| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1131052 | 155 (0.760) | 13 (0.080) | 5/126 | NT | 8.7% | intergenic (+16/+47) | USA300HOU_RS05590/glpQ1 | hypothetical protein/putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1131083 | 151 (0.940) | intergenic (+47/+16) | USA300HOU_RS05590/glpQ1 | hypothetical protein/putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 1 | |||||
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
GAAACAGGTAATCCATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTG > USA300TCH1516_ALE/1130962‑1131142 | gAAACAGGTAATCCATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGA > 2:2042893‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaCAGGTAATCCATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGCGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGaa > 1:3956592/1‑91 (MQ=255) aCAGGTAATCCATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGTGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGaaaa > 1:2703695/1‑91 (MQ=255) aGGTAATCCATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAg < 1:989459/91‑1 (MQ=255) aGGTAATCCATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAg < 1:1542624/91‑1 (MQ=255) aGGTAATCCATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAg > 1:3871246/1‑91 (MQ=255) gTAATCCATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAggt < 2:393649/91‑1 (MQ=255) gTAATCCATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAggt > 1:3405082/1‑91 (MQ=255) tAATCCATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAggtg < 1:3846525/91‑1 (MQ=255) aTCCATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAggtggt < 1:1691249/91‑1 (MQ=255) aTCCATTCTTTCAAACATCACATAGAGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAggtggt < 1:1530828/91‑1 (MQ=255) ccATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTa > 2:3346844/1‑91 (MQ=255) cATTCTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTAt < 2:686628/91‑1 (MQ=255) cTTTCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGaa > 2:3390894/1‑91 (MQ=255) tttCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGaaa > 1:15772/1‑91 (MQ=255) tttCAAACATCACATAGTGGTTGGGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGGAAAAGCTGGTTATTGaaa < 2:3960064/91‑1 (MQ=255) ttCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAAc > 2:3844251/1‑91 (MQ=255) ttCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAAc < 1:2613043/91‑1 (MQ=255) ttCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAAc > 1:1371170/1‑91 (MQ=255) ttCAAACATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAAc < 2:328104/91‑1 (MQ=255) aaaCATCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCac > 2:815032/1‑91 (MQ=255) aTCACATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCactaac > 2:3006344/1‑91 (MQ=255) cacaTAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTACTTGTTCATTATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTGGTTATTGAAACCactaacta < 2:3892964/91‑1 (MQ=255) cacaTAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCacaaacta < 2:315131/91‑1 (MQ=255) caTAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGc < 1:2726521/91‑1 (MQ=255) aTAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCa > 1:210939/1‑91 (MQ=255) aTAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCa > 1:163757/1‑91 (MQ=255) tAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAtgctagttagtggtttcaataaccaccttttt < 1:717677‑M1/91‑33 (MQ=255) tAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAtgctagttagtggtttcaataaccaccttttt < 2:311718‑M1/91‑33 (MQ=255) tAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAtgctagttagtggtttcaataaccaccttttt < 2:2776491‑M1/91‑33 (MQ=255) aGTGGTTGTGCGACGGGCTGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtc > 1:1322868‑M2/1‑89 (MQ=255) aGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAtgctagttagtggtttcaattaccacctttttc < 1:3045873‑M1/91‑34 (MQ=255) aGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtc < 2:1180705‑M2/91‑3 (MQ=255) aGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtc > 1:840828‑M2/1‑89 (MQ=255) aGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtc < 2:266877‑M2/91‑3 (MQ=255) tGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAtgctagttagtggtttcaataaccacctttttctg < 2:264220‑M1/91‑36 (MQ=255) tGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTATTAAATATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctg > 2:3091134‑M2/1‑87 (MQ=255) ggTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctga < 1:486744‑M2/91‑6 (MQ=255) ggTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctga < 2:1419193‑M2/91‑6 (MQ=255) gTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgac > 2:1112153‑M2/1‑85 (MQ=255) gTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgac < 1:2169226‑M2/91‑7 (MQ=255) tgtgCGATGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAtgctagttagtggtttcaataaccacctttttctgactc < 1:3347072‑M1/91‑40 (MQ=255) tgtgCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgactc > 1:2917644‑M2/1‑83 (MQ=255) tgtgCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgactc > 2:1807753‑M2/1‑83 (MQ=255) gtgCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGCGTCAGAAACAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgactcg < 2:3939894‑M2/91‑10 (MQ=255) gtgCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgactcg > 1:3613115‑M2/1‑82 (MQ=255) tgCGGCGGGCGGATTCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGACAGAtgctagttagtggtttcaagaaccacctttttctgactcga < 2:497820‑M1/91‑42 (MQ=255) tgCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgactcga < 1:1039730‑M2/91‑11 (MQ=255) cGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgactcgatgttt < 1:779616‑M2/91‑16 (MQ=255) cGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTACTGAAACCACTAACTAGCAtctgactcgatgttt < 2:1122813‑M2/91‑16 (MQ=255) gggCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgactcgatgtttt < 1:1856061‑M2/91‑17 (MQ=255) gggCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgactcgatgtttt > 2:587655‑M2/1‑75 (MQ=255) cGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTtttat > 1:2478760/1‑91 (MQ=255) cGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTtttat > 1:64293/1‑91 (MQ=255) gATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTtttattt > 1:1271440/1‑91 (MQ=255) gTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCgg < 1:196960/91‑1 (MQ=255) aTTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGAt > 2:1664482/1‑91 (MQ=255) gTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAGCCACTAACTAGCTTCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGAttgt < 1:3155033/91‑1 (MQ=255) tCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGAttgttt > 1:3449733/1‑91 (MQ=255) cATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGAttgtttg > 2:1785883/1‑91 (MQ=255) aTTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGAttgtttgt < 2:3836093/91‑1 (MQ=255) aTTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGAttgtttgt > 1:1679532/1‑91 (MQ=255) aaaaaaCATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGtttgtttgca > 2:1197238/1‑89 (MQ=255) aaaaaaCATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGCTTGaa > 2:2547711/1‑91 (MQ=255) aaaaaCATCGAGTCAGAtgctagttagtggtttcaataaccacctttttctgactcgatgttttttataatgaacaattacaggatccgcc > 1:576704‑M1/1‑17 (MQ=255) aaaaaCATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGTTTGTTTGTTTGAAt > 1:1903777/1‑91 (MQ=255) aaaaaCATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAAt > 1:760808/1‑91 (MQ=255) aaaaCATCGAGTCAGAtgctagttagtggtttcaataaccacctttttctgactcgatgttttttataatgaacaattacaggatccgccc < 2:2845911‑M1/91‑76 (MQ=255) aaaaCATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAAtt > 2:1351458/1‑91 (MQ=255) aaaCATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAAttg > 1:2535837/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |