New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1149564 = | 173 (0.850) | 21 (0.120) | 11/142 | NT | 11.4% | intergenic (+150/+21) | pheT_1/rnhC | Phenylalanine‑‑tRNA ligase beta subunit/Ribonuclease HIII |
? | USA300TCH1516_ALE | 1149598 = | 174 (0.960) | coding (926/939 nt) | rnhC | Ribonuclease HIII |
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
TTTAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATGCTTTTTTGAAATGGTATCTAAACGTGAAAGACCGTATTTTTTTATAATTTTGGCGG > USA300TCH1516_ALE/1149508‑1149688 | tttAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTa < 1:709588/91‑1 (MQ=255) tttAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTa < 1:3698172/91‑1 (MQ=255) ttAAAAAGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCAAATAATGATAAAAAATCAAAGAGGCTTTaa < 2:824850/91‑1 (MQ=255) aaaaaGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTaaaa > 2:45118/1‑91 (MQ=255) aaaaaGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTaaaa > 2:2626929/1‑91 (MQ=255) aaaaaGTCAAAGAGGAACAGCGGAATACAGATGATGCTTCACACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTaaaa > 2:3246418/1‑91 (MQ=255) 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aTACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGAtttt < 2:2353533/91‑1 (MQ=255) tACAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAATCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGAttttt < 2:949968/91‑1 (MQ=255) aCAGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTa < 2:2670157/91‑1 (MQ=255) aGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTaaa < 2:3170871/91‑1 (MQ=255) aGATGATGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTaaa > 2:179731/1‑91 (MQ=255) gatgatGCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTaaaa < 1:1458080/91‑1 (MQ=255) cgtgaaaaagcccaaaaaattttaaagcctctttgatttttaatcattagaggctttAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAAt > 1:3728376‑M2/58‑91 (MQ=255) tgatgCTTCGCACAACTGCATAAAAGCCTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATg < 2:3574494/91‑1 (MQ=255) 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CTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATGCTTTTTTGAAATGGTATCTAAACGTGa > 2:3064712‑M1/1‑91 (MQ=255) CTCTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATGCTTTTTTGAAATGGTATCTAAACGTGa < 2:3389490‑M1/91‑1 (MQ=255) ctttgatttttaatcattagaggctttAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATGCTTTTTTGAAATGGTATCTAAACGTGaaa > 1:2568678‑M2/28‑91 (MQ=255) CTAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATGCTTTTTTGAAATGGTATCTAAACGTGaaa > 1:1024369‑M1/1‑91 (MQ=255) tttgatttttaatcattagaggctttAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATGCTTTTTTGAAATGGTATCTAAACGTGAAAg > 2:2514936‑M2/27‑91 (MQ=255) TAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATGCTTTTTTTTTATGTTATCTAAACGCGAAAg < 2:3210977‑M1/91‑1 (MQ=255) TAATGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATGCTTTTTTGAAATGGTATCTAAACGTGAAAg < 2:1520843‑M1/91‑1 (MQ=255) aaTGATTAAAAATCAAAGAGGCTTTAAAATTTTTTGGGCTTTTTCACGATTTTTAAAATGCTTTTTTGAAATGGTATCTAAACGTGAAAGa > 1:1026755/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |