 2:238094/1‑91 (MQ=255) ttAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGa < 2:3581648/91‑1 (MQ=255) ttAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGa < 1:164369/91‑1 (MQ=255) tAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGgaagaa < 2:601396/91‑1 (MQ=255) tAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGaa > 1:1976711/1‑91 (MQ=255) ttGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACaa < 1:3195238/91‑1 (MQ=255) ttGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACaa > 1:1547860/1‑91 (MQ=255) tGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACaaa < 1:3677977/91‑1 (MQ=255) tGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACaaa > 2:1928240/1‑91 (MQ=255) tGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACaaa > 2:256149/1‑91 (MQ=255) gTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTCGATGAACaaaa > 1:3576903/1‑91 (MQ=255) agTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGcgccacaaacatgttattttgttcatccaaa < 2:1249810‑M1/91‑32 (MQ=255) gTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACa > 1:2643006/1‑91 (MQ=255) tCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACAt > 2:2510225/1‑91 (MQ=255) ttagaaattcattgtatagaaaaagaaaaccatttattccatactaaACAAAAGAGGTGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATg > 1:1700883‑M1/48‑91 (MQ=255) ttagaaattcattgtatagaaaaagaaaaccatttattccatactaaACAAAAGAGGTGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATg > 1:2011234‑M1/48‑91 (MQ=255) cTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATg < 2:3381987/91‑1 (MQ=255) tagaaattcattgtatagaaaaagaaaaccatttattccatactatACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGt > 1:2907505‑M1/47‑91 (MQ=255) agaaattcattgtatagaaaaagaaaaccatttattccatactaaACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGtt > 1:1670740‑M1/46‑91 (MQ=255) agaaattcattgtatagaaaaagaaaaccatttattccatactaaACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGtt > 2:2816592‑M1/46‑91 (MQ=255) ggACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGttt > 2:2531030/1‑91 (MQ=255) ggACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGttt > 1:1065342/1‑91 (MQ=255) ggACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGttt > 2:1509773/1‑91 (MQ=255) aCATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACCTGTTtgt > 2:3501219/1‑91 (MQ=255) cATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTtgtg < 2:3057346/91‑1 (MQ=255) cATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTtgtg < 2:2171944/91‑1 (MQ=255) cATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTtgtg > 2:3661095/1‑91 (MQ=255) cATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTtgtg < 1:3659606/91‑1 (MQ=255) ttGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGc < 1:678791/91‑1 (MQ=255) gATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAc > 1:2456007‑M2/1‑90 (MQ=255) aTTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAcc > 1:1379453‑M2/1‑89 (MQ=255) tttCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAcct < 2:1352212‑M2/91‑4 (MQ=255) tttCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAcct > 2:3899328‑M2/1‑88 (MQ=255) cTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAcctctt > 2:1597675‑M2/1‑85 (MQ=255) 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tAATACAAAGGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttct < 2:2288883/91‑1 (MQ=255) tAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttct < 1:3244467/91‑1 (MQ=255) aaTACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGtgttctt > 1:3827970/1‑91 (MQ=255) aTACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttcttt > 2:1090686/1‑91 (MQ=255) aTACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttcttt > 1:1302472/1‑91 (MQ=255) aACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttctttt > 1:3010870‑M1/2‑91 (MQ=255) | TCTATAACGATAGATTTTTTCATAGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTT > USA300TCH1516_ALE/1084664‑1084844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |