| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1149564 = | 173 (0.850) | 21 (0.120) | 11/142 | NT | 11.4% | intergenic (+150/+21) | pheT_1/rnhC | Phenylalanine‑‑tRNA ligase beta subunit/Ribonuclease HIII |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1149598 = | 174 (0.960) | coding (926/939 nt) | rnhC | Ribonuclease HIII | |||||
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
TTATTTTTGGGTTCACCAATTTGGTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATGCTTTTTTGAAATGGTATCTAAA > USA300TCH1516_ALE/1149474‑1149654 | cgccaaaattataaaaaaatacggtctttcacgtttagataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaatttta > 1:1425802‑M1/91‑91 (MQ=255)cgcaaaaattataaaaaaatacggtctttcacgtttagataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaatttta > 2:1413168‑M1/91‑91 (MQ=255) ccaaaattataaaaaaatacggtctttcacgtttagataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaatttttaaa < 2:3518753‑M1/3‑1 (MQ=255) aTTTTTGGGTTCACCAATTTGGTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATCCAGCTGATGCTTCGCACAACTGCATAAAA > 2:282958‑M1/1‑91 (MQ=255) ttttGGGTTCACCAATTTGGTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGC < 2:507519‑M1/91‑1 (MQ=255) ttttGGGTGCACCAATTTGGTTCCAGTGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACCGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGC < 2:3434180‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaattataaaaaaatacggtctttcacgtttagataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGc < 1:2845639‑M1/5‑1 (MQ=255) tttGGGTTCACCAATTTGGTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCC < 2:1366836‑M1/91‑1 (MQ=255) ttGGGTTCACCAATTTGGTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCT < 1:361996‑M1/91‑1 (MQ=255) ttGGGTTCACCAATTTGGTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCT > 2:2929736‑M1/1‑91 (MQ=255) attataaaaaaatacggtctttcacgtttagataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCctc > 2:2475989‑M1/84‑91 (MQ=255) attataaaaaaatacggtctttcacgtttagataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCctc < 2:3378683‑M1/8‑1 (MQ=255) ttataaaaaaatacggtctttcacgtttagataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgagaaagcccaaaaaattttAAAGCctct > 2:2244985‑M1/83‑91 (MQ=255) ttataaaaaaatacggtctttcacgtttagataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCctct < 2:3820787‑M1/9‑1 (MQ=255) ttataaaaaaatacggtctttcacgtttagataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCctct > 1:2493265‑M1/83‑91 (MQ=255) ttataaaaaaatacggtctttcacgtttagataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCctct > 2:2965652‑M1/83‑91 (MQ=255) ggTTCACCAATTTGGTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTa > 2:2327929/1‑91 (MQ=255) cACCAATTTGGTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGa < 2:1760659/91‑1 (MQ=255) aCCAATTTGGTTCCAATGCATTTAGAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGTCTCTAATGAt > 1:1917059/1‑91 (MQ=255) aaTTTGGTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTaa > 2:636577/1‑91 (MQ=255) aTTTGGTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTttgattttta < 1:3942785‑M1/91‑11 (MQ=255) tttGGTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTaaaa > 1:807500/1‑91 (MQ=255) gtGGTTCCAATGCATTTAAGAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAGTACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAGAGCCTCTAATGATTaaaaa < 2:1282234/90‑1 (MQ=38) ggtctttcacgtttagataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCCTCTAATGATTAAAAATc > 2:54830‑M1/69‑91 (MQ=255) ggTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATc > 2:2174943/1‑91 (MQ=255) gTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCa > 2:1122805/1‑91 (MQ=255) gTTCCAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCa > 1:290454/1‑91 (MQ=255) ctttcacgtttagataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCaaa > 1:3045098‑M1/66‑91 (MQ=255) ccAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAag < 1:2801431‑M2/91‑3 (MQ=255) cAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTttgatttttaatcattaga < 1:2825899‑M1/91‑20 (MQ=255) cAATGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTttgatttttaatcattaga < 1:2229818‑M1/91‑20 (MQ=255) aaTGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGTACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAagag > 2:3689430‑M2/1‑87 (MQ=255) aaTGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTttgatttttaatcattagag < 1:2588106‑M1/91‑21 (MQ=255) aaTGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAagag > 2:313163‑M2/1‑87 (MQ=255) cacgtttagataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAgg > 1:3524015‑M1/62‑91 (MQ=255) cacgtttagataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAgg > 2:3303498‑M1/62‑91 (MQ=255) cacgtttagataccatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAgg > 1:756015‑M1/62‑91 (MQ=255) aTGCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTttgatttttaatcattagagg < 1:1118688‑M1/91‑22 (MQ=255) gCATTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAagaggct > 2:268052‑M2/1‑84 (MQ=255) gtgtagatacatttcaaaaaagcattttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCttt > 2:824385‑M1/58‑91 (MQ=255) aTTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAagaggcttt < 2:2746482‑M2/91‑10 (MQ=255) aTTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAagaggcttt > 1:95062‑M2/1‑82 (MQ=255) tttAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTa < 1:3698172/91‑1 (MQ=255) tttAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTa < 1:2321780/91‑1 (MQ=255) aaaaaGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTaaaa > 2:2626929/1‑91 (MQ=255) aaaaaGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTaaaa > 2:45118/1‑91 (MQ=255) aaaGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAAtt > 2:1629930/1‑91 (MQ=255) aaGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAAttt > 2:2866260/1‑91 (MQ=255) gTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAAttttt > 1:2994000/1‑91 (MQ=255) gTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAAttttt > 1:2092287/1‑91 (MQ=255) tCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTGTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAAtttttt < 1:1750937/91‑1 (MQ=255) cAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTg > 2:196811/1‑91 (MQ=255) cAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTg > 1:219874/1‑91 (MQ=255) aaaGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTgg < 2:1571837/91‑1 (MQ=255) aaGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTggg > 1:2958109/1‑91 (MQ=255) aaGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTggg > 2:1150871/1‑91 (MQ=255) aaGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACAGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTggg < 1:1332313/91‑1 (MQ=255) agagGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGc > 1:1458049/1‑91 (MQ=255) gagGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCt > 1:3905966/1‑91 (MQ=255) agGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCtt < 1:887963/91‑1 (MQ=255) agGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCtt < 1:1983542/91‑1 (MQ=255) cAGCGGAATACGGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCa > 2:2872810/1‑91 (MQ=255) cAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCa > 1:1883970/1‑91 (MQ=255) cAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCa > 1:860779/1‑91 (MQ=255) aGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCAc > 1:791727/1‑91 (MQ=255) gCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTTGGCTTTTTCACg > 2:3594214/1‑91 (MQ=255) gCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACg > 2:1806762/1‑91 (MQ=255) gCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACg < 1:2608754/91‑1 (MQ=255) attttaaaaatcgtgaaaaagcccaaaaaattttAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACg > 1:3728523‑M1/35‑91 (MQ=255) ggAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGAt < 2:976590/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |