| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1134027 | 174 (0.850) | 9 (0.050) | 6/132 | NT | 5.7% | intergenic (+21/+41) | coaD/USA300HOU_RS05620 | Phosphopantetheine adenylyltransferase/Nicotinamide‑nucleotide adenylyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1134045 | 154 (0.920) | intergenic (+39/+23) | coaD/USA300HOU_RS05620 | Phosphopantetheine adenylyltransferase/Nicotinamide‑nucleotide adenylyltransferase | |||||
Only 100 of 346 total aligned reads displayed.
TTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGCC > USA300TCH1516_ALE/1133937‑1134117 | atatacaatgcaataagcgggcaacaacaaacagatttcaacacgcctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaAACAGTATTTTAgg > 1:1997226‑M1/78‑91 (MQ=255) tagcGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGt < 2:1433574/88‑1 (MQ=255) tATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGt > 1:362881/1‑91 (MQ=255) tATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGt < 1:218170/91‑1 (MQ=255) aTCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGtt < 1:856463/91‑1 (MQ=255) aTCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGtt < 1:1350474/91‑1 (MQ=255) cGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTa > 1:1265727/1‑91 (MQ=255) gAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTAt > 2:1755748/1‑91 (MQ=255) gCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCa > 1:644081/1‑91 (MQ=255) gCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTAGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCa > 2:3882604/1‑91 (MQ=255) cAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCAt > 2:2846341/1‑91 (MQ=255) gATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATgg < 2:942250/91‑1 (MQ=255) gATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATgg < 2:3163624/91‑1 (MQ=255) atatTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTCATCATGGt > 2:3615998/1‑91 (MQ=255) tatTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGtt < 1:2562062/91‑1 (MQ=255) tttCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTa < 2:1177156/91‑1 (MQ=255) tCTGGATTCGTTCCACCTTATGTTGGAATGGCATTGGAGAAGAAATTTAAGTATTAAAAATAAGAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACa < 2:299971/91‑1 (MQ=255) gAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGattgtaaaccatgataaac < 2:1829193‑M1/91‑20 (MQ=255) gcaacaacaaacagatttcaacacgcctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcc > 2:2537140‑M1/58‑91 (MQ=255) tCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaa > 1:2990752‑M2/1‑86 (MQ=255) tCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaa < 2:1244876‑M2/91‑6 (MQ=255) gTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaa < 2:1831890‑M2/91‑8 (MQ=255) ttCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaat > 1:1922491‑M2/1‑83 (MQ=255) tCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaata < 1:1676054‑M2/91‑10 (MQ=255) tCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaata < 1:1676005‑M2/91‑10 (MQ=255) ccACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaatac > 2:2171097‑M2/1‑81 (MQ=255) aaacagatttcaacacgcctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATAc > 2:3312682‑M1/50‑91 (MQ=255) cACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaatact < 1:3714851‑M2/91‑12 (MQ=255) ccTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaatactgt < 1:1433618‑M2/91‑14 (MQ=255) ccTTATGTAAAAAAGGCATTCGAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaagactgt > 2:3952681‑M2/1‑78 (MQ=255) ctATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGttt < 1:2507641/90‑1 (MQ=255) tATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGattgtaaaccatgataaacctaaaatactgttat < 2:1410444‑M1/91‑35 (MQ=255) aTGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTc < 1:101169/91‑1 (MQ=255) aTGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTc < 2:265245/91‑1 (MQ=255) aTGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAAAAAAAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTc < 2:2288412/91‑1 (MQ=255) tGTCGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCa < 1:3558267/91‑1 (MQ=255) gTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCAt < 1:1786471/91‑1 (MQ=255) aaaGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGtt > 2:3680616/1‑91 (MQ=255) aaGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTa < 2:1070017/91‑1 (MQ=255) aGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTaa < 1:1387828/91‑1 (MQ=255) aGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGCTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTaa > 2:3499075/1‑91 (MQ=255) ggCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAAc < 1:173233/91‑1 (MQ=255) ttGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGata > 2:1774033/1‑91 (MQ=255) tGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGatat > 1:2326341/1‑91 (MQ=255) tGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGatat > 2:1344486/1‑91 (MQ=255) aagaagaaATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTg < 2:2476903/91‑1 (MQ=255) agaagaaATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGc < 1:2882980/91‑1 (MQ=255) gaagaaATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCt > 2:3143918/1‑91 (MQ=255) agaaATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGt > 2:2919666/1‑91 (MQ=255) gaaATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTa > 1:109664/1‑91 (MQ=255) gaaATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTa > 1:1911907/1‑91 (MQ=255) aaTTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATg < 2:965444/91‑1 (MQ=255) aaTTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATg < 1:750589/91‑1 (MQ=255) aaTTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATg < 1:3244284/91‑1 (MQ=255) tttAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGAc > 2:3831522/1‑91 (MQ=255) ttAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACa < 2:3271744/91‑1 (MQ=255) tAAGTGATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAg < 2:3207566/91‑1 (MQ=255) tAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAg > 1:3764249/1‑91 (MQ=255) aGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGc > 1:2631076/1‑91 (MQ=255) aGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGc > 1:958850/1‑91 (MQ=255) gTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCg > 1:1512557/1‑91 (MQ=255) taaAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGtt > 1:5079/1‑91 (MQ=255) taaAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGtt > 2:3766693/1‑91 (MQ=255) aaaaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaatactgttatttttattacttaaatttcttcttcaatgccttttcaac < 1:1815170‑M2/91‑55 (MQ=255) aaaaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGa < 1:1334200/91‑1 (MQ=255) aaaaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGa < 1:1220751/91‑1 (MQ=255) aaaaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGa < 1:1524949/91‑1 (MQ=255) aaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGaaa > 1:3861300/1‑91 (MQ=255) aaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGaaa < 1:3225920/91‑1 (MQ=255) aaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGaaa < 1:3096490/91‑1 (MQ=255) aaCAGTATTTTAGGattgtaaaccatgataaacctaaaatactgttatttttattacttaaatttcttcttcaatgccttttcaacataag > 2:1707979‑M1/1‑14 (MQ=255) aCAGTATTTTAGGattgtaaaccatgataaacctaaaatactgttatttttattacttaaatttcttcttcaatgccttttcaacataagg < 2:930280‑M1/91‑79 (MQ=255) aCAGTATTTTAGGattgtaaaccatgataaacctaaaatactgttatttttattacttaaatttcttcttcaatgccttttcaacataagg > 1:3494123‑M1/1‑13 (MQ=255) aCAGTATTTTAGGattgtaaaccatgataaacctaaaatactgttatttttattacttaaatttcttcttcaatgccttttcaacataagg < 1:910327‑M1/91‑79 (MQ=255) ACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCtg > 1:268697‑M1/1‑91 (MQ=255) cAGTATTTTAGGattgtaaaccatgataaacctaaaatactgttatttttattacttaaatttcttcttcaatgccttttcaacataaggt < 2:269903‑M1/91‑80 (MQ=255) CAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTAATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCtgt < 2:2708366‑M1/91‑1 (MQ=255) AGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCtgtt < 1:1797344‑M1/91‑1 (MQ=255) 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aGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaatactgttatttttattacttaaatttcttcttcaatgccttttcaacataaggtggaacgaat < 2:560487‑M2/91‑71 (MQ=255) aGGTTTATCATGGTTTACAATcctaaaatactgttatttttattacttaaatttcttcttcaatgccttttcaacataaggtggaacgaat < 2:2320866‑M2/91‑71 (MQ=255) ggattgtaaaccatgataaacctaaaatactgttatttttattacttaaatttcttcttcaatgccttttcaacataaggtggaacgaatt > 1:333487‑M1/1‑2 (MQ=255) GGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGc < 1:220431‑M1/91‑1 (MQ=255) GGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGc < 1:3126317‑M1/91‑1 (MQ=255) GGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGc > 2:1538481‑M1/1‑91 (MQ=255) | TTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGCC > USA300TCH1516_ALE/1133937‑1134117 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |