New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1084754 = | 153 (0.750) | 13 (0.070) | 6/140 | NT | 8.1% | intergenic (+126/+139) | purD/ykoC_1 | Phosphoribosylamine‑‑glycine ligase/Putative HMP/thiamine permease protein YkoC |
? | USA300TCH1516_ALE | 1084817 = | 161 (0.900) | intergenic (+189/+76) | purD/ykoC_1 | Phosphoribosylamine‑‑glycine ligase/Putative HMP/thiamine permease protein YkoC |
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
CCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGACC > USA300TCH1516_ALE/1084727‑1084907 | cAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGttt > 1:2586280/1‑91 (MQ=255) aTTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGt > 1:2231127/1‑91 (MQ=255) tttGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTa > 1:773101/1‑91 (MQ=255) tatgATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATg > 2:371207/3‑91 (MQ=255) tatgATTACGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATg > 2:2757073/3‑91 (MQ=255) tgATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGa < 1:2199064/91‑1 (MQ=255) gATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTCTGGaa > 2:1302857/1‑91 (MQ=255) aTTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAAt > 2:287351/1‑91 (MQ=255) aTTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAAt > 2:2522597/1‑91 (MQ=255) tATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATaa < 2:2116204/91‑1 (MQ=255) tGCATATGTAATACAAAAGGGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAAt < 2:2399829/91‑1 (MQ=255) gCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATg < 1:556065/91‑1 (MQ=255) gCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATg < 1:499505/91‑1 (MQ=255) cATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATgg < 2:1195525/91‑1 (MQ=255) atatGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGt < 1:797492/91‑1 (MQ=255) atatGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGt < 2:1083682/91‑1 (MQ=255) tGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGtttt > 2:411410/1‑91 (MQ=255) gTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttc < 2:2985942/91‑1 (MQ=255) tAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttct > 2:621348/1‑91 (MQ=255) tAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttct < 1:3244467/91‑1 (MQ=255) tAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttct < 1:2729832/91‑1 (MQ=255) tAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTCGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttct < 1:3333343/91‑1 (MQ=255) aaTACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGtgttctt > 1:3827970/1‑91 (MQ=255) aACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttctttt > 1:3010870‑M1/2‑91 (MQ=255) acaaaagaggtgccacaaacatgttattttgttcatccaaacatgttgtggcgcctcttttgtTTAGTATGGAATAAATGGttttcttttt > 2:2020727‑M2/64‑91 (MQ=255) CAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttctttttc > 1:866844‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttctttttct < 1:2684544‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttctttttct > 2:1891493‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCta < 1:2260678‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCtat > 2:2563447‑M1/1‑91 (MQ=255) AGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCtata < 1:2409276‑M1/91‑1 (MQ=255) GGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACaa > 2:3547666‑M1/1‑91 (MQ=255) GGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACaa < 1:538552‑M1/91‑1 (MQ=255) GCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAAt < 1:802558‑M1/91‑1 (MQ=255) GCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAAt < 2:3049766‑M1/91‑1 (MQ=255) cgcCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATg < 1:1091352/91‑1 (MQ=255) gcCACATCATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGa > 1:3076919/1‑91 (MQ=255) gcCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGa > 2:2837852/1‑91 (MQ=255) ccACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTGTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGaa < 2:2648283/91‑1 (MQ=255) cacaACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAAt > 2:1614874/1‑91 (MQ=255) cacaACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAAt > 2:2044621/1‑91 (MQ=255) caacaTGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAAttt < 2:1785143/91‑1 (MQ=255) acaTGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCt < 2:2803713/91‑1 (MQ=255) acaTGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTCAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTACACAATGAATTTCt > 1:3962992/1‑91 (MQ=255) caTGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGACTTTCTa > 2:154797/1‑91 (MQ=255) caTGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTa < 1:3525726/91‑1 (MQ=255) caTGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTa < 2:168486/91‑1 (MQ=255) caTGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTa < 1:1238376/91‑1 (MQ=255) caTGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTa < 1:1648252/91‑1 (MQ=255) caTGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTa > 2:3138338/1‑91 (MQ=255) acatgttattttgttcatccaaacatgttgtggcgcctcttttgtTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTa > 1:3136907‑M2/46‑91 (MQ=255) acatgttattttgttcatccaaacatgttgtggcgcctcttttgtATAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTa > 1:2907505‑M2/46‑91 (MQ=255) catgttattttgttcatccaaacatgttgtggcacctcttttgtTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTaa > 1:2011234‑M2/45‑91 (MQ=255) catgttattttgttcatccaaacatgttgtggcacctcttttgtTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTaa > 1:1700782‑M2/45‑91 (MQ=255) aTGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTaa < 1:3016338/91‑1 (MQ=255) gTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAAtt > 2:3488672/1‑91 (MQ=255) tttGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAAttt < 2:317590/91‑1 (MQ=255) ttGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTa < 2:3623005/91‑1 (MQ=255) ttGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTa < 2:1973337/91‑1 (MQ=255) aTGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTAt < 1:2063425/91‑1 (MQ=255) tGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTGTTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATc > 2:3376425/1‑91 (MQ=255) tGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATc > 1:3396952/1‑91 (MQ=255) tGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATc > 2:630320/1‑91 (MQ=255) aaCAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCta < 2:1407946/91‑1 (MQ=255) aaCAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCta < 1:299498/91‑1 (MQ=255) aaCAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCta < 2:2176319/91‑1 (MQ=255) aaCAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCta > 1:2509134/1‑91 (MQ=255) aaCAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCta < 1:2317439/91‑1 (MQ=255) aCAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCtat < 1:3740202/91‑1 (MQ=255) aCAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCtat > 1:1747379/1‑91 (MQ=255) aCAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCtat > 1:1670792/1‑91 (MQ=255) aCAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCtat > 2:483918/1‑91 (MQ=255) cAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCtata > 1:580051/1‑91 (MQ=255) aaaTAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACa > 2:3412511/1‑91 (MQ=255) aaaTAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACa < 1:1499353/91‑1 (MQ=255) tAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAAtt > 1:921944/1‑91 (MQ=255) aaCATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTa > 1:1038825/1‑91 (MQ=255) aCATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAAttct > 2:812331/1‑89 (MQ=255) aCATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTAt > 2:1055176/1‑91 (MQ=255) aTGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATgg < 2:2298324/91‑1 (MQ=255) tgtttgttGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGa < 1:1582435/91‑1 (MQ=255) tttGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATa > 2:422787/1‑91 (MQ=255) ttGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATaa < 1:1704988/91‑1 (MQ=255) tgtgGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATaaa > 1:1340693/1‑91 (MQ=255) gtgGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATaaaa < 1:3268583/91‑1 (MQ=255) gtgGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATaaaa > 1:2860707/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |