| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1131052 | 155 (0.760) | 13 (0.080) | 5/126 | NT | 8.7% | intergenic (+16/+47) | USA300HOU_RS05590/glpQ1 | hypothetical protein/putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1131083 | 151 (0.940) | intergenic (+47/+16) | USA300HOU_RS05590/glpQ1 | hypothetical protein/putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 1 | |||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
ATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTT > USA300TCH1516_ALE/1130993‑1131172 | aTAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCa > 1:163757/1‑91 (MQ=255)aTAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCa > 2:1210885/1‑91 (MQ=255) tAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAt > 2:2482460‑M2/1‑90 (MQ=255) tAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAt > 1:1539915‑M2/1‑90 (MQ=255) aGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtc < 2:266877‑M2/91‑3 (MQ=255) aGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtc > 2:1432856‑M2/1‑89 (MQ=255) gTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgac > 2:2839361‑M2/1‑85 (MQ=255) gTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgac > 1:779377‑M2/1‑85 (MQ=255) tgtgCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgactc > 1:3745741‑M2/1‑83 (MQ=255) tgtgCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgactc < 1:3586273‑M2/91‑9 (MQ=255) tgtgCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgaccc < 2:783453‑M2/91‑9 (MQ=255) gtgCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgactcg < 2:3940162‑M2/91‑10 (MQ=255) tgCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgactcga < 1:1039582‑M2/91‑11 (MQ=255) tgCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgactcga > 2:2994232‑M2/1‑81 (MQ=255) tgCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgactcga < 1:680087‑M2/91‑11 (MQ=255) tgCGACGAGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCAAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgactcga > 2:1945305‑M2/1‑81 (MQ=255) cGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgactcgatg > 1:628878‑M2/1‑79 (MQ=255) gACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgactcgatgt > 2:3678424‑M2/1‑78 (MQ=255) cGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgactcgatggga < 1:718127‑M2/91‑16 (MQ=255) gggCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgactcgatgtttt < 1:1856061‑M2/91‑17 (MQ=255) gggCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgactcgatgtttt > 2:587655‑M2/1‑75 (MQ=255) ggCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgactcgatgttttt > 1:576704‑M2/1‑74 (MQ=255) ggATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTtttatt > 2:391270/1‑91 (MQ=255) gATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTtttattt > 1:1271440/1‑91 (MQ=255) tCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTttatttat > 2:494940/1‑91 (MQ=255) ccTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTtatttatt < 1:2288233/91‑1 (MQ=255) gTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCgg < 1:196960/91‑1 (MQ=255) aaTTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGa < 1:1684525/91‑1 (MQ=255) aaTTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGa > 1:2649215/1‑91 (MQ=255) aTTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGAt > 2:1664511/1‑91 (MQ=255) aTTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGCGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGAt < 2:3116460/91‑1 (MQ=255) gTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGAttgt < 2:1164273/91‑1 (MQ=255) tCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGAttgttt > 2:3939718/1‑91 (MQ=255) cATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGAttgtttg > 1:1352784/1‑91 (MQ=255) cATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGAttgtttg < 1:492221/91‑1 (MQ=255) cATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGAttgtttg > 2:1785883/1‑91 (MQ=255) aTTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGAttgtttgt < 2:3836093/91‑1 (MQ=255) aTTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGAttgtttgt < 2:1192709/91‑1 (MQ=255) aTTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGAttgtttgt > 1:1679532/1‑91 (MQ=255) ttATAAAACACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATtgtttgtt < 2:3431432/91‑1 (MQ=255) taAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGa < 1:1924149/91‑1 (MQ=255) aaaaaaCATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGaa > 2:2547753/1‑91 (MQ=255) aaaaaCATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGTTTGTTTGTTTGAAt > 1:1903777/1‑91 (MQ=255) aaaaaCATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAAt > 2:2687865/1‑91 (MQ=255) aaaCATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAAttg > 2:42703/1‑91 (MQ=255) aaCATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAAttgt < 1:2454199/91‑1 (MQ=255) 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cGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGc < 2:2065061/91‑1 (MQ=255) cGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGCATTGTTTGTTTCAATTGTTGTGc > 2:3018965/1‑91 (MQ=255) gAGTCTGAAAAAGGTGGTTATTGAAGCCACTAACTAGCATCTGACTCGATTTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCt < 2:1666509/91‑1 (MQ=255) gAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgactcgatgttttttataatgaacaattacaggatccgcccatcgcaca < 1:3347072‑M2/91‑53 (MQ=255) gAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCt < 2:3536753/91‑1 (MQ=255) cAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTACCTAGCAtctgactcgatgttttttataatgaacaattacaggatccgcccgtcgcacaacca < 2:742435‑M2/91‑57 (MQ=255) cAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCAtctgactcgatgttttttataatgaacaattacaggatccgcccgtcgcacaacca < 2:264221‑M2/91‑57 (MQ=255) cAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGGTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAAt < 2:3050300/91‑1 (MQ=255) 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aaaGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGt > 1:3573277/1‑91 (MQ=255) aGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTCAATCTGGTCg > 2:2141925/1‑91 (MQ=255) aGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCg > 2:689599/1‑91 (MQ=255) gtggtTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGAt > 1:1076931/1‑91 (MQ=255) tggtTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATc > 1:82599/1‑91 (MQ=255) ggtTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCt < 2:2377410/91‑1 (MQ=255) ggtTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCt < 1:3788809/91‑1 (MQ=255) ttATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGt < 2:2110035/91‑1 (MQ=255) 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actaGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCCCAATCGTGTGTGc > 2:3509080/1‑91 (MQ=255) actaGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGc < 1:3930208/91‑1 (MQ=255) actaGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGc > 1:136179/1‑91 (MQ=255) aGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCAcc < 1:1456597/91‑1 (MQ=255) gCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCt > 2:1721622/1‑91 (MQ=255) cATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCtt < 2:707198/91‑1 (MQ=255) | ATAGTGGTTGTGCGACGGGCGGATCCTGTAATTGTTCATTATAAAAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTT > USA300TCH1516_ALE/1130993‑1131172 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |