| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1149421 = | 217 (1.070) | 11 (0.060) | 5/138 | NT | 5.7% | intergenic (+7/+164) | pheT_1/rnhC | Phenylalanine‑‑tRNA ligase beta subunit/Ribonuclease HIII |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1149475 = | 179 (1.020) | intergenic (+61/+110) | pheT_1/rnhC | Phenylalanine‑‑tRNA ligase beta subunit/Ribonuclease HIII | |||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
GAAACATTGACAGATGAGCGCGTTTCAAAAGTACAAGCGGAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTATTTTTGGGTTCACCAATTTGGTTCCAATGCATTT > USA300TCH1516_ALE/1149331‑1149510 | tatgcagttgtgcgaagcatcatctgtattccgctgttcctctttgactttttaaatgcattggaaccaaattggtgaacccaaaaataaa > 1:1099632‑M1/90‑91 (MQ=255) aaaCATTGACAGATGAGCGCGTTTCAAAAGTACAAGCGGAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTaa > 1:1051899/1‑91 (MQ=255) aaaCATTGACAGATGAGCGCGTTTCAAAAGTACAAGCGGAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTaa > 2:1974675/1‑91 (MQ=255) aaaCATTGACAGATGAGCGCGTTTCAAAAGTACAAGCGGAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTaa > 1:1566634/1‑91 (MQ=255) atgcagttgtgcgaagcatcatctgtattccgctgttcctctttgactttttaaatgcattggaaccaaattggtgaacccaaaaataaaa < 1:3734601‑M1/3‑1 (MQ=255) aCATTGACAGATGAGCGCGTTTCAAAAGTACAAGCGGAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAAc > 2:3717616/1‑91 (MQ=255) gcagttgtgcgaagcatcatctgtattccgctgttcctctttgactttttaaatgcattggaaccaaattggtgaacccaaaaataAAAcc < 1:2487906‑M1/5‑1 (MQ=255) cagttgtgcgaagcatcatctgtattccgctgttcctctttgactttttaaatgcattggaaccaaattggtgaacccaaaaataAAAccc > 2:96450‑M1/86‑91 (MQ=255) cagttgtgcgaagcatcatctgtattccgctgttcctctttgactttttaaatgcattggaaccaaattggtgaacccaaaaataAAAccc > 1:67035‑M1/86‑91 (MQ=255) aTTGACAGATGAGCGCGTTTCAAAAGTACAAGCGGAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTCGATAATGATTTAAAccc > 2:843004/1‑91 (MQ=255) agttgtgcgaagcatcatctgtattccgctgttcctctttgactttttaaatgcattggaaccaaattggtgaacccaaaaataAAAcccc < 1:535408‑M1/7‑1 (MQ=255) agttgtgcgaagcatcatctgtattccgctgttcctctttgactttttaaatgcattggaaccaaattggtgaacccaaaaataAAAcccc > 1:2133909‑M1/85‑91 (MQ=255) agttgtgcgaagcatcatctgtattccgctgttcctctttgactttttaaatgcattggaaccaaattggtgaacccaaaaataAAAcccc > 2:628401‑M1/85‑91 (MQ=255) agttgtgcgaagcatcatctgtattccgctgttcctctttgactttttaaatgcattggaaccaaattggtgaacccaaaaataAAAcccc > 2:3338207‑M1/85‑91 (MQ=255) tGACAGATGAGCGCGTTTCAAAAGTACAAGCGGAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCa > 2:1128598/1‑91 (MQ=255) gttgtgcgaagcatcatctgtattccgctgttcctctttgactttttaaatgcattggaaccaaattggtgaacccaaaaataAAACCCCa < 2:1360705‑M1/8‑1 (MQ=255) gtgcgaagcatcatctgtattccgctgttcctctttgactttttaaatgcattggaaccaaattggtgaacccaaaaataAAACCCCATGt < 1:3359718‑M1/11‑1 (MQ=255) cAGATGAGCGCGTTTCAAAAGTACAAGCGGAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGt < 2:2720932/91‑1 (MQ=255) aGATGAGCGCGTTTCAAAAGTACAAGCGGAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGta < 1:3742585/91‑1 (MQ=255) gAGCGCGTTTCAAAAGTACAAGCGGAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAg > 2:925577/1‑91 (MQ=255) gcgcGTTTCAAAAGTACAAGCGGAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGa > 2:2110826/1‑91 (MQ=255) gcgcGTTTCAAAAGTACAAGCGGAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGa > 2:2109724/1‑91 (MQ=255) gcgcGTTTCAAAAGTACAAGCGGAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGa < 2:1452584/91‑1 (MQ=255) tttCAAAAGTACAAGCGGAAATTGAAGCCGCATTAATTGAACAAGGTGCTGCTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATctct > 2:71314/1‑91 (MQ=255) ttCAAAAGTACAAGCGGAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTg < 1:3870570/91‑1 (MQ=255) ttCAAAAGTACAAGCGGAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTg < 1:1699819/91‑1 (MQ=255) tCAAAAGTACAAGCGGAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGa < 2:3080996/91‑1 (MQ=255) aaaaGTACAAGCGGAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAg > 2:1083709/1‑91 (MQ=255) aaGTACAAGCGGAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTa < 2:2620791/91‑1 (MQ=255) aGTACAAGCGGAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAg > 1:3880926/1‑91 (MQ=255) aGTACAAGCGGAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAg < 2:2107160/91‑1 (MQ=255) aGTACAAGCGGAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAg > 1:960516/1‑91 (MQ=255) ttACAAGCGGAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGa < 2:1780163/90‑1 (MQ=255) gTACAAGCGGAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGa < 1:319918/91‑1 (MQ=255) tACAAGCGGAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGAt < 1:945466/91‑1 (MQ=255) tACAAGCGGAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGAt > 1:3518753/1‑91 (MQ=255) gCGGAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGata > 1:3068100/1‑91 (MQ=255) gCGGAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGata > 2:2383607/1‑91 (MQ=255) gAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATcc < 1:3021041/91‑1 (MQ=255) gAAATTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATcc < 1:831874/91‑1 (MQ=255) aaaTTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAACCCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATccc > 2:315642/1‑91 (MQ=255) aaaTTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATccc < 2:778672/91‑1 (MQ=255) aaaTTGAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATccc < 2:1482177/91‑1 (MQ=255) tctttgactttttaaatgcattggaaccaaattggtgaacccaaaaataAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCt > 2:1939047‑M1/50‑91 (MQ=255) ttgactttttaaatgcattggaaccaaattggtgaacccaaaaataAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAAc > 1:1532506‑M1/47‑91 (MQ=255) gAAGCAGTATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACa < 2:3515475/91‑1 (MQ=255) gAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACa > 1:425193/1‑91 (MQ=255) gAAGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACa > 1:1681029/1‑91 (MQ=255) aaGCAGCATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACAt > 2:3229190/1‑91 (MQ=255) agcagcATTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATg > 1:1279510/1‑91 (MQ=255) actttttaaatgcattggaaccaaattggtgaacccaaaaataAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATg > 2:584969‑M1/44‑91 (MQ=255) gcagcaTTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATgg > 2:1296405/1‑91 (MQ=255) gcagcaTTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATgg > 2:3610035/1‑91 (MQ=255) gcaTTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCAGAAGTAGATCGATATCCCTAACATGGGGt < 2:3449165/91‑1 (MQ=255) caTTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGtt < 2:1591936/91‑1 (MQ=255) caTTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGtt < 1:1300573/91‑1 (MQ=255) aTTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGttt < 2:2833237/91‑1 (MQ=255) aTTAATTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGttt < 2:300572/91‑1 (MQ=255) aaTTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTAt > 1:457718/1‑91 (MQ=255) aTTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCCTGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTCCTATCCCTAACATGGGGTTTTAtt > 2:3677582/1‑91 (MQ=255) aTTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTAtt < 2:3842174/91‑1 (MQ=255) aTTGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTAtt < 2:1104210/91‑1 (MQ=255) ttGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTAttt < 2:3759577/91‑1 (MQ=255) ttGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTAttt < 1:120472/91‑1 (MQ=255) tGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATATGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTAtttt < 2:319677/91‑1 (MQ=255) tGAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTAtttt < 1:2694855/91‑1 (MQ=255) gAACAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTAttttt > 1:2269145/1‑91 (MQ=255) aaCAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTATTTTTg < 2:2271735/91‑1 (MQ=255) aCAAGGTGCTGTTATTAGATCATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTATTTTTgg > 2:1305762/1‑91 (MQ=255) aCAAGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTATTTTTgg > 2:2903323/1‑91 (MQ=255) aGGTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTATTTTTGGGtt > 1:1828961/1‑91 (MQ=255) ggTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTATTTTTGGGttt > 2:3933124/1‑90 (MQ=255) ggTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTATTTTTGGGTTc < 2:3909704/91‑1 (MQ=255) ggTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTATTTTTGGGTTc > 1:380268/1‑91 (MQ=255) ggTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTATTTTTGGGTTc > 2:485977/1‑91 (MQ=255) ggTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTATTTTTGGGTTc < 1:3916562/91‑1 (MQ=255) ggTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTATTTTTGGGTTc > 1:3577581/1‑91 (MQ=255) ggTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTATTTTTGGGTTc > 1:2872488/1‑91 (MQ=255) gTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTATTTTTGGGTTCa > 1:2589544/1‑91 (MQ=255) gTGCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTATTTTTGGGTTCa < 1:3698627/91‑1 (MQ=255) gCTGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTATTTTTGGGTTCAcc < 2:1863691/91‑1 (MQ=255) cTGTTATTAGATAATGATTTATACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTATTTTTGGGTTCACCa < 2:2446981/91‑1 (MQ=255) tGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTATTTTTGGGTTCACCaa > 2:766528/1‑91 (MQ=255) tGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTATTTTTGGGTTCACCaa > 2:2160457/1‑91 (MQ=255) tGTTATTAGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTATTTTCGGGTTCACCaa > 2:675684/1‑91 (MQ=255) tattaGATAATGATTTAAACCCCATGTATAAGGATATCTGAAGTAGATTGATATCCCTAACATGGGGTTTTATTTTTGGGTTCACCAAttt < 1:3582830/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |